В настоящее время ни на территории заповедника, ни вблизи его границ нет серьезной угрозы заповедному природному комплексу. В районе нет развитой промышленности и транспортной сети. Предполагается улучшить автомобильную дорогу между поселком Пинегой и железнодорожной станцией Паленьга, а в будущем — до Архангельска, в связи с чем близ восточной границы заповедника, в районе пос. Голубино, возможны взрывные работы. Взрывы могут обрушить своды пещер «Большая Голубинская» и «Пехоровская», вследствие чего может нарушиться гидрологический режим заповедной территории, поскольку через пещеры происходит сток воды. Поэтому необходимо предварительное инженерно-геологическое обследование участка и прогнозирование последствий взрывов. Роль заповедника в охране генофонда животных нельзя оценить однозначно. Территория в 41 244 га достаточна для сохранения генофонда таких групп животных, как мелкие лесные насекомоядные и мышевидные грызуны, заяц-беляк, из куньих — ласка и горностай. То же можно сказать о глухаре, рябчике, тетереве. По-видимому, оседло живут на заповедной территории некоторые медведи. Однако белка с ее периодическими массовыми переселениями не обитает постоянно в заповедных границах. Охотничьи участки куниц также выходят за его пределы. Для лосей (особенно в период зимней миграции), выдр, росомах, рысей заповедник мал. Неэффективен заповедник в современных границах и для восстановления запасов семги; хотя на заповедной Сотке и сохранились нерестилища этой ценной рыбы, ее миграционные пути находятся вне заповедника, и лишь небольшая часть рыб доходит до его границ. Поэтому расширение площади заповедника до предложенной первым проектом Ботанического института АН СССР им. В. Л. Комарова (172 тыс. га) абсолютно необходимо.

© Шалыбков А.М., Байдерин В.В., Рыков А.М., Горячкин С.В., 1988 г.