Дигорское ущелье, особенно его верхняя часть, составляющая большую территорию парка, расположенное в юго-восточной части Северной Осетии, характеризуется значительным разнообразием природных условий, вызванным в первую очередь горным рельефом, который оказывает наиболее сильное влияние на остальные компоненты и элементы ландшафта.
Под Верхней Дигорией понимается территория верховьев бассейна реки Урух, от истоков до селения Дзинага, т.е. наиболее расчленённая часть ущелья с перепадом высот до 4000 м.
Столь значительный перепад высот на небольшой территории, обуславливает большое разнообразие природных ландшафтов, которые относятся к горному классу ландшафтов и представлены следующими типами: горными холодно-умеренными (1800 до 2200-2400 м); высокогорными луговыми (1800-2000-3000-3100 м); высокогорными субнивальными (выше 3000-3200 м); гляциально-нивальными (выше 3400-3500 м).
В пределах первого типа отмечается один подтип ландшафтов: верхнегорный лесной сосновый и берёзовый. Второй тип ландшафтов включает в себя субальпийские кустарниково-луговые и альпийские луговые. Граница между ними проходит на высоте 2400-2500 м. Остальные типы ландшафтов характеризуются скудностью и суровыми климатическими условиями, поэтому растительность здесь практически отсутствует, за исключением накипных лишайников. Здесь широко развито современное оледенение, площадь которого составляет 6,5% площади бассейна.

Большое разнообразие форм рельефа, с разнообразным почвенным покровом создают условия для образования в этом районе разнообразия растительных сообществ, что сказывается и на богатстве флоры (более 1000 видов растений). Уникальность флоры определяется наличием в ней узко региональных и эндемичных видов (колокольчик доломитовый, харезия Акинфиева, рожь дигорская, горечавка кавказская и пр.).
Для парка характерна сравнительно большая лесистость, достигающая 60%. Леса, состоящие из сосны Коха, ольхи серой и берёзы Литвинова, поднимаются до высоты 1900-2200 м, выше – субальпийские луга, образованные мезофитными видами – астрой альпийской, маком горным, камнеломками, вероникой горечавковидной и др. Сосново-берёзовые леса занимают 50% покрытой лесом площади. Встречаются смешанные сосново-берёзовые, с примесью осины, ив и клёна Траутфеттера, леса. Северные склоны занимают субальпийские берёзовые криволесья и небольшие пятна кавказского рододендрона. Вдоль русел рек произрастают заросли облепихи и мирикарии. В котловине (Донифарс-Фаснальской) произрастают сухолюбивые (ксерофитные) растения: полынь, чабрец, типчак, астрагал обожжённый и редкие кусты можжевельника, шиповника, барбариса, жестёра Палласа и т.д.
На территории парка известно более 50 видов лекарственных растений: кровохлёбка, пятилистник кустарниковый, душица и тмин обыкновенный