Район заповедника и прилегающих территорий исследовался задолго до его создания. Экспедициями Ленинградского и Архангельского отделов Географического общества СССР (Н. П. Торсуев, В. М. Голод, Н. А. Коврижных, М. А. Рейхберг, В. Н. Малков, Ю. И. Николаев и др.) изучались карстовые процессы: проводились поиск и топографическая съемка пещер, изучение форм поверхностного карста.
Экспедиция Института географии АН СССР под руководством С. В. Горячкина в течение трех лет собирала материал для составления крупномасштабной почвенной карты.
Изучение флоры связано с именами Р. Р. Поле, П. Н. Устрецкого, работавших в начале XX в., Ал. А. и ан. А. Федоровых, А. И. Толмачева. В последние годы большая работа проделана флористами Е. В. Симачевой и Н. С. Касаткиной, долгое время возглавлявшей научный отдел заповедника. Изучение растительности было начато А. М. Леонтьевым, Д. Н. Сабуровым, И. О. Бузуновой и продолжается ботаниками Ленинградского педагогического института им. А. И. Герцена под руководством С. А. Дыренкова.
В научном отделе заповедника 6 сотрудников. С 1978 г. ежегодно составляется «Летопись природы», подготовлено 7 томов. Научные фонды заповедника в связи с его относительной молодостью не очень велики, но активно пополняются, здесь уже около 3500 листов гербария; фитоценотека из 351 геоботанического описания; зоологическая картотека из 7280 карточек, около 300 паспортов зоологической коллекции; около 200 фенокарточек; фототека (около 500 сюжетов). Научная библиотека заповедника имеет свыше 3 тыс. томов. На заповедной территории разработана сеть маршрутов и стационарных площадей для многолетних наблюдений, в том числе 12 геоботанических и 13 фенологических.
Учет численности промысловых млекопитающих (по следам) и боровой дичи проводится дважды в год — в декабре и марте — на 10 стационарных учетных маршрутах общей протяженностью около 125 км. Ежегодно проводится авиаучет лосей с применением вертолета Ми-8. Мышевидных грызунов и насекомоядных учитывают методами ловушко-линий и ловчих траншей. Заложен постоянный маршрут длиной 4 км для учета наземногнездящихся птиц (а также амфибий и рептилий) и 2 маршрута для учета водоплавающих птиц — на оз. Першковском (3 км) и на р. Сотке (30 км). Закончена инвентаризация цветковых растений, амфибий, рептилий, птиц, млекопитающих, получены многолетние фенологические характеристики основных природных явлений; составлена почвенная карта заповедника; накоплен материал по гидрологии и карстовым процессам. Заповедник сотрудничает в изучении карстовых процессов с Ленинградским и Архангельским отделами Географического общества СССР, Ленинградским горным институтом; в изучении почв — с Институтом географии АН СССР; флоры и растительности — с Ленинградским педагогическим институтом им. А. И. Герцена, Московским педагогическим институтом им. В. И. Ленина, Горьковским, Пермским, Удмуртским университетами. Ежегодно в заповеднике проходят практику студенты.
Определенный вклад в накопление первичных научных данных вносят лесники и инженерно-технические работники лесного отдела, которые ведут ежедневные дневники наблюдений по специально разработанной программе.
Пропаганду идей охраны природы заповедник ведет в форме лекций, полевых экскурсий в пещеру «Голубинский провал» (вне заповедника), выступлений по районному радио и областному телевидению.
Охрану заповедной территории обеспечивает лесной отдел. Территория заповедника разделена на 2 лесничества — Соткинское и Голубинское.
Лесная охрана проводит патрулирование территории и весь комплекс заповедно-режимных мероприятий, обеспечивая надежную охрану заповедной территории.
© Шалыбков А.М., Байдерин В.В., Рыков А.М., Горячкин С.В., 1988 г.