Леса внутриболотных минеральных островов на протяжении последних нескольких столетий неоднократно рубились, а освободившиеся земли распахивались или использовались под сенокосы. Так, по свидетельству старшего участкового инспектора ГПЗ "Рдейский" Вячеслава Смирнова, еще в сороковых годах XX столетия жители деревни Нивки и окружающих деревень занимались заготовкой дров на близлежащих минеральных островах, добираясь по замерзшему болоту до острова Еловик. На интенсивные рубки леса указывает порослевое происхождение дуба и липы в древостоях с их участием.

По словам местных жителей, строевая и поделочная древесина, вывезенная с минеральных островов, пользовалась большим спросом из-за большей плотности и низкой подверженности гниению.

На островах, наиболее значительных по размерам, существовали населенные пункты: так, например, на острове Межник до сих пор сохранились фундаменты построек. Как пишет писатель-краевед Марк Костров, до войны здесь была расположена деревня с населением до 18 дворов.

Кроме того, часто встречаются шурфы кладоискателей, особенно на небольших, одиночно расположенных островах. Пик активности кладоискателей приходится на 80-90-е гг. XX в.

Примерно с этого же времени и до организации на данной территории заповедника минеральные острова были местом охоты охотников-промысловиков. На островах Осиновая Гряда и Еловик до сих пор сохранились остатки охотничьих избушек, древостой в непосредственной близости к ним носит следы неоднократных рубок. На острове Межник был найден охотничий шалаш со следами посещения в сезон 2003 года.

На сегодняшний день большая часть лесов минеральных островов Рдейского заповедника представлена относительно молодыми, одновозрастными лесами.

Болотные сообщества подверглись антропогенному воздействию в меньшей степени и затронуты в основном традиционными видами природопользования - сбором ягод (в первую очередь клюквы) и охотой. Наибольший ущерб болотным экосистемам наносится пожарами, которые возникают в особо засушливые годы.