Государственный природный биосферный заповедник «Байкальский» расположен на смежных участках земель трёх административных районов Республики Бурятия: Джидинского, Селенгинского и Кабанского. Основная часть заповедной территории занимает центральный участок горного хребта Хамар-Дабан, протянувшегося в широтном направлении вдоль южного побережья озера Байкал. Главный водораздел Хамар-Дабана условно разделяет территорию заповедника на две неравные половины: большую — северную, захватывающую кроме северного макросклона хребта и полосу байкальского побережья, и малую — южную. Основная северная часть заповедника лежит в пределах Кабанского района; здесь же, в посёлке Танхой, находится и его центральная усадьба.

Северная граница заповедника проходит по берегу Байкала, то отступая, то приближаясь к озеру почти вплотную, оставаясь отделённой от него лишь узкой полосой отчуждения Транссибирской магистрали и шоссе Иркутск - Улан-Уде. На юге, западе и востоке границы заповедника проходят в основном по естественным рубежам — долинам горных рек: Темник, Левая Мишиха, Выдриная, Верхняя Хандагайта.

Идея создания природного заповедника на южном побережье Байкала возникла в начале пятидесятых годов уходящего столетия в среде учёных, занимавшихся изучением природы этого уникального района Прибайкалья. Особенно активно ее выдвигали ботаники Иркутского государственного университета — доцент Нина Афанасьевна Епова и профессор Алексей Всеволодович Смирнов, неоднократно предпринимавшие ботанические экспедиции в различные районы Хамар-Дабана.

Нина Афанасьевна Епова (1903-1960), кандидат биологических наук (1937), ботаник биофака Иркутского университета, изучавшая растительность Хамар-Дабана и рекомендовавшая создание заповедника для охраны его природы. Автор ряда ценных научных публикаций. Изучала самые труднодоступные районы хребта, отличалась большой целеустремленностью и трудолюбием. Она погибла 30 августа 1960 г. при переправе через реку Мишиху в ее среднем течении. Работники заповедника чтут ее память.

Поддержал предложение ботаников и ведущий зоолог ИГУ профессор Андрей Степанович Фетисов.

Практические шаги по созданию заповедника были сделаны в 1967-1968 гг по инициативе энтузиаста охраны природы Байкала Николая Тимофеевича Антоненко, возглавлявшего в то время Управление охотничье-промыслового хозяйства Бурятии. В подготовке документов, необходимых для организации заповедника, принимали активное участие сотрудники Баргузинского заповедника во главе с лесоводом Аркадием Ивановичем Ткаченко, а также работники соответствующих ведомств Бурятской АССР (лесного, охотничьего и др.).

Первоначально к заповеданию намечалась территория порядка 250-300 тыс. га, но это вызвало возражение со стороны союзных и республиканских органов лесной промышленности и Госплана СССР.

Постановление Правительства РСФСР о создании Байкальского государственного заповедника было принято в сентябре 1969 г., как одно из намеченных правительственных мероприятий по охране Байкала (хотя непосредственно озера это никак не касалось).

Исходная плошадь заповедника — 169 269 га — в 1973 г. была несколько сокращена из-за постоянных претензий местных жителей, лишившихся участков для выпаса скота, сенокосов, сбора ягод и т. д. Некоторые припоселковые территории, ранее входившие в заповедник, были из него исключены. Все эти согласования потребовали немалых усилий районной администрации и руководства заповедника.

Предпринимались усилия не только для упорядочения, но и расширения заповедной территории. Многие специалисты отмечали, что заповедник имеет малое отношение непосредственно к Байкалу, но был создан в связи с глобально важной байкальской проблемой. Основу заповедника составляет хребет Хамар-Дабан, обладающий замечательной природой и рядом уникальных особенностей. Предлагалось даже переименовать заповедник в «Хамар-Дабанский», но это не имело смысла и лишало недавно созданный резерват политического звучания.

В 1985 г. территорию Байкальского заповедника обследовали академик Е.Е. Сыроечковский и профессор Э.В. Рогачева. В это время уже развернулась подготовка 10-томного издания «Заповедники СССР» (изд-во «Мысль»). Задачей экспедиции был сбор и обобщение материалов о природе Байкальского заповедника и мобилизация коллектива на подготовку соответствующего очерка для указанной серии. Е.Е. Сыроечковский и Э.В. Рогачева дали согласие войти в авторский коллектив.

Одновременнно разрабатывались планы расширения территории заповедника за счет включения в него южного склона Хамар-Дабана вплоть до остепненных ландшафтов с целью отражения в пределах данного резервата всего природного и биологического разнообразия хребта как уникального и самостоятельного объекта природы горной Сибири. Е.Е. Сыроечковским и Э.В. Рогачевой были составлены соответствующие обоснования в виде обширной докладной записки, одобренной рядом других авторитетных ученых, научных и природоохранительных организаций, которая была передана в вышестоящие государственные органы. К сожалению, поднятый вопрос о расширении Байкальского заповедника «завис» в советских бюрократических инстанциях, но данная проблема остается актуальной и в наше время.

Основные задачи заповедника были кратко сформулированы в первом «Положении» о нем и направлены на сохранение в естественном состоянии уникального природного комплекса Южного Прибайкалья, на изучение динамики естественных природных процессов и на развитие экологического просвещения населения, содействие подготовке кадров природоохранного профиля. Задачи эти не потеряли актуальности и в настоящее время.

Первоначально заповедник был подчинен Главному Управлению охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР. С организацией в 1988 г. Государственных Комитетов СССР и РСФСР по охране природы он перешел в подчинение этих систем. В 2000 г. был передан из структуры упраздненной Госкомэкологии России Министерству природных ресурсов Российской Федерации.

© В.С. Бойченко, В.В. Баскаков, А.С. Краснопевцева, О.Д. Ермакова, Ю.М. Карбаинов, Ф.Р. Штильмарк, Е.Е. Сыроечковский, Э.В. Рогачева. Байкальский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 191-204.