Рельеф
Территория заказника представляет типичную горную территорию со сложным рельефом. На его территории расположены три сравнительно параллельных хребта, простирающихся с северо-запада на юго-восток, которые представляют собой высокую цепь скалистых вершин, в верхней своей части покрытых вечными снегами и ледниками. Высота над уровнем моря колеблется от 1000 до 3800 метров.

Климат разнообразен и не может быть охарактеризован одним показателем. Разнообразие климата связано с особенностями высокогорного рельефа. Температура воздуха в горах зависит от высоты (с поднятием на 100 м температура воздуха понижается на 0,5^оС). Климат долин и водоразделов различен. Зима на водоразделах продолжительней и холодней нежели в долинах. Весна здесь наступает значительно позже. Летом температура в долинах более ровная, а осень теплая. Дневные температуры могут достигать 30-35^оС.

Зима в горах продолжительная и температура воздуха в январе достигает минус 25-35^оС. Снежный покров устойчив и довольно высок. Появляется он в середине октября и сходит в конце апреля и начале мая. Влага, образующаяся при таянии снега, глубоко пропитывает почву, что способствует повышенному развитию субальпийской растительности. Для высокогорной зоны характерно довольно своеобразное распределение облачности. Максимальная концентрация облаков в пределах 1800-2200 м над уровнем моря, поэтому на этом уровне выпадает максимальное количество осадков. Осадки выпадают в виде дождя, снега, града. Град обычно сопровождается грозами. Крупный град не только повреждает и уничтожает растительность, но и наносит урон животному миру. На вегетационный период осадков выпадает 450-470 мм. Господствующими ветрами являются восточные. Они способствуют понижению относительной влажности воздуха летом и понижению температуры зимой.

Почвы
Основными типами почв являются горно-луговые, альпийские и субальпийские, в высокогорной части – горные, лесные бурые в среднегорье. Почвообразующими породами повсеместно послужили продукты выветривания: элювий и делювий.

Гидрологическая сеть
Основными водными артериями заказника являются реки, текущие в долинах. Их общая протяженность составляет 165 км. С восточной стороны заказника протекают реки Махар-Су, Учкулан, Кубань протяженностью 70 км. С западной стороны проходит река Теберда – 26 км. В центре заказника располагаются реки Даут – 40 км, Кол-Тебе –20 км., Кыр-Кол – 9 км. В долине гор течет большое количество ручьев, образующих эти реки. Кроме того, на территории заказника расположено 18 высокогорных озер.

Растительный покров заказника можно разделить на два основных типа лесной и горно-луговой (субальпийский и альпийский). Леса поднимаются до 1900 – 2400 м над уровнем моря. Из хвойных пород наиболее распространены пихта, ель и сосна, реже можжевельник, изредка тис. В нижней части лесного пояса преобладают лиственные породы деревьев, такие как бук, береза, клен, осина, граб, в поймах рек ольха. Встречаются дуб, рябина, черемуха и дикие плодовые деревья. На северных склонах выше лесного пояса встречаются заросли рододендрона и можжевельника. Для субальпийской зоны типичные растения такие как тонконог, типчак, овсянница, мятлик, полевица, веншек, трясунка и другие злаки. Кроме них здесь распространены гречишник, экспорцет, клевер, подорожник скальный, буковица, герань, манжетка, ветреница, луковичные растения и многие другие.

Здесь много редких и исчезающих растений, занесенных в Красную книгу СССР, в том числе тис, береза Радде, лещина древовидная, хмелеграб, пыльцеголовник красный, ятрышники.

© По материалам Главохоты