По схеме ботанико-географического районирования вся северная Карелия находится в северотаежной подзоне Валдайско-Онежской подпровинции Североевропейской таежной провинции (Исаченко, Лавренко, 1980).
По флористическому районированию Карелии (Раменская, 1960) территория заповедника относится к Куйтозерско-Лексозерскому флористическому району. Для него характерно преобладание во флоре бореальных видов, почти полное отсутствие неморальных и арктических элементов. Флора территории заповедника специально не изучалась, однако, судя по исследованиям на прилегающих территориях, она небогата (не более 300-350 видов сосудистых растений и около 100 видов мхов и лишайников).
Из растений, занесенных в Красную книгу СССР (1984), в заповеднике произрастает лобелия Дортмана (оз. Каменное), василистник кемский, надбородник безлистный, весьма вероятны вудсия альпийская, очеретник бурый, башмачок настоящий.
Большой ценностью Костомукшского заповедника являются почти девственные леса, занимающие более 80% суши. Разнообразие форм рельефа и связанных с ним почвенно-гидрологических условий определили большое разнообразие типов леса: 12 типов сосняков, 9 — ельников, 8 — березняков (Щербаков и др., 1977).
В растительном покрове господствуют сосновые леса (69,6%), что связано с преобладанием легких и каменистых, очень бедных грунтов. Ельники встречаются значительно реже (10,3%), в основном у подножий склонов и по долинам рек и ручьев. В приручейных понижениях изредка встречаются первичные березовые и березово-еловые заболоченные леса. Производные мелколиственные леса составляют менее 10% лесопокрытой площади. Леса невысокие и разреженные, со средним бонитетом IV-V, с полнотой 0,5-0,6 и сложной возрастной структурой (Яковлев, Воронова, 1959).
Сосновые леса растут на вершинах гряд, в верхней и средней частях склонов; отличаются сравнительно бедным видовым составом подлеска и напочвенного покрова, что вообще характерно для лесов северотаежной подзоны. В подлеске обычны рябина обыкновенная, ольха серая, можжевельник обыкновенный; в напочвенном покрове наиболее обильны кустарнички: вереск обыкновенный, черника, брусника, голубика, вороника. Хорошо развит покров из зеленых мхов. Травянистых растений значительно меньше.
Наиболее распространены среди сосновых лесов зеленомошные сосняки — черничные (55%) и брусничные (23,2%), произрастающие в условиях умеренного минерального богатства почв.
Черничные сосняки занимают нижние части склонов, озов, сельг, где развиты довольно мощные иллювиально-железисто-гумусовые песчаные подзолы. В древесном ярусе встречаются береза и ель, в подлеске — рябина, можжевельник, ольха серая, ива козья. В напочвенном покрове господствует черника, довольно много вороники, совсем немного голубики. Из травянистых растений обычны майник двулистный, костяника, седмичник европейский, ортилия однобокая, а из мхов — зеленые мхи рода плевроциум и гилокомиум.
Брусничные сосняки приурочены к хорошо дренированным приозерным песчаным равнинам, вершинам моренных холмов, нижним частям склонов озов со среднемощными иллювиально-железистыми подзолами. В древостое отмечается единичная примесь ели и березы, в подлеске — редкая рябина. В напочвенном покрове доминирует брусника, довольно обильна черника, немного багульника, голубики, из травянистых растений — золотой розги. В моховом ярусе обычны зеленые мхи, некоторые виды рода дикранум, немного кустистых лишайников.
Довольно широко представлены в заповеднике лишайниковые и верещатниковые сосняки (3,7%), занимающие преимущественно вершины гряд или приуроченные к местам выхода на поверхность кристаллических пород. Древостой в таких сосняках разреженный (сомкнутость крон — 0,3-0,5), с единичными рябинами и можжевельником в подлеске. Для напочвенного покрова характерны ксеро-фильные кустарнички — вереск обыкновенный, вороника, толокнянка обыкновенная, брусника, лишайники рода кладина.
На пониженных, недостаточно дренированных равнинных участках, для которых типичны торфяно-глеевые почвы, распространены долгомошные сосняки. В них единично встречаются береза и ель, в подлеске — ива козья, можжевельник, ольха серая. В травяно-кустарничковом ярусе преобладают влаголюбивые виды — хвощ лесной, сабельник болотный, вахта трехлистная, а также есть голубика, багульник болотный, морошка.
В связи с тем что территория заповедника сильно заболочена, значительные площади занимают сфагновые сосняки. Они занимают окрайки крупных болот и ложбины между озами. По существу это хорошо облесенные верховые болота. Сосны здесь низкорослые, угнетенные, редкостойные (сомкнутость — 0,3-0,4). В травяно-кустарничковом покрове господствует береза карликовая, багульник, подбел многолистный, Кассандра, вороника, из травянистых — пушица влагалищная, осока малоцветковая, морошка.
Еловые леса из ели европейской и ели финской растут на более богатых почвах.
