Среднее Пинежье входит в Атлантико-Арктическую климатическую область умеренного пояса, с холодной зимой и прохладным летом. Безморозный период здесь длится в среднем 85—95 дней. Среднегодовая температура —0,2°. Среднемесячная температура самого теплого месяца в году, июля, равна 15,5°, самого холодного, января, —16,6°. Абсолютные максимум и минимум 31,8° и —48,6°. В течение года выпадает в среднем 510 мм осадков, почти равномерно распределяющихся по сезонам: в теплое время года — 55% (280 мм), в холодное — 45% (230,0 мм). Средняя многолетняя высота снежного покрова достигает 45 см (февраль).
Пинежский заповедник находится в среднем течении р. Пинеги, притока Северной Двины. Его территория охватывает часть бассейна р. Сотки, одного из истоков р. Кулой, участки восточного уступа Беломорско-Кулойского плато, богатые карстовыми образованиями. В заповеднике есть уникальные ландшафты, не характерные для Архангельской области и северной тайги, однако массивы заболоченных моренных равнин на западе заповедника типичны для природы этого региона.
В пределах территории заповедника выделяются три геоморфологических района: плоская заболоченная водораздельная равнина; возвышенное холмистое структурно-денудационное плато с красно-цветными мергелями и песчаниками; карстовая равнина.
Пинежье — самая северная на Восточно-Европейской равнине область широкого развития поверхностного карста. В районе заповедника встречается преимущественно покрытый гипсово-анги-дритный карст (Чикишев, 1965).
Сложный и многообразный карстовый рельеф — следствие как древних процессов, имеющих геологический возраст в миллионы лет, так и современных рельефообразующих процессов. Широкому распространению и развитию карста способствует приповерхностное залегание толщи пермских гипсов и ангидритов, морских солей, отложившихся 180 млн. лет назад на дне мелких высыхающих заливов и лагун. В мезозое происходил размыв перекрывающих их красноцветных пород, по трещинам вода проникала в толщу гипсов. Уже тогда, как полагают, сформировался карстовый ландшафт и возникли пещеры, общая протяженность подземных ходов которых достигала десятков километров. Развитие карста было приостановлено оледенениями четвертичного периода. Ледники выровняли рельеф, продавили своды пещер. Так, вероятно, возникли такие карстовые лога, как Мосеев, Визгунов, Карьяловский и др. В обрывистых стенках логов и сейчас видны гроты и ниши — остатки сводов мезозойских пещер, зияют входы в многочисленные галереи. Нередко из отверстия в одном борту лога вытекает ручей и через несколько десятков метров уходит под землю, в черный провал у стены противоположного борта. Лога тянутся иногда на 3—5 км.
Ледники оставили после себя покров моренных суглинков, который в значительной мере затормозил развитие карстовых процессов. В междуречьях сформировалась типичная для северной тайги моренная равнина с невысокими уплощенными грядами и обширными пространствами болот. В современный период карстовые процессы вновь активизировались.
Формы поверхностного карста поражают разнообразием. Здесь и глубокие, узкие конусовидные воронки (по-местному — «мурги»), и громадные, почти прямоугольные глыбы, рассеченные глубокими трещинами («шелопы»), и гигантские карстовые башни. Последние относятся к редким образованиям и известны всего в нескольких местах. Самый богатый по обилию и разнообразию карстовых форм — район Ераскиных озер. Столбообразные гипсовые башни напоминают то языческих идолов, то сфинксов, поднимаются на высоту 5—10 м над тихими водами озер, придавая таежному ландшафту чрезвычайную живописность. Такие места крайне труднопроходимы.
