Интерес представляет история научных исследований на территории парка. Активное освоение района оз.Паанаярви происходило с начала XIX в. К этому же времени относятся первые сообщения о флоре региона.
Конец XIX в. характеризует собой процесс массового посещения Паанаярви ботаниками. Натуралисты рассматривали Паанаярви как “ботанический рай”. Его флоре посвящены многие десятки публикаций как частного, так и общего плана.
Современный этап флористических исследований начался в 1988 г. Сложная и интересная в научном плане работа по дальнейшей инвентаризации флоры затруднена исключительным разнообразием природы национального парка и мозаичностью местообитаний.
Современные исследования связаны с деятельностью национального парка. Приоритетным направлением деятельности службы охраны национального парка является сохранение редких и исчезающих видов животных, а также уникальных и типичных местообитаний. В настоящее время в основе деятельности национального парка по охране и контролю населения животных лежат регулярно проводимые учетные работы и исследования ихтиофауны и запасов рыб, в т.ч. генетики лососевых рыб, проводимые институтом биологии Карельского научного центра РАН.
© Справочник "Национальные парки России". Москва: Изд-во Центра охраны дикой природы, 1996 г.