В ельниках заповедника незначительна примесь других пород и беден напочвенный покров, в котором преобладают мезофильные кустарнички (брусника, черника) и теневыносливые травы (седмичник европейский, майник двулистный, линнея северная), характерен сплошной и мощный моховой ярус. Наиболее широко распространены ельники черничные (4,8%) и долгомошные (3,7%).
Ельники черничные растут по склонам возвышенностей и хорошо дренированным долинам рек, ручьев, где формируются иллювиально-гумусово-железистые подзолы. В древостое (сомкнутость крон — 0,6-0,7) встречаются береза и сосна (до 2-3 единиц), в изреженном подлеске — рябина и можжевельник. В травяно-кустарничковом ярусе доминирует черника, образующая иногда сплошной ковер, немного брусники, багульника, вороники, майника двулистного, грушанки круглолистной.
Ельники долгомошные встречаются у подножий склонов на торфяно-подзолистых почвах. В этом типе леса также небольшая примесь березы и сосны, в подлеске — рябина и можжевельник, но сомкнутость крон значительно меньше (0,3-0,4). Значительное увлажнение обусловливает выраженное структурное деление в напочвенном покрове: на микроповышениях доминирует черника и брусника, а на более увлажненных пониженных участках — хвощ лесной, вахта трехлистная, сабельник болотный, осока шариковидная. Среди мхов господствует кукушкин лен.
Изредка небольшими участками встречаются ельники брусничные, а вдоль рек и ручьев, на хорошо увлажненных, довольно дренированных почвах — ельники приручейные — наиболее разнообразный в флористическом отношении тип леса. В его подлеске обильны рябина, черная смородина, в напочвенном покрове богаты и разнообразны травы — таволга вязолистная, щитовник остистый, вахта трехлистная, некоторые дубравные виды — перловник поникающий, вороний глаз, чина весенняя.
Ельники сфагновые представляют собой поросшие елью сфагновые болота с редкой примесью сосны и березы. В напочвенном покрове господствуют кустарнички — береза карликовая и багульник болотный, из трав — пушица влагалищная, хвощ лесной, осоки.
Березовых лесов в заповеднике крайне мало (0,1%), они преимущественно вторичные. Так, на границе заповедника, на месте черничных ельников, после рубки полувековой давности сформировались черничные березняки из берез пушистой и поникшей. Под пологом березы хорошо возобновляется подрост хвойных пород, и, вероятно, со временем ель вытеснит березу, и на этом месте снова будет черничный ельник.
Около 20% площади заповедника занимают болота (7,6 тыс. га) нескольких типов: карельские кольцевые (тип аапа), мезотрофные кустарничково-травяно-сфагновые, олиготрофные сфагновые грядово-мочажинные, олиготрофные сосново-кустарничково-сфагновые. Болота заповедника находятся в понижениях рельефа, в большинстве случаев вытянуты, невелики по площади (10-50 га), для большинства из них характерны значительные уклоны дна и поверхности.
Болотные массивы типа аапа имеют вогнутую поверхность, их центральные части заняты грядово-мочажинными комплексами. На грядах преобладают кустарничково-травяно-сфагновые и травяно-сфагновые сообщества из болотных кустарничков (вереска, кассандры, подбела, клюквы болотной), осок (шершавоплодной, носатой, струннокоренной, двудомной, малоцветковой, топяной), хвоща топяного, молинии голубой, вахты трехлистной, пухоносов (дернистого и альпийского) и нескольких видов сфагновых мхов.
Такие же растительные сообщества характерны для мезотрофных болот с редкостойной сосной, которые в отличие от болот аапа не имеют мочажин. В мочажинах болот аапа кроме перечисленных травянистых растений обычны пузырчатки (средняя и малая), ситник стигийский, пушица узколистная, росянка английская, шейхцерия болотная, а также зеленые мхи.
Олиготрофные грядово-мочажинные болота заповедника относятся к среднекарельскому типу (Юрковская, 1971), их гряды кустарничково-сфагновые — безлесные или слабо поросли угнетенными соснами, мочажины пушицево- или шейхцериево-сфагновые со сфагновыми мхами, иногда более северными видами. Подробная характеристика болот этого района Карелии дана в работах Г.А. Елиной, О.Л. Кузнецова (1977), В.И. Волковой, О.Л. Кузнецова (1977), а история их формирования описана Г.А. Елиной.
Лугов, естественных и антропогенных, в заповеднике мало — 185 га (менее 1% территории). Это небольшие расчистки леса вокруг бывших деревень на берегах оз. Каменного. Растительность их пока не изучена.
Прибрежно-водная растительность занимает около 1 % акватории оз. Каменного и представлена в основном тростниковыми и хвощовыми зарослями, в которых выявлено 33 вида сосудистых растений.
© Белоусова Н.А., Данилов П.И., Зимин В.Б., Коршунов Г.Т., Кузнецов О.Л. Костомукшский заповедник. // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. I. - М., Мысль, 1988. с. 90-100