Рельеф расчлененный: гряды и холмы чередуются глубокими понижениями.

Климат прохладный и влажный. Погода неустойчивая, характеризуется частым прохождением циклонов, малой суточной амплитудой колебаний, высокой относительной влажностью воздуха (77 %). Погода вследствие частых циклонов очень неустойчивая. Зимой прохождение циклонов вызывает продолжительные оттепели с обильными осадками, сменяющимися резкими похолоданиями. Летом циклоны сопровождаются понижением температуры воздуха, сильными ветрами и осадками, Среднегодовая температура воздуха +2,5 ^оС. Самый холодный месяц в году - февраль, его среднемесячная температура -10,2 ^оС. Самый теплый месяц - июль, его среднемесячная температура +16,5 ^оС. С наступлением отрицательных температур осенью наступает промерзание почвы. Оно начинается в ноябре и постепенно нарастает, достигая 60 см (в апреле). Наибольшая глубина промерзания наблюдалась в 1963 году - 140 см. Оттаивание почвы весной под снежным покровом происходит медленно, лишь после схода снега (средняя дата 23 апреля) оттаивание активизируется. Средняя дата полного оттаивания почвы - 5 мая. Среднегодовое количество осадков - 639 мм. Наибольшее количество осадков выпадает в летне-осенний период (июнь-октябрь), наименьшее - зимой (февраль-апрель). Преобладают ветра юго-восточного и юго-западного направления со скоростью 2-5 метров в секунду. Штилевая погода наблюдается редко и держится недолго. Наиболее сильные ветра наблюдаются в декабре-январе, период затишья - апрель, август, сентябрь. Высота снежного покрова – 40-50 см.

Почвенный покров
Почвы сильно и среднеподзолистые в сочетании с торфяно-подзолистыми и торфяно-глеевыми. Основные покровные образования - озёрно-ледниковые слоистые глины, суглинки, супеси, составленные из кварца, полевых шпатов и слюды. Мощность четвертичные наносов 20-40 м. В низинах - более поздние торфо-болотистые отложения мощностью 0,5-2 метра. Уровень залегания грунтовых вод – 0,5-2 м.

Гидрологическая сеть заказника представлена акваторией Ладожского озера (километровая зона вдоль побережья), озером Сегежское, рекой Обжанка, мелиоративной сетью. Протяженность береговой полосы Ладожского озера составляет 116,5 км. Общая площадь акватории - 1,65 тыс. га.
Озеро Сегежское. Общая площадь 1600 тыс. га, площадь в пределах заказнкка 612,5 тыс.га.
Река Обжанка. Вытекает из Сегежского озера, впадает в Ладожское озеро. Общая протяженность 25 км.

Растительные сообщества
На холмах и верхних частях склонов произрастают сосняки лишайниковые, сосняки-брусничники, на пологих склонах - сосняки-черничники, на равнинах - сосняки-черничники, на замкнутых западинках - сосняк багульниковый, сосново-еловый долгомошник, ельник осоково-долгомошный. Производные типы леса образуются мелколиственными породами: березой, осиной, ольхой серой. Древостой производных типов леса - смешанные ББ, СБ, ЕСБ, ЕОс, доли участия хвойных пород различные. В лесах преобладают зеленомошники -56%, долгомошники - 21%, сфагновые - 15%, лишайниковые - 4%. Сосна занимает 56% лесной площади, ель - 25 %, по возрастному составу - спелые древостои - 65 %, приспевающие - 10 %, молодняки - 25%, бонитет – IV-V, редко III классов.

Основными лесообразующими породами являются: сосна (63 %), береза (17 %), ель (14 %), осина (2 %), ольха серая и черная, ива.

© По материалам Главохоты