Заповедник расположен в пределах высот 650-4249 м над ур. моря. Рельеф его резко расчлененный. С севера на юг сменяют друг друга субширотно ориентированные хребты: Предгорный Лесистый, Пастбищный, Скалистый, Боковой, Главный (Водораздельный). Они разделены межгорными депрессиями. Склоны всех хребтов, кроме Главного, представлены в высотном профиле заповедника. Сюда входят и небольшие участки Пастбищного и Скалистого хребтов, покрытых широколиственными лесами. В настоящее время рассматривается вопрос о включении в состав заповедника высокогорных лугов Пастбищного хребта и южных склонов Скалистого с ксерофитной растительностью Садоно-Унальской котловины.
Пастбищный хребет сложен меловыми известняками. Здесь развиты карстовые явления: пещеры, воронки, провалы. Берущие здесь начало реки прорезают в осадочных породах каньонообразные ущелья с порогами и водопадами.
Скалистый хребет сложен юрскими известняками и доломитами. В междуречье Ардона и Фиагдона этот хребет представлен Кариухохским массивом (3440 м). В заповеднике находятся западные отроги этого массива (урочище Шуби). Здесь расположена крупнейшая из известных на Центральном Кавказе пещер – Шуби-Ныхасская, общая длина ее более 1000 м. К югу от Скалистого хребта располагается Северная юрская депрессия, представленная Садоно-Унальской котловиной в бассейне Ардона. Она отделяет низкогорный участок заповедника (урочище Шуби) от его основной территории.
В заповеднике насчитывается 34 селевых бассейна. Единовременные объемы выносов составляют десятки, иногда сотни тысяч кубометров. По скалам, разбитым трещинами, широко распространены обвалы.
Широко представленные сланцы подвержены процессам осыпания и оползания. Крупные оползни наблюдаются на правом берегу Ардона (Луарский оползень) и на левом берегу Цейдона (Нижнецейский оползень).
В заповеднике зарегистрировано более 150 “лавинных аппаратов” (Залиханов, 1981). Особенно много лавин сходит в Цейском и Касарском ущельях. Как правило, наиболее крупные лавины сходят в конце зимы – начале весны. В это время отмечаются мощные лавины практически во всех лавинных лотках, имеющих большой снегосборный бассейн. Более мелкие лавины с бортов ущелий наблюдаются в течение всей зимы, а в области питания ледников могут сходить в любое время года.
Современное оледенение заповедника (37 км2) представлено 76 ледниками. На Адайхозском массиве сосредоточен один из крупнейших узлов современного оледенения Кавказа – Караугом-Цейский. Самый крупный ледник заповедника – Цейский площадью 9,7 км2 и длиной 8,6 км. Спускается он в лесной пояс и заканчивается на высоте 2300 м. Другой крупный ледник – Сказский – расположен в
верховьях Сказдона, правого притока Цейдона. Площадь современного оледенения на Тепли-Архонском массиве 14,6 км2. Ледники и фирново-ледниковые покровы представляют один из главных компонентов природы заповедника.
Зимой на климате сказывается влияние западноевропейских циклонов, приносящих теплые массы воздуха с Атлантики и способствующих возникновению сильных сухих и теплых ветров (фенов). Временами фены достигают ураганной силы и вызывают ветровалы в лесах. Температура воздуха при фене значительно повышается, что влечет за собой таяние снега, сход снежных лавин. Как правило, дни в это время стоят сухие и теплые, а когда фен проходит, устанавливается пасмурная и холодная погода с дождем или снегом.
Основное количество осадков выпадает на северных склонах Скалистого хребта и в предгорьях. В результате этого в котловинах у подножия южного склона Скалистого хребта создается так называемая дождевая тень. Северные склоны Скалистого хребта получают более 1000 мм осадков в год, а котловины в “дождевой тени” всего около 440 мм.
В высокогорье зима наступает в сентябре. В межгорных котловинах снег выпадает в октябре. В нижних поясах и в долинах зима обычно мягкая, с неустойчивым снежным покровом. В отдельные годы в долинах температура понижается до -34°.
Лето на большей части территории заповедника умеренно теплое и влажное. В межгорных котловинах значительно суше и теплее. Среднемесячная температура июля и августа изменяется от 7,3 до 20,3°. Абсолютный максимум температуры воздуха 34,4° (с. Унал).
Самая крупная река заповедника – Ардон. Реки Садон, Баддон, Архондон, Цажиудон, Бугултыдон и другие берут начало с ледников, что и обусловливает характерный режим стока с весенне-летним половодьем.
В заповеднике и его охранной зоне имеется несколько моренных приледниковых озер – Цажиуцад и др. У с. Згил есть минеральное бурлящее озерцо. Многочисленны выходы минеральных источников.
Основной тип почв заповедника – горно-луговые. Они формируются под луговой растительностью альпийского и субальпийского поясов. По верхней границе леса формируются торфянисто-подзолистые почвы.
Под остепненными лугами лесного пояса формируются горные лугово-степные почвы, они распространены по южным склонам Скалистого и Пастбищного хребтов и изредка встречаются на Боковом хребте, в придолинных частях склонов. В аридных котловинах развиты горно-степные почвы.
В заповеднике широко развиты горно-лесные бурые и лесные горно-подзолистые почвы. Бурые горно-лесные почвы распространены по северным склонам речных долин до 2000– 2300 м; они формируются под буковыми и березовыми лесами на щебне кристаллических пород. Лесные горно-подзолистые почвы развиты на кварцево-песчаниковых породах и • встречаются преимущественно под сосняками.
Они распространены по склонам Цейского, Касарского, Нарского и других ущелий.
В речных долинах формируются горно-до-линные аллювиальные почвы. Под фрагментами болотистых лугов развиваются горно-долин-ные лугово-болотные почвы, формируются также под ольховыми лесами на речных наносах.
© А.М. Амирханов, А.Д. Липкович, К.П. Попов,
П.И. Вейнберг, С.К. Алексеев, 1990 г.