На территории, где в настоящее время расположен заповедник, практически никогда не велось активной хозяйственной деятельности, кроме охоты, рыболовства и сбора плодов различных растений. На многих участках северного макросклона Хамар-Дабана сохранились не пройденные пожарами коренные пихтово-кедровые леса. На южном макросклоне вся территория постоянно подвергалась пожарам, и старых лесов там практически нет.

В настоящее время серьёзную угрозу экосистемам заповедника представляют аэровыбросы промышленных предприятий региона, региональных источников загрязнения атмосферы. Специфика атмосферного переноса в Байкальской котловине такова, что на северный макросклон Хамар-Дабана вместе с обильными осадками приносятся химические элементы, содержащиеся в промышленных выбросах не только ближайшего, расположенного в 60 км от заповедника, Байкальского ЦБК, но и более удалённых предприятий Ангарско-Иркутского промышленного узла. Наличие в пылегазовых выбросах большого количества сернистых соединений приводит к сильному закислению жидких осадков. Кислотная нагрузка на экосистемы заповедника весьма значительна, что вызывает деградацию некоторых их компонентов, поскольку темнохвойные леса северного макросклона Хамар-Дабана относятся к малоустойчивым геосистемам (Букс и др., 1987; Ермакова, 1996 и др.). В условиях интенсивных техногенных нагрузок полог пихтового леса не может в полной мере выполнять функции нейтрализатора атмосферного кислотного потока, связывая водород органическими соединениями, а также ослабляя его воздействие за счёт поступающих из напочвенного покрова катионов. Воздействуя на почву, важнейшее структурное звено биосферы, кислотные осадки изменяют различные её параметры и негативно влияют на геокомплекс в целом. Последствия действия кислых дождей начали проявляться уже в конце 70-х годов. В отдельных участках северного макросклона Хамар-Дабана появились насаждения пихты с побуревшей хвоей. Исследования показали (Воронин и др., 1986), что в побуревшей хвое наличествует повышенное содержание серы. Продолжительность жизни хвои у поврежденных деревьев сократилась почти в три раза, на 20-30% уменьшились её вес и линейные размеры. Годовой прирост древесины пихтовых лесов в целом снизился на 40-60%. В 4 раза возросла стерильность пыльцы, в 2 раза увеличилось число пустых семян. На ранних стадиях стало наблюдаться отмирание 65% женских шишек, что в два раза превышает норму. Скорость распада древостоя (переход деревьев в категории «необратимо ослабленные» и «сухостой») достигла 50% в год. Резко сократилось возобновление. Особенно интенсивное усыхание наблюдается в бадановых, кашкаровых, горно-каменистых и пихтово-стланиковых типах леса, распространенных в верховьях горных ручьев и рек заповедника. Значительно увеличились темпы разрушения и пойменных лесов (крупнотравных, вейниковых, широкотравных и папоротниковых), причем их усыхание не связано с возрастными изменениями в древостоях. Ослабленные древостой активно заселяют насекомые-вредители и окончательно подрывают их жизнеспособность.

Отмеченные нарушения в пихтовых лесах северного склона Хамар-Дабана послужили серьёзным аргументом в пользу перепрофилирования Байкальского целлюлозно-бумажного комбината. В настоящее время объём аэропромвыбросов несколько уменьшился в результате сокращения производства на некоторых предприятиях региона, но в целом радикального решения проблемы пока, к сожалению, не найдено.

Наряду с региональными источниками атмосферного загрязнения в районе расположения заповедника существуют и другие, локальные источники — железная и автодороги и отопительные системы близких к заповеднику посёлков. Опасность воздействия локальных загрязнителей атмосферы на биоту заповедника относительно невелика, но тем не менее на экосистемы, граничащие с источниками загрязнений, они безусловно действуют. Нарушение целостности экосистем привносит и высоковольтная линия электропередач, проходящая вдоль границы заповедника. Причём линии коммуникаций не только служат источниками локальных загрязнений, но являются объектами, вызывающими гибель животных. Так, о провода ЛЭП разбиваются птицы, особенно часто это происходит во время осеннего пролёта. Немало птиц и других животных гибнет и на дорогах.

На южном макросклоне Хамар-Дабана основную угрозу экосистемам представляют лесные пожары, довольно часто возникающие от «сухих» гроз.

В целом, за исключением отдельных участков поврежденных пихтачей на северном макросклоне хребта, большинство экосистем заповедника находится в равновесном состоянии, естественные процессы в них протекают без заметных отклонений, что внушает надежду на дальнейшее благополучное их существование и сохранение в них основных механизмов саморегуляции.

© В.С. Бойченко, В.В. Баскаков, А.С. Краснопевцева, О.Д. Ермакова, Ю.М. Карбаинов, Ф.Р. Штильмарк, Е.Е. Сыроечковский, Э.В. Рогачева. Байкальский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 191-204.