Заповедание создало благоприятные условия для восстановительных сукцессии во всех биогеоценозах. Их ускорению и направленности способствовали некоторые регламентированные лесохозяйственные и лесокультурные работы.

На территории, занимаемой сейчас Узянским участком, до 1894 г. находились надельные леса башкирского населения, которые для хозяйственных целей вырубались мало. Построенные в середине XVIII в. Авзянский и Кагинский металлургические заводы постоянно требовали для выплавки металла древесный уголь, для получения которого лес выжигался сплошными урочищами, а население вырубало кондовый лес для построек. Результаты такого хозяйствования сказались в 1910-1911 гг., пожары на огромной площади уничтожили не только подрост, но и стоявшие на корню деревья (Гудков, Гудкова, 1985).

Организация в 1894 г. лесничества вызвала расширение площади рубок. В 1914-1916 гг. был пройден истощительной выборочной рубкой водозащитный участок между реками Саргая и Южный Узян на площади около 6 тыс. га. Расстройство лесов завершили грандиозные пожары 1920 и 1921 гг. Они полностью уничтожили на территории будущего заповедника еловые насаждения. Следы пожаров и рубок заметны до сих пор. И сейчас нередко можно встретить огромные старые пни лиственниц — бывших гигантов исчезнувших лесов.

Сокращение лесных площадей и неумеренный, хищнический промысел обеднили животный мир. Заметно уменьшилась численность таких ценных охотничьих животных, как лось, косуля, лесная куница, выдра, европейская норка. Стало меньше боровой дичи. Среди местного населения все большую популярность получало животноводство, оттеснившее промысловую охоту, рыболовство и древний башкирский промысел — бортничество. Увеличивающееся поголовье скота требовало расширения кормовой базы, и под сенокосы дополнительно вырубались леса.

Многочисленные стада, особенно овец и коз, в поисках корма поднимались к вершинам хребтов, где в условиях экстремального существования лесов вытаптывали всходы и подрост деревьев, уплотняли и без того тонкий слой почвы горных степей. В результате на больших пространствах в верхней части склонов и на гребнях хребтов исчезли уникальные горные сосновые и лиственничные леса, уступившие место вторичным, часто засоренным антропогенным степям. Перевыпас обезобразил коренные степи этого края, лишив их чувствительных к вытаптыванию видов и создав условия для сорняков.

Хозяйственная деятельность на территории заповедника прекратилась не сразу. В начале 30-х годов охрана была еще недостаточной: от беспорядочного сенокошения и продолжающихся рубок сильно страдала растительность, а животные — как от разрушения их естественных местообитаний, так и от браконьерства. Но в 1935 г. рубки были прекращены, охрана заповедника значительно улучшилась. За первые двадцать лет существования заповедника на его территории не было ни одного пожара. Благодаря заповедности стало значительно больше сосновых и березовых молодняков, выросла численность животных.

В 1951 г. Башкирский заповедник был ликвидирован, а на его территории организовали лесхоз. Началась интенсивная эксплуатация леса. На бывшей заповедной территории работало несколько лесопромышленных организаций. Было сплошь вырублено свыше 1300 га наиболее ценных лесов, с 1954 по 1956 г. заготовлено 30 тыс. м3 леса. Лучшие сосны использовались для сбора смолы — подсочки. Многочисленные стада овец и крупного рогатого скота паслись на остепненных склонах и обширных луговых полянах. Большие площади ежегодно отводились под сенокосы, а часть территории была распахана.

После вторичного учреждения заповедника в 1958 г. пришлось заново начинать работы по восстановлению нарушенного природного комплекса: санитарные и биологические рубки, посадки лесокультур проводились до середины 70-х годов. Для улучшения условий обитания некоторых животных долгое время проводились биотехнические мероприятия: подкормка маралов, устройство солонцов, уничтожение волков, устройство порхалищ для тетеревиных птиц, развешивание искусственных гнездовий.

Башкирский заповедник в отношении антропогенного воздействия находится в сравнительно более благоприятной ситуации, чем другие районы Башкирии. Но непрекращающиеся рубки на прилегающих территориях, особенно в водоохранной полосе малых рек, отрицательно влияют на гидрологический режим водотоков заповедника и водно-термический режим почв пограничных участков. Несомненно, воздействует химизация сельского хозяйства окружающих районов. Численность ценнейших рыб — форели, тайменя, хариуса — из года в год сокращается в связи не только с браконьерством, но и с загрязнением близких к заповеднику водоемов, особенно в окрестностях крупных населенных пунктов и животноводческих ферм. Эти неблагоприятные факторы отражаются также на численности околоводных и водоплавающих птиц, околоводных млекопитающих.

В естественные экосистемы внесла нарушения и акклиматизация чуждых природному комплексу заповедника видов растений и животных. Некоторые из них (марал, американская норка) сумели приспособиться к здешним условиям, и сейчас их жизнедеятельность существенно отражается на заповедном природном комплексе. Не исключена роль маралов как пищевых конкурентов косули, американская норка практически вытеснила коренной вид — европейскую норку, снизила численность рыб, например форели. Особую тревогу вызывает вселение чуждых для Башкирии пород пчел. Это незаметное, но постоянное антропогенное влияние может привести к серьезным последствиям. Изыскание мер по ослаблению этого влияния — одна из важнейших современных задач заповедника.

© Позднякова Э.П., Лоскутов А.В., Скокова Н.Н. Башкирский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники Европейской части РСФСР. II. - М., Мысль, 1989. с. 234-263.
(с изменениями и дополнениями)