Территория заповедника Кивач находится в юго-восточной части Балтийского кристаллического щита, в среднетаежной подзоне Карелии, в 30 км к северо-западу от берега Онежского озера. Заповедник представляет собой лесной массив (10,5 тыс. га) протяженностью с севера на юг 12 км, с запада на восток — 14 км, захватывающий большую часть пространства между крупными озерами: Сундозером на севере, оз. Сандал на востоке, Пертозером и Кончезером на юге.
Климат заповедника Кивач характеризуется продолжительной, относительно мягкой зимой и коротким прохладным летом, значительной облачностью, высокой влажностью и достаточным количеством осадков в течение всего года. Эти условия климата обусловлены географическим, главным образом широтным, положением территории, близостью Балтийского, Белого и Баренцева морей и господством западного переноса воздушных масс. Зимой относительно теплые воздушные массы с Атлантического океана приносят осадки и ветреную погоду, температура воздуха повышается, иногда наступают сильные оттепели. В то же время часты вторжения арктических масс воздуха, которые сопровождаются понижением температуры, выпадением осадков и усилением ветров. Летом резкие похолодания задерживают развитие растительности. Средняя температура самого теплого месяца (июля) 17°, самого холодного (января) —10,7°. Средняя годовая температура 2,4°. Вегетационный период очень короткий (90—95 дней), последние весенние заморозки бывают в июне, первые осенние — в сентябре. Продолжительность безморозного периода колеблется от 104 до 153 дней, составляя в среднем 123 дня. Среднегодовое количество осадков равно 619 мм. В весенний период осадков выпадает меньше всего (в апреле — 32 мм, в мае — 40 мм), что приводит к недостаточному увлажнению почв, особенно песчаных, в начальный период вегетации растений. Летом, особенно в августе, выпадает много дождей. Для осенних месяцев (сентябрь, октябрь) характерны обложные моросящие дожди.
Снежный покров устанавливается с ноября, но в некоторые годы нарушается оттепелями. Из-за оттепелей толщина снежного покрова в начале зимы нарастает медленно, начиная заметно увеличиваться с января и достигая максимума в марте. Средняя высота снежного покрова, по наблюдениям в заповеднике (1953—1967 гг.), составляет 83 см, в отдельные годы — до 100 см (1966 г.). Устойчивый снежный покров в среднем держится 143 дня.
В районе заповедника преобладают ветры юго-восточных, северных и южных направлений. Скорость ветра в связи со значительной лесистостью местности невелика, в среднем за год 2,8 м/с. В июле — августе ветры наиболее слабые, около 2,5 м/с, так же как и в конце весны (апрель — май); наиболее сильные ветры бывают осенью, в октябре — ноябре (3,0-3,8 м/с). Дней с сильным ветром (15 м/с и выше) очень мало, в среднем 6 дней в году. Ветров ураганной силы за последние 30 лет не было. Среднее число ясных дней в году — 79, наибольшее — в марте — августе (по 9-12 дней), пасмурных дней в году — 111.
Район заповедника имеет сложную геологическую .историю, которая отразилась в строении ландшафтов. На охраняемой территории представлены осадочно-вулканогенные породы среднего протерозоя, интрузии габбро-диабазов и четвертичные отложения. Каждый этап естественной истории наложил свой отпечаток на ландшафт заповедника: древние тектонические разломы обусловили рисунок гидрографической сети, определили форму и размещение озер, а в четвертичное время ледник и талые ледниковые воды сгладили рельеф, размыли и перераспределили осадочные породы.
Моренные отложения занимают более 60% площади заповедника (Лукашев, Ильин). Ландшафт холмистой моренной равнины отличается разнообразием отложений. Здесь сочетаются участки завалуненных супесчаных и глинистых равнин с территориями, неравномерно перекрытыми плащом озерно-ледниковых глин. Выходов кристаллических пород здесь мало, и они сильно абрадированы мореной. По всему заповеднику разбросаны многочисленные холмы, образовавшиеся в результате неравномерной аккумуляции морены.
После таяния ледника вся территория, занимаемая ныне заповедником, за исключением отдельных скалистых гряд, была затоплена до высоты 90 м над современным уровнем моря. Озера, окружающие заповедник в настоящее время, были частью Онежского озера. По мере спада уровня послеледникового озера ландшафт стал приобретать современный облик. Озера заполнили свои котловины, но продолжали сообщаться между собой и с р. Суной многочисленными протоками. При последующих изменениях природного комплекса протоки и некоторые заливы озер постепенно заиливались и заполнялись глинистыми или перемытыми флювиогляциальными отложениями. В дальнейшем на месте проток развились биогенные ландшафты (болота, а впоследствии заболоченные леса логового типа, так называемые корбы). В настоящее время территория заповедника представляет собой сложную мозаику участков разного геологического возраста. Ландшафты сельгового1 комплекса сочетаются с участками озерно-ледниковой, размытой моренной и водноледниковой равнины. Относительные высоты местности снижаются с юго-запада на северо-восток. Мощность моренных отложений различна: на западе — от 2 до 5 м, на востоке — от 5 до 10 м (по Лукашеву, Ильину). На территории заповедника три водораздела: водораздел оз. Муно-зеро и озер Пертозеро, Рагуйламби, Гимойламби, Гебозеро; водораздел этих четырех озер и р. Суны; водораздел рек Суны и Сандалки. Водоразделам соответствует сеть ручьев и первичных открытых водотоков.
