Первые научные исследования на территории заповедника были проведены до его образования в связи со строительством г. Костомукши. Исследования проводили ученые их институтов леса, биологии, геологии, водных проблем Севера Карельского филиала АН СССР (ныне Карельский Научный Центр РАН). Планомерные исследования были начаты в 1986-87 гг. К началу 1990-х численность сотрудников научного отдела достигла 7 человек. В это время на его территории проводили исследования кроме сотрудников вышеупомянутых институтов, ученые из МГУ, ИЭМЭЖ, ВНИИприрода, а также из Финляндии – Университеты Оулу и Хельсинки, исследовательского центра парка «Дружба».

В настоящее время в научном отделе 2 сотрудника, не считая зам. директора по науке. Контакты со сторонними организациями сведены к минимуму.