История научного изучения этого района начинается с 1768 г., когда по долинам рек Фиагдон и Ардон проводила изыскания геологическая экспедиция С. Вонявина. В 1781 г. по Кур-татинскому ущелью путешествовал топограф Штедер.

В начале 1881 г. бассейн Ардона посетил И. В. Мушкетов. Из иностранных геологов здесь проводил исследования Э. Фавр. В долине Ардона работали географы и геологи П. П. Надеждин, В. Г. Михайловский, Н. И. Каракаш, П. П. Пятницкий, К. Острайх и др. Летом 1899 г. по Военно-Осетинской дороге путешествовал В. В. Докучаев; впоследствии им была составлена почвенная карта, где он впервые показал основные вертикальные почвенные зоны Кавказа.

Современное и древнее оледенение изучали также Н. Я. Динник, Н. А. Буш, К. И. Подозерский, В. П. Ренгартен, А. Л. Варданянц, А. Л. Рейнгард, В. Д. Панов, X. Я. Хакиев.

Ботанические исследования на территории района проводили Ф. И. Рупрехт, И. Я. Акинфиев, Н. И. Кузнецов, В. В. Маркович и др. О природе этого района А. Н. Краснов в 1894 г. писал: “Военно-Осетинская дорога представляет громадное количество интересных объектов для наблюдений, в том числе и таких, какие нельзя проследить ни на одном из Кавказских маршрутов...” Итальянские ботаники Соммье и Левье в 1885 г. собирали гербарий в Цейском и Алагирском ущельях; ими был описан ряд оригинальных форм растений.

В 1939 г. по Военно-Осетинской дороге проводил исследования Н. И. Вавилов, возглавлявший сельскохозяйственную группу Северо-Кавказской комплексной экспедиции АН СССР. Он посетил Цейский ледник и Мамисонский перевал.

Зоологические исследования на Центральном Кавказе, и в частности по долине Ардона, проводили Н. Я. Динник, Л. Б. Беме, Н. К. Верещагин, П. Емельяненко и многие другие.

Научный профиль заповедника – изучение естественных процессов в природных комплексах Центрального Кавказа и влияние на них антропогенных факторов.

Систематические ботанические исследования в заповеднике стали развиваться после создания Научного отдела. Начало им положили исследования по флоре и растительности (А. М. Амирханов, А. Л. Комжа, Р. А. Тавасиев), сезонному развитию растений (К. П. Попов).

Зоологические исследования проводятся П. И. Вейнбергом, изучающим экологию высокогорных копытных, В. Д. Казьминым, исследующим комплекс млекопитающих низкогорной части заповедника и изучающим состояние популяции зубров. Исследования по фауне наземных моллюсков проводились Т. А. Тавасиевой и Р. А. Тавасиевым. Жесткокрылых изучал С. К. Алексеев, коллембол – И. Т. Кучиев. Изучением птиц горно-лесного пояса занимается Ю. Е. Комаров, птиц высокогорий исследует А. Д. Липкович. Изучением фауны мышевидных грызунов занималась Л. А. Гусева.

© А.М. Амирханов, А.Д. Липкович, К.П. Попов,
П.И. Вейнберг, С.К. Алексеев, 1990 г.