Антропогенное воздействие на современную территорию заповедника до его организации носило устойчивый, но избирательный характер: добыча медной руды, куренные работы (углежжение), выборочные и поисковые рубки, расчистка леса под пожни, сенокошение, прокладка дорог. Вследствие этой деятельности изменились состав и соотношение коренных типов леса, появились луговые формации, мелколиственные и смешанные леса, а под пологом леса, по пожням и лесным дорогам расселились многие чужеродные виды растений.
Среди лиственных пород доминирует береза, но чистые березняки в заповеднике редки. Довольно часты осиново-березовые и хвойно-лиственные леса. Для последних характерны старые сосны в первом ярусе, березы и осины в разных соотношениях — во втором, а также подрост или развитый полог ели. Примесь березы характерна для всех хвойных лесов заповедника. Чистые березняки встречаются в охранной зоне заповедника на месте бывших деревень, а также на болотах. Осинники занимают 6% лесной территории, преобладают на богатых, хорошо аэрируемых почвах по берегам крупных озер и в лощинах сельгового комплекса. Для осинников как производных сообществ характерен слаборазложившийся опад, густой травяной покров, моховой покров только на комлевой части стволов и на гниющих колодах.
Озерно-ледниковая и водно-ледниковая равнины покрыты сосняками черничными зеленомошными — коренным типом зональной таежной растительности. Возраст большинства сосен — 150-190 лет, отдельные 300-летние деревья сохранились по берегам озер и на кладбищах деревень Тереки и Викшица. Многократные пожары до установления заповедного режима отразились на состоянии коренного типа леса. Характерные его черты — спелый древостой; сомкнутость (0,6); обильный подрост; подлесок как ярус почти всегда отсутствует. В подлеске — поросль ольхи серой, рябина, шиповник иглистый, можжевельник обыкновенный, относительно редко — шиповник коричный. В районе оз. Южная Гимойламби встречаются куртины липы мелколистной в виде поросли и небольшой участок сосняка с коротконожкой перистой — последние остатки прежней богатой боровой растительности. Сейчас в заповеднике распространены пирогенные боры: сосняк вересково-брусничный зеленомошно-лишайниковый, сосняк чернично-брусничный лишайниково-зеленомошный, сосняк бруснично-черничный лишайниково-зеленомошный. Травяно-кустарничковый ярус этих боров беден, обычно состоит из 5—8 видов сосудистых растений: черники, брусники, вереска обыкновенного, луговика извилистого, костяники, золотой розги, линией северной, хвоща зимующего, герани лесной, ожики волосистой, колокольчика круглолистного, плауна сплюснутого, марьянника лугового, различных видов грушанок, изредка — зимолюбки зонтичной.
Много сосняков черничных разнотравных, которые возникли на местах выборочных рубок до организации заповедника, в них наиболее обычны костянично-вейниковая, чернично-вейниковая, чернично-разнотравная (гераниевая) ассоциации.
На обширной территории между поселками Гирвас и Кончезеро, на месте рубок XVIII — начала XIX в. (для Кончезерского медеплавильного завода), большинство лесов восстановилось. Территория заповедника в прошлом была в основном частью казенных лесов, приписанных Александровскому (ныне Онежскому в г. Петрозаводске) и Кончезерскому литейным заводам. В этих лесах 150-200 лет назад производилась сплошная рубка на углежжение. Леса крестьянских наделов (впоследствии леса местного значения) занимали на территории нынешнего заповедника около 10%.
О характере коренного растительного покрова боров можно только строить предположения, исходя из характера рельефа и флористического состава современных фитоценозов, в которых сохранились фрагменты прежних сообществ. 200-300 лет назад травяно-кустарничковый ярус боров был более богат и разнообразен. Среди массивов, мало затронутых рубками и пожарами, сохранились участки боров с куртинами липы мелколистной и неморальных трав, а также небольшие участки соснового леса, где среди разнотравья встречаются змееголовник Рюйша, гвоздика пышная, купена лекарственная, гвоздика песчаная, чабрец обыкновенный, коротконожка перистая, пахучка обыкновенная, смолевка зеленоцветковая, фиалка удивительная, водосбор обыкновенный, подмаренник трехцветковый, зимолюбка зонтичная.
© Ивантер Э.В., Тихомиров А.А. Заповедник «Кивач». // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. I. - М., Мысль, 1988. с. 100-128