Ненецкий государственый природный заповедник создан 18 декабря 1997 года Постановлением Правительства РФ № 1579.

Занимает северо-восточную оконечность Малоземельской тундры, акваторию и острова Баренцева моря. Охватывает Захарьинский берег Печорской губы, низовья дельты р.Печоры вдоль южного побережья Болванской губы, часть дельты р.Восточная Нерута вдоль южного побережья Болванской губы, острова Гуляевские Кошки, Матвеев, Голец, Долгий, Большой и Малый Зеленцы, а также акваторию Коровинской, Средней и Кузнецкой бухты, часть Болванской бухты, десятикилометровую акваторию вдоль Захарьинского берега (Губа Захребетная), двухкилометровую акваторию вокруг вышеназванных островов. Административно заповедник расположен в Ненецком АО (подразделения на административные районы этот субъект федерации не имеет).

Охрана и изучение типичных малонарушеных экосистем восточно-европейских тундр и прибрежных акваторий Баренцева моря. Острова служат выводковыми и линными стациями птиц, включая редких и исчезающих — малого лебедя, белощекой казарки, пискульки, белоклювой гагары. На южной оконечности о-ва Долгий находится береговая залежка атлантического моржа (внесен в Красную Книгу России). Ежегодно на острова заходит белый медведь. Из редких китообразных отмечен нарвал, возможны заходы высоколобого бутылконоса, северного финвала. Встречается редкий серый тюлень. Описание природы заповедника см. федеральный заказник "Ненецкий"

313 400 га, из них. 181 900 га - морская акватория

12 кластеров, объединеных в 4 участка - Дельта Печоры, Захарьин берег, Нерута, Острова.

Охранная зона заповедника образована Постановлением Администрации Ненецкого автономного округа № 437 от 15.07.1996 г. Общая площадь охранной зоны составляет 269 200 га (из них
242 800 га морской акватории).

На территории заповедника располагается 3 водно-болотных угодья, включенных в теневой (перспективный) список Рамсарской конвенции, и еще несколько близ границ заповедника. Имеется также насколько ключевых орнитологических территорий (например, дельта Печоры).

По организационным причинам значительная часть заповедника все еще числится в составе федерального заказника "Ненецкий". Необходимо принятие законодательного акта, устанавливающего новые границы заказника.