Ханкайский государственный природный заповедник учрежден 28 декабря 1990 года Постановлением СМ РСФСР № 616.

Заповедник занимает несколько участков на побережье и в акватории оз. Ханка близ Российско-Китайской границы, в Спасском, Хорольском, Кировском и Ханкайском районах Приморского края.

Заповедник создан для охраны мест массового гнездования, пролета и зимовок птиц. Территория заповедника является центром разнообразия орнитофауны России (только особо охраняемых птиц здесь отмечено 225 из 287, внесенных в список-приложение к Международной конвенции "Об охране перелетных птиц и птиц, находящихся под угрозой исчезновения, и среды их обитания"). Также важная задача заповедника - охрана фауны гидробионтов оз. Ханка (дальневосточная черепаха, китайский окунь-ауха и др. виды). На территории заповедника находятся места произрастания ряда редких видов водной флоры (лотос орехоносный, эвриала устрашающая).

39 289 га (после расширения на 1300 га по остановлению Правительства РФ от 17.11.2000 г. № 865).

6 (6 изолированных кластеров: участки "Сосновый" и "Мельгуновский", каждый из 2-х кластеров - на западном берегу оз Ханка; участок "Речной" - на южном берегу в дельте р. Илистая, участок "Ханкайский" - на восточном берегу; участки "Журавлиный" и "Чертово болото" - в долине р. Сунгача, вытекающей с северо-востока из оз. Ханка).

Решением Приморского крайисполкома № 243 от 19.07.1990 г. вокруг заповедника выделено 3 вида охранных зон:
- особая охранная зона на общей площади 34 803 га;
- охранная зона специального назначения на общей площади
2 600 га;
- охранная зона общего назначения на площади 36 340 га.
Общая площадь охранной зоны составляет 73 743 га.
В управлении заповедника также находится региональный заказник "Ханкайский".

Заповедник включает часть водно-болотного угодья международного значения "Озеро Ханка" (Рамсарская конвенция).