Заповедник «Шульган-Таш» создан в 1958 году как участок «Прибельский» восстанавливаемого Башкирского государственного заповедника. В 1986 году по Постановлению СМ РСФСР № 9 от 6 января был преобразован в самостоятельный заповедник и получил современное название.

Заповедник находится на западном макросклоне Южного Урала, водоразделе рр. Белая и Нугуш (скальный массив Шульган-Таш); в Бурзянском районе республики Башкортостан.

Основная цель создания – охрана аборигенной популяции башкирских диких пчел (единственный в мире заповедник, охраняющий аборигенных пчел); а также охрана горно-таежных экосистем предгорий Южного Урала. Кроме того, в пределах заповедника находится одна из известнейших карстовых пещер мира – Каповая, и ряд других крупных пещер.

22 531 га

1

Заповедник фактически является заповедным ядром национального парка «Башкирия» - граничит с ним с юга и запада.

В южной части заповедника находится Капова пещера ("Шульган-Таш") - памятник культуры мирового значения с рисунками древнего человека эпохи палеолита. Есть Музей истории бортевого пчеловодства.