Одной из важнейших задач парка является сохранение уникального историко-культурного наследия Кенозерья. В настоящее время памятники архитектуры взяты парком на баланс, и парку же переданы права органа государственной охраны и контроля над ними.
Со дня основания парка в большом объеме ведутся научные, проектные и реставрационные работы по памятникам архитектуры с привлечением специалистов и ведущих институтов и реставрационных мастерских С.-Петербурга, Москвы, Архангельска.
В структуре парка создан музейный комплекс, в состав которого входит научно-экспозиционный отдел, отдел фондов, отдел возрождения традиционной среды обитания (сектор промыслов и ремесел, сектор туризма), укомплектованные специалистами высокой квалификации. Ведутся реставрационные работы по восстановлению монументальных росписей культовых памятников деревянного зодчества, мебели, предметов быта. Собрана богатейшая коллекция церковной живописи, утвари, старинной одежды и предметов быта. В рамках программы восстановления традиционной среды обитания созданы мастерские народных промыслов, где применяются старинные технологии изготовления предметов быта.
Другое направлением научных работ в парке в настоящий момент связано с инвентаризацией компонентов природного комплекса: болот, высших сосудистых растений, орнитофауны, исследования проводятся с привлечением специалистов научно-исследовательских институтов Карелии, Москвы, С.-Петербурга и координируются отделом природных ресурсов и науки национального парка.

© Справочник "Национальные парки России". Москва: Изд-во Центра охраны дикой природы, 1996 г.