Географическое положение и рельеф
Заказник расположен в котловине Онежского озера, где развит шхерный тип побережий. Рельеф полуострова моренно-грядовый. Гряды и скалистые кряжи вытянуты с северо-запада на юго-восток. На юго-востоке полуострова Заонежье расположено несколько сотен островов. Цепочки островов ориентированы в том же направлении и являются продолжением материковых гряд. Преобладают ледниковые отложения, распространены выходы коренных горных пород, шунгитовых сланцев. Площадь акватории - 27 тыс.га.

Климат Заонежья мягче, чем на соседних территориях. Основные климатические характеристики Заонежья: среднегодовая температура воздуха 2,1 °С, среднемесячная февраля -10,8 °С, июля +16,8 °С. Сумма температур выше + 5° составляет 1852, выше + 10° - 1487. Число дней с температурой воздуха выше 0° - 201, выше +5° - 154, выше +10° - 105. Средний срок последнего наступления мороза весной - 20 мая, первого мороза осенью - 7 октября. Безморозный период - 139 дней. Высота снежного покрова от 40 до 70 см. Осадков летом 200-250 мм, за год 550-600 мм. Господствующие ветры летом - северные и северо-восточные, зимой - западные и юго-западные.

Растительные сообщества
Заказник расположен в зоне зеленомошных хвойных лесов, однако в его пределах преобладают смешанные и лиственные древостои, основные лесообразующие породы - береза, осина, серая ольха, ель, сосна, встречаются чистые насаждения из ивы, рябины, древовидной черемухи.

© По материалам Главохоты