Обоснование создания заказника
Заказник создан для охраны природы тундрового комплекса Ненецкого автономного округа с учетом дефицита оленьих пастбищ и традиционных видов хозяйственной деятельности коренного населения.

Особую ценность Ненецкий заказник представляет как территория с благоприятными местами обитания лебедя-кликуна, а также малого лебедя и орлана-белохвоста, занесенных в Красную книгу СССР. Здесь охраняются также места массового гнездования многих видов водоплавающих птиц (гуси гуменник и белолобый, шилохвость, свиязь, морская чернеть, морянка, синьга, турпан и др.).

Рельеф
Местность в пределах заказника представляет собой сильно заболоченную низменность с многочисленными озерами и протоками между ними. Озера имеют карстовое или ледниковое происхождение. Более 1/4 площади заказника составляют прилегающие к материковой суше участки акватории. Максимальная высота увалов Малоземельской тундры превышает 100 м.

Климат субарктический. Особенностью климата являются частая смена воздушных масс, связанная с циклонами. Среднегодовая температура –5^оС. Самый теплый месяц - июль, максимальная температура + 29 ^оС. Самый холодный месяц - февраль, минимальная температура - 41 ^оС. Годовая сумма осадков от 330 до 391 мм. В теплый период выпадает около 75% годовой нормы. Снежный покров сохраняется в среднем 221-231 день в году. Отчетливо выражена сезонная цикличность преобладающих ветров. В холодный период господствуют южные и юго-западные ветры, в теплый - ветры северных румбов. Среднегодовая скорость ветра - 5-7 м/сек., т.к. четверть площади заказника составляют акватории, прилегающие к материковой суше, считаются устьевым взморьем р. Печоры. Ежегодно морские приливы достигают 1 м.Сезонные подъемы воды в период половодья – до 2,5 м, нагонные (под воздействием ветров северных румбов) – до 0,85м.

Почвенный покров представлен тундровыми, болотно-тундровыми и болотными почвами. Почвообразующими породами являются главным образом валунные глины и суглинки, песчаные отложения. При этом поверхностный слой песка имеет большей частью незначительную толщину. Профили тундровых почв характеризуются малой мощностью (24-26 см ), оглеением, близким залеганием мерзлоты ( 52-59 см) и слабой выраженностью генетических горизонтов.

Гидрологическая сеть
Гидрологический режим внутренних водоемов заказника изучен слабо. Площадь водоемов: озера и реки – 31 044 га, акватория Баренцева моря – 120 000 га.

Топографические названия основных гидрологических объектов: Баренцево море, Печорское море, Коровинская губа, Кузнецкая губа, Колоколковская губа; озера: Янгутей, Кузнецкое, Белузей-то, Хуновей-то, Песчанка-то, Западный-то и другие.

Растительные сообщества
Заказник располагается на границе двух подзон - арктических северных тундр и типичных тундр. Воздействие долины реки Печора оказывает большое влияние на развитие болотной, луговой, кустарниковой растительности. Лесной фонд представлен кустарниковой растительностью малой площади.

На территории заказника встречаются редкие растения: родиола розовая, дриада восьмилепестная, жирянка альпийская, валериана блестящая, кортуза Маттиоли.

Животный мир
Животный мир отличается относительной бедностью. Из млекопитающих коренными обитателями здесь являются песец и обский лемминг. В южную часть из лесной зоны периодически заходят лось, заяц-беляк, бурый медведь, росомаха, лисица, волк. В летней орнитофауне резко преобладают гусеобразные и кулики. Насчитывается б видов чаек. Наиболее многочисленна серебристая чайка. Повсеместно встречается белая куропатка, обычна белая сова. Из отряда хищных птиц отмечены мохноногий канюк, орлан-белохвост, сокол-сапсан, встречающиеся редко.

Редкие виды животных

1. Малый (тундровый) лебедь Суgnus Bеwickii, Yаrrеll, 1830. Красные книги СССР, РСФСР, Архангельской области. СтатусIII.
2. Орлан-белохвост Наliaeetus albicilla, L.1758. Красные книги МСОП, СССР, РСФСР, Архангельской области. Cтатус II. Численность сокращается.
3. CапсанFа1cо регеgrinus, Тunstall, 1771. Красные книги МСОП, СССР, РСФСР, Архангельской области. Статус II. Редкий вид.
4. Беркут - Aqvila chrysaetos, L., 1758. Красные книги СССР, РФ, Архангельской области. Статус II. Редкий вид.
5. Кречет – Falko rusticolus, L., 1758. Красные книги СССР, РФ, Архангельской области. Статус III. Редкий вид.
6. Белощекаяказарка - Вгаnta leucopcis, Весhstein, 1803. Красная книга Архангельской области. Статус III.