Во флоре заповеднка "Шульган-Таш" зарегистрировано более 530 видов сосудистых растений 290 родов и 78 семейств, из них 10 видов деревьев и 28 кустарников.
Эндемиков широколиственных лесов Урала два вида - чина Литвинова и короставник татарский. Растений, эндемичных для района заповедника, нет.
Реликтовые виды растений составляют в заповеднике около 6% его флоры. Во флоре заповедника преобладаютдоледниковые плиоценовые реликты, среди которых особенно интересно изолированное местонахождение древнего доледникового реликта Южного Урала - можжевельника казацкого. Здесь встречаются и другие доледниковые (плиоценовые) реликты: чина Литвинова, короставник татарский, овсяница гигантская, воронец колосистый, копытень европейский. Перигляциальных реликтов в заповеднике немного. Из видов горноазиатского происхождения широко распространен очиток гибридный, часто встречается полынь санталолистная. К перигляциальным реликтам азиатского происхожде ния относятся примула кортузовидная, герань ложносибирская, из голоценовых обычны астра альпийская, вероника колосистая, ветреница лесная.
Во флоре заповедника есть занесенные в Красную книгу СССР минуарция Гельма, пыльцеголовник красный, башмачок настоящий, башмачок крупноцветковый, келерия жестколистная, которые охраняются особо. Есть и растения, редкие для всего Южного Урала или самого заповедника (гнездовка настоящая, любка двулистная, тюльпан Биберштейна, тюльпан раскрытый), опасность уничтожения которых на Урале очень велика.
Растительность заповедника очень разнообразна. В чистых, прозрачных ручьях и реках обитают олиготрофные водоросли, часто встречается индикатор чистых вод - мох фонтиналис. В более спокойных, медленно текущих водах Белой и в многочисленных старицах обычны рдесты, изредка ряска малая. Прибрежные мелководья рек издалека заметны по зарослям белокопытника ненастоящего.
По долинам рек узкой лентой тянется черемухово-ольховая или ивовая урема - приречные древесно-кустарниковые заросли. Урема местами труднопроходима, с мокрой и вязкой почвой, с густым кустарником, переплетенным хмелем. Высокие теневыносливые травы тянутся вверх на сухих местах. Осенью в уреме много ягод черемухи, смородины, шиповника, который узкой полосой растет по ее кромке. В уреме по рекам заповедника обычна крушина ломкая.
В логах и по долинам рек нередки переувлажненные таволговые березняки. Белые душистые соцветия таволги вязолистной возвышаются над острыми кочками осоки или образуют заросли с крупными влаголюбивыми злаками - пыреем собачьим, вейником тростниковидным, канареечником. Безлесные места в поймах ручьев и рек занимают мощные дягильники - заросли дягиля лекарственного. В некоторых дягильниках высокие зонтичные скрывают человека. Влажные участки поймы местами заняты полевицевыми и канареечниковыми лугами.
Пойма Белой в пределах заповедника узкая, плохо выражена и выделяется в виде полосы ивняков с фрагментами разнотравно-злаковых лугов.
Нижние террасы рек поросли увлажненными смешанными лесами, в которых преобладают березы и осины, но становится больше сосны. Крупные сосны возвышаются над общим пологом, напоминая о более мощных лесах в прошлом. Пышный травостой состоит из лесного высокотравья, луговых и лугово-болотных растений. Над густыми папоротниками возвышаются борец высокий, какалия копьевидная, колокольчик крапиволистный. Под их пологом прячутся мелкие теневыносливые лесные травы: грушанка круглолистная, одноцветка, зимолюбка зонтичная, седмичник европейский, рамишия однобокая, мелкие лесные осоки и злаки.
Более высокие речные террасы, шлейфы гор, небольшие покатые возвышенности и межгорные плоские понижения покрыты иными лесами. Их флора и структура различны.
Сосняков в низкогорьях мало, много пышных березняков и особенно осинников. Флора трав этих лесов близка к широкотравным соснякам Южного Крака. Теневыносливые лесные травы соседствуют с луговыми. Весной под пологом деревьев цветут розовато-лиловые сочевичники, синие медуницы, бледно-желтые крупночашечные примулы, а ближе к опушкам ярко желтеют купальницы и адонис сибирский, голубеют фиалки.
Заселение человеком территории, ставшей впоследствии заповедной, сопровождалось рубкой
леса, выпасом, сенокосом, пожарами. На месте сведенных лесов формировались луга, иногда очень обширные. В зависимости от условий увлажнения и длительности существования луга имеют то лугово-лесной, то луговой, то остепненный характер. На месте недавно сведенных лесов, по опушкам появились пышные лесные луга с травами выше человеческого роста и крупными яркими цветами. На таких лугах обычны живокость высокая с ярко-синими соцветиями, скерда сибирская с желтыми крупными корзинками, много борщевика сибирского, ребро плодника уральского (по-башкирски "курая"), володушки золотистой, серпухи коронованной, борца высокого, чемерицы Лобеля. Среди высокотравья растут лугово-лесные злаки: коротконожка перистая, вейник тростниковидный, пырей ползучий, ежа сборная, тимофеевка луговая, овсяница луговая, реже - лисохвост луговой и щучка дернистая.
