Все экосистемы заповедника в той или иной степени претерпели антропогенное влияние: рубки, пожары, выпас скота, последствия массового туризма и т. д. Тем не менее есть места, где коренные экосистемы сохранились довольно хорошо, а заповедный режим способствует восстановлению их первоначального облика. Так, за годы существования заповедника в ряде мест повысилась верхняя граница леса, снижение которой было вызвано в основном выпасом скота. Вообще выпас оказал, пожалуй, наибольшее влияние на растительность заповедника. На местах кошей (стоянок чабанов) до сих пор бушуют заросли крапивы, конского щавеля и другого высокого разнотравья, развитие которого здесь связано с былым пребыванием скота. В настоящее время наибольшую антропогенную нагрузку на заповедник оказывает массовый туризм (заповедник ежегодно посещают около 700 000 туристов) и мероприятия, связанные с его обеспечением. В южной части заповедника возник пос. Домбай, выстроены канатные дороги, гостиницы и т. п.
Строительство канатно-кресельной дороги на г. Мусса-Ачитара привело к тому, что склон ее теперь имеет обезображенный вид. Он почти весь поражен эрозией. Вдоль канатной дороги гибнет уникальный пихтовый лес, создалась угроза селей, лавин, которые одновременно угрожают и самой канатной дороге. В Домбае стало мало туров и серн, а те, что сохранились, стали ручными и гибнут от пуль браконьеров. Исчезают мелкие млекопитающие, редкие виды растений, беднеет фауна птиц, насекомых, деревья поражаются различного рода заболеваниями, исчезают места обитания влаголюбивых реликтов третичной эпохи. Значительно обеднен видовой состав шмелей, этих ценнейших опылителей бобовых растений, причем в первую очередь исчезают эндемичные формы. Редкостью стали многие виды бабочек, например бабочки-желтушки, которые на европейской территории СССР уже взяты под охрану. Почти не встречается реликтовая бабочка – тонкопряд кавказский (Шамиля). Зато появились такие нежелательные спутники человека, как рыжий таракан и платяная моль, которых прежде в Теберде не было.
По мнению ученых, уже настало время принимать меры по разгрузке Домбая, иначе его природа деградирует настолько, что восстановление ее окажется невозможным.
В условиях, когда антропогенное воздействие в экскурсионном районе Домбая оказывает определенное влияние на окружающую природу, животный мир заповедника нуждается в дополнительной защите. Мигрирующие и расселяющиеся высокогорные животные – туры, серны, медведи и др., – занесенные в Красную книгу Карачаево-Черкесской автономной области, не находят должного покоя в соседних с заповедником районах. В связи с этим возник важный вопрос об организации вокруг заповедника охранной зоны, и как первый этап – создание в границах заповедника республиканского Даутского зоологического заказника. Созданный в 1986 г. заказник площадью около 70 тыс. га поможет не только лучше охранять животный мир заповедника, но и в определенной степени решать вопрос о снижении пресса туризма в Домбае.
© Н.Н. Поливанова, 1990 г.