Растительный мир заповедника может быть назван богатым. На его территории найдено 1260 видов сосудистых растений, в том числе более 100 видов деревьев, кустарников и полукустарников (Воробьева, 1986). В составе флоры есть третичные реликты, степные и арктические элементы.
Хорошо различаются растительные пояса: лесной, субальпийский и альпийский.
Лесной пояс начинается от долины Теберды (1300 м) и простирается до 2000–2200 м. В этом поясе преобладают хвойные виды; они занимают 2/з лесной площади и представлены сосной Коха, пихтой Нордмана и елью восточной. Встречается и тис ягодный; он входит в состав подлеска пихтово-елового леса.
Сосновые леса – основной тип леса в заповеднике. В виде небольшой примеси в сосняках встречаются клен платановидный, береза Литвинова, осина, ива козья, реже дуб черешчатый; в подлеске, ближе к верхней границе леса, обычен можжевельник прижатый, а ниже по склону – рододендрон желтый. Из травянистых растений в сосняках преобладают злаки, встречаются здесь ландыш кавказский, купена кавказская, пион кавказский, чина розовая, водосбор олимпийский. Под сомкнутым пологом старых сосен почва покрыта мхами и зарослями брусники.
Вдоль Теберды и ее притоков значительные площади занимают пойменные леса из ольхи серой. В отличие от нее заросли ольхи клейкой крупных массивов не образуют. На террасах и притеррасных склонах встречаются буковые леса, иногда из мощных деревьев. Как примесь здесь могут быть ель, пихта, береза, клен, рябина; в подлеске – лещина обыкновенная, а в травяном покрове – папоротники, ясенник душистый, овсяница гигантская и др. У верхней границы леса бук, как и береза, образует мелкое криволесье, в его состав входят также клен Траутфеттера, черемуха обыкновенная, различные виды ивы и рябин. В подлеске обычна черника кавказская – представитель третичной флоры. Небольшие площади заняты дубовыми лесами с примесью березы Литвинова, граба кавказского, осины, клена платановидного и др.
С приближением к Главному Кавказскому хребту повышается влажность почвы и воздуха: на опушках и полянах темнохвойных лесов пышно развивается высокотравная растительность.
Верхний ярус высокотравья образуют настоящие гиганты: 3–4-метровые дудники (дудник пурпуровый) и 2-метровые борщевики с огромными листьями (борщевики шероховатый и Лескова). Под ними девясилы великолепный и крупноцветковый, телекия красивая, борцы восточный и опушенный и др.
В лесном поясе отдельными участками встречаются ковыльно-типчаково-разнотравные степи. Самый крупный участок этих степей, площадью в несколько сот гектаров, находится в долине р. Джамагат. Кроме ковылей красивейшего и перистого и овсяницы желобчатой (типчака) здесь много других злаков и разнотравья – вероники дубравная и горечавковидная, люцерны хмелевидная и румынская, клевера луговой и ползучий и др.
Небольшими участками в лесном поясе заповедника распространена типчаково-разнотравная лугово-степная растительность.
Субальпийский пояс лежит в пределах от 2000–2200 до 2500–2800 м. Здесь различаются три типа растительного покрова: субальпийские луга, заросли рододендрона кавказского и растительные сообщества, травостой которых образован как горно-луговыми (костер пестрый и др.), так и степными (овсяница желобчатая и др.) видами. Последний тип встречается небольшими участками.
Заросли рододендрона кавказского обычно расположены выше березового и букового криволесья на северных склонах, но нередко рододендрон образует обильный подлесок среди криволесья. Распространены также заросли рододендрона желтого и можжевельника прижатого.
Очень разнообразны субальпийские луга, основу которых, как правило, составляют злаки. Среди них на лугах много коротконожки (лесной и перистой), ее иногда сопровождают лугово-степные растения: герань лесная, душица обыкновенная, лабазник шестилепестный и др.
Из разнотравья на субальпийских лугах обильны первоцветы крупночашечковый, Рупрехта и Мейера, незабудка приятная, ветреницы пучковатая и видная, копеечник кавказский, буквица крупноцветковая, скабиоза кавказская, прострелы золотистый и фиолетовый и др.
Очень часто субальпийские луга имеют большую видовую насыщенность, доходящую до 50 видов на 100 м2 и до 25 видов на 1 м2. Такие луга особенно красочны к середине лета, когда они быстро меняют свой тон: то розовые от массового цветения горца мясо-красного, то лилово-фиолетовые от цветущей буквицы крупноцветковой, то оранжевые от зонтиков володушки многолистной.
Альпийский пояс состоит из трех типов растительности: низкотравных лугов, несомкнутой растительности осыпей и растительности скал. Верхняя граница сомкнутой альпийской растительности лежит на высоте 2800–2900 м, а на южных склонах достигает 3000–3200 м.
Низкотравные луга образованы плотнодернистыми злаками и горными осоками, бросаются в глаза яркие колокольчиковые и лютиковые ковры, приснежные луговины. Там, где условия более суровы, развиты гераниевые, кобрезиевые, ивняковые и лишайниковые пустоши.
Смена красочного цветового фона альпийских лугов имеет определенную последовательность. До конца июня луга имеют золотисто-желтый цвет благодаря ветренице пучковатой, синий фон – колокольчиков широколистного и холмового. В начале июля синеву сменяет интенсивно-голубой цвет незабудочника кавказского.
Влажные луга к середине лета становятся лилово-красными от цветов копеечника кавказского. В конце лета многие альпийские луга выглядят лилово-синими от цветущей скабиозы кавказской.
Растительный покров осыпей имеет характер небольших пятен и представляет собой молодую стадию формирования альпийских лугов. Видовой состав бедный, чаще других встречаются живокости кавказская и опущеноплодная, яснотки белая и войлочная, камнеломки Коленати и сухоногая, валерианы чесночницелистная и лекарственная, эвномия круглолистная и др. Эти растительные группировки встречаются в основном в субнивальном поясе.
В составе скальной растительности наиболее типичны и обильны манжетки кавказская и персидская, фиалка душистая, колокольчик Биберштейна, крупки сибирская и щетинисто-волосистая, камнеломка Коленати и др.
В нивальном поясе, выше 3000–3200 м, из растительных организмов встречаются только водоросли, нередко придающие снегу красную окраску, а скалы оживляет тонкая корочка лишайников.
Из растений, включенных в Красную книгу СССР, на территории заповедника встречаются первоцвет почколистный, пыльцеголовники красный и длиннолистный, надбородник безлистный, тис ягодный, бересклет карликовый, пион Витмана, ятрышник шлемоносный.
На территории заповедника встречаются также 42 вида редких для Северного Кавказа растений: это в основном кавказские эндемики и реликты третичного периода.

© Н.Н. Поливанова, 1990 г.