Заказник - довольно своеобразная форма ООПТ, предусматривающая довольно широкие пределы регламентации хозяйственного и иного использования территории - от полного запрета хозяйственной деятельности до охраны лишь отдельных компонентов природной среды; а также собственности земель (с изъятием у собственника и без изъятия) и подчинения (регионального всех уровней и федерального). Их статус обозначен в федеральном Законе об ООПТ (раздел 5, ст. 22):

Единого государственного органа, осуществляющего управление заказниками федерального значения, нет. Большая часть (55) заказников напрямую или опосредованно подчинена Департаменту охраны и рационального использования охотничьих ресурсов Министерства Сельского хозяйства России, 11 заказников подчинены Департаменту особо охраняемых природных территорий и объектов Министерства природных ресурсов Российской Федерации; из них 8 находятся под управлением заповедников, например, заказник "Елогуйский" - под управлением Центральносибирского биосферного заповедника. Некоторые заказники не имеют собственной администрации и штата, и находятся под управлением специально созданных региональных ведомств (см. Комментарии В.Б.Степаницкого к соответствуюшим статьям 3 и 22 закона об ООПТ). При этом непосредственная охрана территории заказника возлагается на региональные подразделения охотнадзора, рыбнадзора и др.