Рельеф
На большей части территории ООПТ значительные пространства заняты равнинами озерного происхождения, ярко выражены в рельефе карстовые образования с моренными образованиями, грядами и большим количеством озер. Хорошо выражен микрорельеф, он представлен в лесу кочками, замшелыми повышениями от пней и валежа.
Равнинность рельефа основной геоморфологической части способствует развитию промывочно-водного режима почв, а в соответствующих условиях - заболачиванию больших территорий.
Отметка высот в горизонталях - максимальная 60 м в районе оз. Пунанец, минимальная - 30 м у озера Михайловское.

Климат
Среднемесячная температура месяца года:
самого теплого + 16^о С; самого холодного - 15^о С; годовая сумма осадков - 560 мм.

Роза ветров:

Румб	С	СВ	В	ЮВ	Ю	ЮЗ	З	СЗ	О
%	12	10	4	15	18	17	14	10	4

Почвенный покров неоднороден, в большей степени неоднородность выражена под пологом леса. Наиболее распространенными почвообразующими породами в заказнике являются моренные наносы, верхний слой которых песчаный или супесчаный, нижний слой - суглинистый или глинистый.
Наиболее распространены следующие типы почв: подзолистые, болотные и дерново-глеевые. Из подзолистых почв: подзолы маломощные, слабо-средне-сильно подзолистые, болота на территории заказника трех типов. Глубина заказника супесчаного слоя - 22-40 см ; суглинок - 28-42 см; почвы избыточного увлажнения занимают 53,5 %.
Водный режим заказника регулируется бассейном рек Емца, Ваймуга, Иликса, Сия.

Гидрография
Суммарная протяженность речной сети – 82,5 км. Основные типы водоемов представлены озерами, которых в заказнике 52, болот – 16.

Лесной фонд
Из всей покрытой лесом площади па долю хвойных пород приходится 80%, лиственных 20%. Наибольшую площадь занимают сосновые бора. 60% насаждений имеют полноту 0,6-0,7.
Лесной фонд представлен большей частью сосновыми насаждениями. В сосняках преобладают сосняк-черничник, сосняк-сфагновый; в ельниках – ельник-черничник, ельник- долгомошник. Видовой состав древостоя - 6С2Е2Б. Возраст насаждений 100-120 лет; запас в сосняках 160-180 куб.м на 1 га; в ельниках - 220-240 куб.м на 1 га.
Угодья представлены разновидностью ягод: морошка, черника, брусника, голубика, клюква.
Грибы: подосиновики, подберезовики, волнушка, груздь.
Кустарниковые растения: шиповник, можжевельник, рябина, черемуха, смородина красная, смородина черная, малина.

Фауна
Охотничьи животные: лось, кабан, медведь бурый, рысь, росомаха, куница лесная, норка, белка, выдра, бобр речной, заяц-беляк, барсук, ондатра и пр.
Боровая дичь: глухарь, тетерев, рябчик.
Водоплавающая дичь: кряква, большая серая утка, чернеть, гоголь.

© По материалам Главохоты