Байкальский государственный природный биосферный заповедник учрежден постановлением СМ РСФСР от 26 сентября 1969 года № 571 на основании постановления СМ Бурятской АССР от 31 декабря 1968 года № 461.

Заповедник охватывает центральную часть горного хребта Хамар-Дабан и его северного макросклона, расположенного вдоль южного побережья озера Байкал, на территории Джидинского, Селенгинского и Кабанского районов Республики Бурятия.

Заповедник изначально проектировался как комплексный экосистемный и стал вторым в "цепочке" ООПТ, охватывающих к настоящему моменту практически все побережье Байкала. Создание заповедника послужило как бы ответом экологов СССР на начало строительства печально известного Байкальского ЦБК. Одной из важнейших задач заповедника является охрана ненарушенных кедровых лесов. В настоящее время заповедник служит эталонной территорией для оценки воздействия аэропромвыбросов промышленности Южной Сибири на лесные экосистемы.

165 724 га с учетом изменений, внесенных распоряжением СМ РСФСР от 20 июня 1973 года № 366-р.

1

Заповедник окружает полоса охранной зоны шириной от 0,5 до 4 км общей площадью 34 788 га (образована Постановлением Совета Министров Бурятской АССР от 3 декабря 1976 г. № 435).
В 1985 году под юрисдикцию заповедника был передана территория федерального заказника "Кабанский" (12 100 га) в дельте р. Селенги.

С 1975 года заказник "Кабанский" отнесен к водно-болотным угодьям международного значения (Дельта Селенги, Рамсарская конвенция). В 1986 году заповедник был включен в международную сеть биосферных резерватов. С 1996 года территория заповедника и заказника входит в состав участка Всемирного природного наследия "Озеро Байкал".

При заповеднике имеется Музей Природы. По южной границе заповедника (водораздел хр. Хамар-Дабан) проходит ряд категорийных туристских маршрутов.