Парк расположен в подзоне средней тайги. В соответствии с ботанико-географическим районированием его растительность относится к Кольско-Печорской подпровинции Североевропейской таежной провинции Евразиатской таежной области.

Флора насчитывает 534 вида, 61 из которых относится к редким и исчезающим охраняемым видам, в т.ч. включенным в Красные книги Российской Федерации, Карелии, редким видам Архангельской области и бассейна р.Онега. Особого внимания заслуживает семейство орхидиых, многие виды которого взяты под охрану МСОП. Среди них в Красную киту Российской Федерации занесены венерин башмачок настоящий (Cypripedium calceolus), пальцекорник Траунштейнера (Dactylorhiza traunsteineri), пальцекорник Руссова (D. russowii), калипсо луковичное (Calypso bulbosa). Также на территории парка встречается дремлик темно-красный (Epipactis atrorubens) и другие видь: орхидных, всего 26 видов, то есть все виды этого семейства, встречающиеся на Европейском северо-востоке.

В структуре растительного покрова ведущие позиции занимают леса - 74,2% от всей территории парка. Однако на долю коренных лесов приходится всего 15%. Преобладающими являются хвойные насаждения, которые занимают 81,7% лесопокрытой площади, из них сосновые (Pinus sylvestris) - 50,3%. Среди лиственных лесов доминируют березняки (Betula pubescens, В. pendula) - 94,8%, доля ольшаников из ольхи серой (Alnus incana) составляет 0,9%, ивняков (ива козья (Salix саргеа), ива корзиночная (S. viminalis) и др.) - 0,1%. Преобладающими типами сосновых и еловых лесов являются черничные (с доминированием Vaccinium myrtillus), занимающие 43,8% лесопокрытой площади, кисличные (Oxalis acetosella) - 31,1%, долгомошные (с Polytrichum commune) - 9,8%, сфагновые (с Sphagnum girgensohnii, Sph. squarrosum, Sph. obtusum и др.)- 5,8%. Пойменные и суходольные луга занимают незначительную площадь - менее 1 тыс. га. Преобладают сенокосные и пастбищные луга на залежах. Пойменные луга отличаются высоким видовым богатством. Площадь болотных экосистем парка - 1,8 тыс. га. Среди болотных сообществ преобладают верховые болота с сосной (Pinus sylvestris), багульником болотным (Ledum palustre), голубикой (Vaccinium uliginosum), клюквой (palustris), сфагновыми мхами (Sphagnum spp.).

В процессе обследования парка будут уточнены ботанические объекты, подлежащие особой охране.

© Справочник "Национальные парки России". Москва: Изд-во Центра охраны дикой природы, 1996 г.