До организации заповедника часть его территории в той или иной степени подвергалась воздействию человека.

Туристы, сборщики ягод проложили тропы, вытоптали брусничники, черничники, способствовали резкому сокращению обилия редких видов растений (например, родиолы розовой). Сенокошение и выпас скота отразились на флористическом составе и структуре некоторых луговых фитоценозов. Наибольшее влияние испытала растительность подгольцового пояса, где за последние 40 лет на лугах появилось около 20 видов заносных растений. Проложенные по склонам гор дороги вызвали водную эрозию почв. Сплошные рубки леса в непосредственной близости от границ заповедника способствовали распространению насекомых — вредителей леса и обеднению фауны наземных позвоночных животных.

Леса заповедника в основном коренные. Антропогенная смена растительного покрова происходит сейчас на старых вырубках, занимающих около 5% территории заповедника, которые в настоящее время заросли разновозрастными лиственными деревьями (березой, ольхой).

© Воронов Г.А., Никулин В.Ф., Акимов В.А., Баландин С.В. Заповедник «Басеги». // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. I. - М., Мысль, 1988. с. 248-264.