Густота сети карстовых пещер в этом районе — одна из самых высоких в мире: до 500 в пересчете на 1000 км2. Вблизи заповедника открыто более 80 пещер, и, по-видимому, еще не все. Ежегодные экспедиции спелеологов пополняют список открытий. Большая часть пинежских пещер напоминает широко известную Кунгурскую ледяную пещеру. Длина многих достигает нескольких километров: «Конституционной»—5,7 км, «Ленинградской»—3,6, «Голубинского провала»—1,2, «Лесниковской» — 1,0 км. Вот как описывает пещеру «Ленинградская» Д. Н. Сабуров: «Пещера начинается 400-метровой цепочкой из пяти примыкающих друг к другу сравнительно небольших залов. Чтобы проникнуть дальше в глубь пещеры, нужно из узкой щели в полу предпоследнего зала опуститься к руслу подземной речки и ползком преодолеть заполненный жидкой грязью туннель. Сразу за этим самым неприятным местом облик пещеры резко изменяется. Отсюда начинается широкий туннель высотой в 15 м и длиной в 100 м. В его конце находится «Зал пингвинов», названный так из-за огромных, в рост человека, ледяных сталагмитов, поднимающихся с его пола в холодное время года. За «Залом пингвинов» дно туннеля целиком занято подземной рекой. Через 40 м, миновав глубокую, по пояс, переправу через поток, попадаешь в самые грандиозные залы пещеры. Это купольный зал «Исаакиевский собор» высотой около 25 м, подземные галереи «Невский проспект» и «Средний проспект», оканчивающиеся «Широким залом» размером 30х50 м». Чрезвычайно красочен «Балуновский провал». Здесь текущий по дну лога ручей обрывается водопадом в глубокий (до 30 м) колодец на дне обширного грота, сложенного красными мергелями с полосами розового и зеленоватого полупрозрачного гипса и голубого ангидрита.
В пещерах переплетаются подземные галереи и залы, ручьи и речки сливаются в мощные потоки, обрываются водопадами, поднимаются частоколы из сталагмитов разнообразнейших форм — то в виде тонких колонок высотой до 2 м и диаметром около 5 см, то винтообразно закрученных, то в форме булавы или фантастических животных, громоздятся друзы ледяных кристаллов, ледяные колонны и занавесы. Уникальный подземный ледник находится в привходовой части пещеры «С-26», в долине р. Сотки: высота его — 4,8 м, длина — 38 м.
На территории заповедника 83 озера, есть такие большие таежные ручьи, как Котбой и Падров, с запада на северо-восток протекает порожистая Сотка.
Большинство озер — карстового происхождения. Некоторые озера периодически исчезают. Обычно они наполняются талыми водами и существуют до тех пор, пока не будет промыта грунтовая пробка в туннеле, открывающемся в подземный водоток. Многие карстовые озера очень глубоки: Железное — до 17,5 м, Кривое — до 30,1 м. Вода в них прозрачная, но коричневая или зеленоватая. Некоторые озера возникли на месте «сросшихся» карстовых воронок и имеют гроздевидную форму. Это наиболее крупные озера заповедника — Першковское, Кумичево, Железное, Сычево. Часть озер находится на разных стадиях заболачивания. Разнотипные и представляющие разные этапы развития озёра заповедника очень интересны для исследования структуры и динамики озерных экосистем северной тайги.
Необычны две небольшие речки заповедника — Карьяла и Пехоровка. Карьяла вытекает из озера, 4 км течет по поверхности и в верховьях Карьяловского лога уходит под землю, через 5—6 км мощным потоком вырывается на поверхность из пещеры в борту лога. Пехоровка прослежена на протяжении всего 500 м от выхода из-под земли, у подножия скального цирка до впадения в Пинегу.
Вода многих озер имеет постоянный сток в подземные реки, еще не изученные и до конца не прослеженные. Окрашивание воды флюоресцином в Ераскиных озерах показало, что краска через разное время (от 1,5 до 4 суток) появлялась в различных подземных потоках и в р. Карьяле. Многие подземные реки соединяются между собой, еще более усложняя картину.
Характер Сотки на разных участках неодинаков. Верхняя Сотка спокойна, течет в низких болотистых берегах, поросших густым ельником. Лишь кое-где в завалах и нагромождениях поваленных ветром стволов чуть журчат струи, омывая лишенные коры и выбеленные корни и сучья.
Ниже по течению облик реки меняется. После озеровидного расширения русла близ урочища Мирониха р. Сотка устремляется в глубокий каньон. Отсюда на протяжении более 30 км плесы чередуются с шумными порогами. Вода, размывая песчаники и глины, приобретает красноватый цвет, особенно заметный на фоне сахарно-белых глыб гипса, сорвавшихся когда-то со скал и оставшихся в русле. Клочья белой пены с порогов плывут по реке, усиливая этот цветовой контраст. Скалы белого и розового гипса или голубоватого ангидрита громоздятся одна за другой на фоне синего неба и зеленой хвои лиственниц.
