Согласно ботанико-географическому районированию растительность парка относится к Прибалтийско-Белорусской подпровинции Североевропейской таежной провинции Евразиатской таежной области. Регион располагается в подзоне широколиственно-еловых лесов.

Об аборигенной флоре региона судить сложно, т.к. она сильно трансформирована за тысячелетнюю историю освоения. Особо следует выделить то, что данная территория долгие годы являлась местом направленной интродукции древесных растений, многие из которых натурализовались (более 90 видов). Но по предварительным оценкам в составе флоры не менее 500 видов сосудистых растений, входящих в состав природных и искусственных лесных насаждений, прибрежных дюнных комплексов и мелколиственных лесных сообществ.

Формирование современной растительности Куршской косы имеет продолжительную и весьма своеобразную историю. После образования коса постепенно заросла лесом. Однако, вследствие хозяйственной деятельности к XVII-XVIII вв. леса были практически уничтожены, что привело к развитию здесь интенсивной ветровой эрозии. Движущиеся пески стали засыпать поселки, дороги, остатки лесов. Сложившаяся на косе катастрофическая ситуация требовала незамедлительного принятия мер по борьбе с песчаными заносами. В 1768 г. Общество естествоиспытателей в городе Данциге объявило конкурс на лучшее средство по укрощению стихии на косе. Победителем стал профессор Тициус, который внес предложение вернуть дюнам былую лесную растительность. С этой целью был разработан план мероприятий и технологические приемы закрепления песков. В середине XIX в. на косе развернулись массовые посадки леса.

В течение долгих десятилетий велись трудоемкие работы по закреплению дюн за счет создания на них лесопарков. В лесном деле появилась новая специальность — дюнное лесоводство, а коса превратилась в опытное поле для лесоводов. Сюда для испытаний завозились как местные, так и интродуцированные виды деревьев и кустарников из Северной Америки, Дальнего Востока, Центральной и Южной Европы. Испытывались разные варианты механических защит и различные виды растенийпесколюбов.

Из покрытых лесом земель национального парка более 77% приходится на лесные насаждения искусственного происхождения.

Основными лесообразующими породами являются сосна обыкновенная (Pinus sylvestris) — 55%, ель (Picea abies) — 4%, береза повислая (Betula pendula) — 1,6%, ольха черная (Alnus glutinosa) — 15%. Преобладают леса зеленомошной группы со сплошным моховым покровом. Травяной ярус редкий и слабо развит. Довольно широко распространены насаждения ольхи черной (Alnus glutinosa), произрастающие на свежих избыточно увлажненных почвах. Обычны леса с доминированием в напочвенном покрове кислицы (Oxalis acetosella), таволги вязолистной (Filipendula ulmaria), крапивы двудомной (Urtica dioica). При высоком уровне грунтовых вод в черноольшаниках преобладает вейник седеющий (Calamagrostis canescens) и осоки (Сагех spp.).

В течение многих лет для закладки опытов на косу завозились и высаживались различные виды деревьев и кустарников, всего более 90 видов. Поэтому, кроме перечисленных основных лесообразующих пород, здесь встречаются интродуцированные виды: сосны — Банкса, Муррея, черная и др. (Pinus banksiana, P. murrayana, P. nigra); ель — белая или канадская (Picea glauca), ель колючая (Picea pungens). Эти виды — представители североамериканской флоры. Из других видов-интродуцентов можно отметить лиственницу европейскую (Larix decidua), тую — гигантскую и западную (Thuja gigantea, T. occidentals), сосну горную (Pinus mugo), клен американский (Acer negundo), тополь — белый, канадский, черный (Populus alba, P. canadensis, P. nigra), липу крупнолистную (Tilia platyphyllos). На территории парка встречаются также можжевельник обыкновенный (Juniperus communis), дуб черешчатый (Quercus robur), ясень обыкновенный (Fraxinus excelsior), липа сердцевидная (Tilia cordata), вяз голый (Ulmus glabra) и др.

Из кустарников чаще других встречаются различные виды ив (Salix spp.), шиповника (Rosa spp.), боярышник кроваво-красный (Crataegus sanguinea), жимолость лесная и татарская (Lonicera xylosteum, L. tatarica), рябина (Sorbus aucuparia), бересклет бородавчатый и европейский (Euonymus verrucosa, E. europaea), барбарис (Berberis vulgaris), бузина красная и черная (Sambucus racemosa, S. nigra), смородина черная и красная (Ribes nigrum, R. rubrum), черемуха (Padus avium), калина (Viburnum opulus) и др.

Исключительно большую роль на косе играет травянистые виды и в первую очередь виды-песколюбы: колосняк гигантский (Elymus giganteus), тростник (Phragmites australis), чина приморская (Lathyrus maritimus), волоснец песчаный (Leymus arenarius), песколюбка песчаная (Ammophila arenaria), осока песчаная (Сагех arenaria), фиалка песчаная (Viola arenaria) и др. На косе встречается ряд редких и исчезающих видов растений, в том числе занесенных в Красную книгу СССР (1984), Красную книгу Российской Федерации (1988) и региональные Красные книги. К редким и охраняемым в регионе видам относятся: жарновец метельчатый (Sarothamnus scoparius), синеголовник приморский (Eryngium maritimum), лунник оживающий (Limaria rediviva), линнея северная (Linnaea borealis), гудайера ползучая (Goodyera repens), дремлик темно-красный (Epipactis atrorubens), ладьян трехнадрезанный (Corallorhiza trifida), тайник сердцевидный (Listera cordata), тайник яйцевидный (L. ovata), палыдекорник пятнистый (Dactylorhiza inaculata), пальцекорник Фукса (D. fuchsii), любка зеленоцветковая (Platanthera chlorantha), любка двулистная (P. bifolia).

© Справочник "Национальные парки России". Москва: Изд-во Центра охраны дикой природы, 1996 г.