Инвентаризация сосудистых растений, листостебельных мхов и фитопланктона в заповеднике практически завершена. Список сосудистых растений, обнаруженных в заповеднике, составляет более 650 видов. В их числе виды, ранее внесенные в Красную книгу России (венерин башмачок крупноцветковый, ятрышник шлемоносный, калипсо луковичная), а также более 65 видов, внесенных в Красную книгу Якутии (1987). В числе последних ирис гладкий, лилия пенсильванская, горечавка одноцветковая, смородина лежачая, башмачок пятнистый, проломник Гмелина, незабудочник якутский, рододендрон золотистый, хохлатка пионолистная, колокольчик адданский, горец амгинский и др.
Территория заповедника находится в пределах Среднесибирской и Забайкальской провинций Циркумбореальной флористической области (Тахтаджян, 1978). Границы флористических областей в районе заповедника совпадают с границами двух физико-географических стран: Среднесибирской и гор Южной Сибири. Это своеобразие заповедной территории делает ее очень интересной во флористическом отношении. Наиболее древними видами таежно-лесной флоры являются представители темнохвойной тайги Алданского нагорья (Караваев, Скрябин, 1971). Распространение большинства этих видов не выходит за пределы современной северной границы ареала кедра сибирского, которая проходит в районе заповедника. Севернее Алданского нагорья не распространяется пихта сибирская, береза шерстистая и чозения.
Основная масса лесных растений в заповеднике характерна для самых различных лесных группировок. Широко представлены арктоальпийские виды (рододендрон золотистый, василистник альпийский и др.).
Почти вся территория заповедника (87,9%) покрыта лесом. Основными лесообразующими видами являются лиственница даурская и береза повислая, на долю которых приходится 53,4% лесной площади. Леса из сосны обыкновенной и ели сибирской занимают 28,9% заповедной территории.
Более других распространены в заповеднике лиственничники, развивающиеся на достаточно увлажненных суглинистых почвах. Кустарничково-травяной покров в них состоит из брусники, грушанок круглолистной и мясокрасной, чины приземистой, хвоща камышкового, вейника Лангсдорфа, линией северной. По понижениям встречаются участки зеленых мхов из плевроциума, дикранумов, гилокомиума, политрихума и лишайников, представленных различными видами кладин, кладоний, цетрарий и нефромы. В подлеске – роза иглистая, таволга иволистная, ольха кустарниковая, рододендрон даурский.
Пологие склоны с щебнистыми почвами и курумы покрыты лишайниками из родов кладония и цетрария. Здесь формируются лиственничники лишайниковые. Видовой состав растений в них значительно беднее, чем в лесах предыдущего типа. В травяно-кустарничковом ярусе встречаются обычные таежные виды: брусника, толокнянка арктическая, вероника, вейник Лангсдорфа, а негустой подлесок представлен рододендроном даурским, курильским чаем, таволгой средней и различными видами ив. С увеличением влажности почвы меняется состав и структура лиственничных лесов. В травяно-кустарничковом ярусе начинают преобладать голубика и багульник, а на более увлажненных участках – пушица многоколосковая. Кустарниковый ярус в таких местах развит слабо. В подлеске преобладают душекия и можжевельник сибирский, чаще встречаются березы Миддендорфа и Гмелина.
Лиственничники багульниковые развиваются, как правило, на выровненных водоразделах и в глубине широких надпойменных террас. На более высоких местах водоразделов в лиственничных лесах заметно увеличивается доля темнохвойных видов урало-сибирской и забайкальской флоры. В составе древостоя появляются кедр сибирский, ель сибирская, пихта сибирская, сосна обыкновенная. Богаче становится и подлесок: кедровый стланик, роза иглистая, боярышник даурский, таволга дубровколистная, ольха кустарниковая, рододендрон даурский. С улучшением почвенных условий смешанные леса переходят в кедрачи. Кедровые леса занимают около 14,5% лесной площади заповедника. Их отличает максимальное разнообразие видов. В древостоях почти всегда, кроме перечисленных выше хвойных видов, есть примесь тополя душистого, чозении, осины, березы повислой. В заповеднике встречаются два типа кедровников: бруснично-моховой и бруснично-разнотравный. Для обоих типов, как и для кедровников вообще, характерно увеличение роли напочвенного покрова и участия в нем мхов и теневыносливого разнотравья: майника двулистного, грушанки мясокрасной, калипсо луковичной, венерина башмачка крупноцветкового, пузырника горного, клопогона вонючего, мителлы голой, гудайеры ползучей, вороньего глаза четырехлистного, ортилии однобокой, ладьяна трехнадрезного. Заметную роль продолжает играть обычное для лиственничников разнотравье из брусники, голубики, тофильдии поникшей, линией северной. Широко распространены василистник малый, герань ложносибирская, копеечник темнеющий, соссюрея Штубендорфа, лимнас Стеллера и др. Число видов трав в кедровых лесах достигает 30 и более.