Более старые луга, особенно обширные на ровных межгорных пространствах, постепенно теряют свою флористическую общность с лесом. В них господствуют типичные луговые злаки и многоцветное луговое разнотравье. Обилие видов, в том числе с яркими цветками, делает их в период массового цветения в конце июня - начале июля удивительно красочными. Особый колорит придают им нивяник обыкновенный и колокольчик персиколистный. Многоцветье суходольных лугов дополняется желтизной подмаренника настоящего, льнянки обыкновенной, лапчаток Гольдбаха и прямой, лютика многоцветкового, лиловыми куртинами душицы обыкновенной, голубизной вероник и синевой змееголовника Рюйша, белым узором мелких цветков звездчатки злаколистной, белыми душистыми кистями таволги шестилепестной. А местами пламенеют карминно-красные соцветия зорьки, или татарского мыла. В буйные луговые травы вплетены травянистые луговые лианы - вика, мышиный горошек, чина луговая.
Луга заповедника существуют длительное историческое время и стали важным компонентом его природного комплекса. Их исчезновение привело бы к утрате ряда видов растений и животных, изменило бы богатые луговые почвы с их особым комплексом беспозвоночных и землероев и сделало бы ландшафт заповедника однообразнее.
Западные и юго-западные увлажненные ветры, близость крупной реки, особенности рельефа, климата и почв обусловили произрастание в заповеднике широколиственных лесов. Низкогорья и межгорные понижения здесь заняты дубравами с примесью березы и изредка сосны. В подлеске обычен ракитник. Богатый травяной покров дубрав образуют вейник тростниковидный, папоротник-орляк, володушка золотистая, наперстянка крупноцветковая, скерда сибирская и другие виды широкотравья.
Кроме дубрав в низкогорье распространены смешанные широколиственные леса из липы, клена, дуба, вяза, в которых рассеяны береза, осина и сосна. В подлеске обычны рябина, черемуха, жимолость лесная. Смешанные широколиственные леса поднимаются в среднюю часть склонов, занимают средней высоты верщины. Под их густым древесным пологом растут теневыносливые травы - звездчатка дубравная, копытень европейский, ясменник душистый и др. На полянах между участками леса растут буйные лесные травы, почти скрывающие человека: дягиль лекарственный, дудник лесной, борец высокий, короставник татарский, овсяница гигантская, молокан щетинистый, скерда сибирская, реброплодник уральский, борщевик, живокость высокая и др.
Верхние части склонов и вершины хребтов до 700 м над ур. моря заняты изреженными "корявыми" дубняками с невысокими (до 10-12 м) деревьями. В них обычны также рябины и низкие раскидистые липы. В типичном для дубрав травостое на участках с липой появляются спутники широколиственных лесов: звездчатка дубравная, копытень европейский, ясменник душистый, медуница мягчайшая, бор развесистый и др. Здесь также характерны кленово-ильмовые леса, которые соседствуют с низкорослыми - дубняками. Их небольшие участки типичны для юга заповедника. Кленово-ильмовые леса светлее, чем дубняки, в них больше светолюбивых трав. Для этих лесов характерны вейник наземный, борщевик сибирский, скерда сибирская, орляк, володушка золотистая.
Степных урочищ в заповеднике мало, занимают они крутые южные склоны речных долин, каменистые и скальные участки. В отличие от горных степей Узянского участка они носят более луговой характер, очень красочны, богаты видами. В них обычны карагана кустарниковая, степная вишня. На выходах скальных пород - участки каменистой степи с обычными для Южного Урала петрофилами. Скалы сплошь покрыты лишайниками, которые вместе со злаками - типчаком и изредка ковылем перистым - образуют фон, на котором в разное время года меняются цветовые аспекты, особенно яркие весной и ранним летом. В конце мая многие скалы покрываются белым ковром цветков шиверекии подольской, желтеют многочисленные оносмы и бурачки, розовыми купами выделяются группы астры альпийской и василька сибирского. С наступлением лета издалека видны голубые соцветия мордовника обыкновенного, лиловые куртины тимьяна, золотые звездочки очитка гибридного, пышные белые соцветия таволги шестилепестной. До самой осени на уже поблекшем покрове из лишайников, сухих злаков и сизых полыней цветет розовая гвоздика разноцветная.
На затененных участках среди скал, в прохладных расщелинах, нишах, неглубоких пещерах растут скальные папоротники: тонкое кружево образуют листья пузырника ломкого, из щелей выбрасывает перистые вайи многоножка обыкновенная. Там же изредка растут мелкие папоротники - костенец волосовидный и зеленый. Цветов здесь немного. И поэтому особенно заметны розовые соцветия кортузы Маттиола.

© Позднякова Э.П., Лоскутов А.В., Скокова Н.Н. 1989
(с изменениями и дополнениями).