Вода реки, растворяющей гипс, сильно минерализована. Содержание солей достигает 1,2 г/л. Если бы гипс не так быстро растворялся, русло было бы загромождено завалами. Вода постоянно точит и точит рухнувшую глыбу, образует в ней ноздреватые углубления и поры, вытачивает тонкие гребни, похожие на лезвия ножей. Постепенно гипсовые обломки приобретают формы изящных украшений: друз кристаллов, ветвистых кораллов, звенящих, как фарфор. И наконец, только россыпь гальки напоминает о том, что на этом месте лежал массивный гипсовый блок.
Минерализация воды в реке усиливается и за счет ручьев, втекающих в нее из многочисленных пещер. Эти притоки круглый год имеют почти постоянную температуру, и поэтому зимой вода в Сотке во многих местах не замерзает даже в 30— 40-градусные морозы. На участке русла длиной около 20 км бывает до 70 промоин и полыней.
Почвы заповедника разнообразны из-за условий их формирования в сложном карстовом рельефе.
Широко развиты в заповеднике глееэлювиальные контактно-осветленные болотно-подзолистые почвы на двучленных моренных отложениях в условиях длинных пологих склонов водораздельных поверхностей. Распространены они практически всюду, за исключением районов задернованного карста и эрозионно-сильнорасчлененных территорий (например, между р. Соткой и оз. Кривым). На них произрастают кустарничково-долгомошно-сфагновые ельники.
Иллювиально-гумусово-железистые контактно-осветленные подзолы широко распространены на моренных равнинах северной тайги, и в том числе повсеместно на территории Пинежского заповедника. Они приурочены к двучленным моренным отложениям и развиваются на хорошо дренируемых участках рельефа — вершинах моренных холмов и увалов, склонах средней крутизны под чернично-зеленомошными ельниками. Гумусонакопление в этих почвах слабое из-за малого количества корневых остатков и бедности почвенной фауны.
В подзоне северной тайги торфяные почвы верховых болот нередко занимают огромные водораздельные пространства. В заповеднике этих почв значительно меньше, чем в других северотаежных районах Европейского Севера, из-за достаточной дренированности его территории, обусловленной наличием водопроницаемых пород. Торфяные почвы развиты в понижениях рельефа и на плоских водораздельных поверхностях под растительностью верховых болот — пушицево-сфагновыми и сфагновыми разреженными сосняками с голубикой, клюквой, подбелом, Кассандрой, морошкой.
В северотаежной подзоне преобладают глееподзолистые почвы, однако на территории заповедника эти почвы редки. Приурочены они к однородным озерно-ледниковым суглинистым и глинистым отложениям. Небольшие участки встречаются в районе озер Першковского, Сычева, Глухого, на плоских вершинах увалов и в верхних частях пологих склонов под чернично-зеленомошными ельниками.
Перегнойно-карбонатные почвы, с выходом на поверхность карбонатных пород, на территории заповедника крайне редки, встречаются на участках задернованного карста в зоне распространения кулогорской свиты (известняки, доломиты) и под елово-сосново-лиственничными бруснично-зеленомошными и разнотравными лесами. Меньшая влажность и более высокая температура этих почв способствуют формированию темного гумусового горизонта.
Уникальными почвами являются грубогумусовые неполноразвитые сульфорендзины. Пинежский заповедник — один из немногих районов мира, где есть эти почвы. Здесь они распространены в условиях задернованного карста в местах выхода на дневную поверхность гипсов соткинской свиты. В связи с сильным расчленением рельефа и периодическим выносом рыхлого материала с крутых склонов почвы на гипсах относительно молоды. С этим связана малая мощность горизонтов накопления органического вещества. Сульфорендзины встречаются под елово-сосново-лиственничными лесами с кустарничково-зеленомошным и разнотравным напочвенным покровом.
© Шалыбков А.М., Байдерин В.В., Рыков А.М., Горячкин С.В., 1988 г.