На склонах южной и юго-западной экспозиций Приленского плато все другие древесные виды вытесняются сосной обыкновенной. Сосняки занимают 25,6% заповедной территории. Несколько речек и ручьев в заповеднике носят название “Бестях”, что в переводе на русский означает “Сосновая”. Выделяются три типа сосняков: сухие, средневлажные и влажные (Щербаков, 1971). Сухие представлены лишайниковыми и толокнянковыми борами. Они развиты на крутых южных склонах речных долин с бедными песчаными почвами. Мертвопокровные сосняки встречаются в заповеднике лишь небольшими участками в долине Олёкмы. Средневлажные, или брусничные, сосновые леса покрывают пологие склоны южной экспозиции и плоские вершины. Это самые распространенные в заповеднике сосняки. Брусничные боры типичны для верховий Туолбы, Кудулаха и Крестияха. Травяно-кустарничковый ярус в них - это сплошной ковер из брусники, голубики и багульника, непременными участниками сообщества являются кедровый стланик, рододендрон даурский и роза иглистая. Влажные, или сфагновые, сосняки встречаются редко. Они распространены лишь в северной части заповедника - в долинах рек.
На хорошо дренированных участках долин и в распадках преобладают леса из ели сибирской. Чистых ельников немного. Они развиваются по краю надпойменной террасы и узкой лентой тянутся вдоль реки. Обычно это ельники-зеленомошники, развитые в долинах крупных рек – Олёкмы, Туолбы и Амги, а также их крупных притоков. Кусты боярышника кроваво-красного, рябины сибирской, смородины черной, красной и лежачей, черемухи обыкновенной, ивы прутовидной и черничной образуют непроходимые заросли. Сплошной моховой покров в таких ельниках перекрывается ортилией однобокой, грушанкой, брусникой, костяникой обыкновенной и хмелелистной, чиной приземистой, хвощом камышковым.
В долинах ручьев распространены ельники бруснично-моховые. В их древостоях значительна примесь березы плосколистной, осины; встречаются лиственница даурская и сосна обыкновенная. Травяной покров хорошо развит и состоит из василистника малого, борщевика рассеченного, хвощей лесного и камышкового, вейника наземного.
На молодых наносах в долинах Олёкмы и Амги встречаются небольшие рощицы высокоствольной ивы росистой, тополя душистого и чозении. Береговые леса заповедника представлены двумя типами: березняками травяными и бруснично-разнотравными. Березовые леса не образуют крупных массивов, а распределены небольшими участками в поймах рек.
Помимо лесов в долинах рек и речек часто попадаются своеобразные группировки кустарниковых берез, так называемые ерники. Они состоят, в основном, из двух видов берез - тощей и Миддендорфа. Флористически ерники мало отличаются от заболоченных лиственничных редколесий. Кроме коренных, существуют и вторичные ерники, возникшие на месте выгоревшего леса. Часто полосы ерниковых зарослей опоясывают болота.
Болота занимают 1,1% площади заповедника. На седловинах или плоских, слабо дренированных участках в поясе стлаников и горных редколесий образуются кедрово-стланиковые торфяники с обильно развитым покровом из сфагновых мхов. С увеличением влажности кедровый стланик исчезает, появляются рододендроны золотистый и даурский, береза Миддендорфа, а открытые места занимает сфагнум, осоки шаровидная, дернистая и др. На смену сфагновым стланиковым торфяникам в котловинах приходят безлесные топи – мари, среди которых повсюду встречаются мочажины. Основным эдификатором болот являются сфагновые мхи. На переходных болотах к ним добавляются гипновые мхи и пушица многоколосковая. Обычны голубика, багульник обыкновенный, Кассандра чашечковая, клюква мелкоплодная.
Интересной особенностью описываемой территории являются мелкодолинные луга в поймах небольших рек. Их площади незначительны, но они имеют немаловажное значение в жизни животных. Ширина этих лугов измеряется несколькими десятками метров. В состав луговых береговых формаций входят вейник наземный, козелец, колокольчики – сборный, круглолистный и точечный, горошки - приятный и мышиный, зорька сибирская, борец вьющийся, незабудка лесная, лабазник дланевидный, василистники скрученный и редкоцветный, ирис щетинистый, хризантема сибирская, водосбор мелкоцветковый, герань ложносибирская, земляника, курильский чай и другие. Именно мелкодолинные луга в верховьях рек Туолба и Амга привлекают с окрестных территорий лосей и являются местами их отела.
Кроме этого, по территории заповедника проходит граница между растениями-карбонатофилами - на осадочных породах в северной части и растениями, предпочитающими селиться на кислых гранитоидных породах – на юге. Например, на юге в поймах рек и ручьев встречается в значительных количествах родиола розовая (золотой корень), но ее не встретишь в центральной и северной частях, тогда как вздутоплодник сибирский (волчий корень) и другие карбонатофилы растут только в северной части заповедника.
© Ю.Ф. Рожков, А.Д. Карпенко, П.В. Голяков, О.Ю. Рожкова. Олекминский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. I, - М., Логата, 1999. с. 162-170