Научные исследования на территории национального парка в настоящее время проводят Вологодский педагогический университет (ландшафтное картирование, создание кадастра флоры, создание экологических троп), Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова (“Научное обоснование природоохранных и рекультивационных мероприятий на территории национального парка”), Институт археологии РАН (“Обследование археологических памятников на территории национального парка”). Многие годы на территории нынешнего национального парка проводит исследования Кирилло-Белозерский музей-заповедник, которым накоплен большой исторический материал.

© Справочник "Национальные парки России". Москва: Изд-во Центра охраны дикой природы, 1996 г.