Геологически реки и ручьи заповедника очень молоды, имеют слабо врезанные долины и сбросовый тип продольного профиля. Близкое к поверхности залегание кристаллических пород и наличие древних котловин, заполненных озерами, обусловливают порожистость рек и ручьев, а в долине Суны также значительную линейную озерность. Суна пересекает заповедник с северо-запада на юго-восток, в его пределах ее заозеренность составляет 30%. Ширина реки на плесовых участках — 70-150 м, на порожистых — 20-30 м, падение — 1,15 м на 1 км течения, общая длина — 293 км, в пределах заповедной территории — 12 км. Река берет свое начало близ границы с Финляндией и впадает в Онежское озеро, по ее течению насчитывается свыше 54 порогов и водопадов. Самые крупные из них — Гирвас, Пор-Порог и Кивач.
Сезонный ход уровня Суны имеет плавный, типично озерный характер. Весенние паводки имеют сглаженный характер, что связано главным образом с зарегулированностью реки плотиной ГЭС в пос. Гирвас и отчасти озерами Сундозеро и Пандозеро. После Великой Отечественной войны до 1973 г. река использовалась для молевого сплава леса в течение мая — сентября.
О водопаде Кивач следует сказать особо. Этот широко известный благодаря оде Г.Р. Державина памятник природы находится вблизи центральной усадьбы заповедника. Воды Суны, врезаясь в рыхлые четвертичные отложения, сталкиваются с диабазовой грядой. Поток, низвергаясь со скалы, углубил русло реки в толще озерных суглинков и супесей ниже гряды. Таким образом возник водопад, по имени которого назван заповедник. Водопад Кивач — второй по величине равнинный водопад Европы (после Рейнского) — падает четырьмя уступами с высоты 10,7 м. Он в значительной степени утратил былую мощь после создания в 1936 г. плотины на р. Суне выше водопада Гирвас.
Вторая по величине река, Сандалка, вытекает из оз. Сандал и впадает в Суну в полукилометре южнее границы заповедника. Ширина ее — 5-10 м, падение — 0,6 м на 1 км течения. На характер стока этой реки повлияла дамба, устроенная у ее истока в районе д. Сопоха в 1928 г. при строительстве первой очереди Кондопожской ГЭС.
Высокое стояние грунтовых вод, хорошая проницаемость верхних слоев почвы, а также наличие водоупорных горизонтов обусловливают слабый дренаж равнинных, пониженных, а также замкнутых приподнятых участков и способствуют их заболачиванию. Хорошая дренированность отмечается лишь на возвышенных плато и всхолмлениях, где уровень грунтовых вод лежит на глубине 2-3 м и более от поверхности.
В заповеднике представлены типичные ландшафты среднетаежной зоны Карелии: крупногрядово-холмистый с преобладанием основных пород; крупногрядово-холмистый с незначительным моренным покрытием; всхолмленная моренная равнина с преобладанием супесчаной равнины; грядовый с относительно мощным слоем супесчаной морены (Раменская, Шубин, 1975). По схеме ландшафтного районирования О.Н. Казаковой (1961) заповедник следует отнести к западному подрайону Кондопожского сельгового района, однако, на наш взгляд, он расположен на стыке двух орографических районов, выделяемых Г.С. Бискэ (1959) для средней Карелии, — Заонежского сельгового и Онежско-Ладожского водоразделов. К району Онежско-Ладожского водораздела (Сунско-Шуйской гряде) относится юго-западная часть заповедника (Мунозерский кряж и его отроги), своеобразная как в геоморфологическом, так и в почвенном и флористическом отношениях.
Поверхность кристаллических пород в пределах заповедника неоднородна. В юго-западной части территории возвышается скалистая гряда с довольно крутыми склонами, центральная и восточная части значительно ровнее и ниже. В результате совместной деятельности льда, ледниковых вод и длительного стояния приледникового озера поверхность западной части заповедной территории была сглажена и несколько понизилась, а высоты центральной части, где преобладала аккумуляция моренного материала, почти достигли наиболее высоких отметок доледникового рельефа. В юго-восточной части в основном благодаря деятельности талых ледниковых вод абсолютная высота местности даже превысила самые приподнятые вершины кристаллического основания. Древние породы, а также более поздние ледниковые отложения перекрыты более молодыми водно-ледниковыми осадками. Выходы кристаллических пород на вершинах до-четвертичных возвышенностей имеют сглаженную поверхность со следами шрамов и штриховки. Это так называемые бараньи лбы и курчавые скалы. На Мунозерском кряже, представляющем единую куполообразную скалистую гряду, «бараньи лбы» образуют прерывистую цепь скал, возвышающихся над верхней частью кряжа на 10-30 м. На остальной территории заповедника «бараньи лбы» и «курчавые скалы» встречаются значительно реже и сильнее абрадированы мореной, а выходы кристаллических пород представлены только в виде небольших одиночных гряд площадью 1-2 га, возвышающихся над окружающей местностью на 5-25 м.
Распределение почв на территории заповедника подчиняется довольно четким закономерностям. На наиболее высоких формах рельефа — вершинах сельг — сформировались фрагментарные почвы начальных стадий почвообразования. Склоны сельг сложены плащом сильно завалуненной морены со слаборазвитыми почвами. Крутые склоны заняты примитивным неоподзоленным почвоэлювием и карликовыми малоразвитыми подзолами. На плоских склонах под сосновыми лесами сформировались маломощные языковатые и карманистые подзолы с гумусово-железистым иллювиальным горизонтом, а под лиственными лесами — вторичные дерново-подзолистые почвы. На ленточных слоистых глинах в условиях избыточного увлажнения формируются торфянисто- и торфяно-подзолисто-глеевые почвы; на плоских и крутых склонах — дерновые поверхностно-глеевые и глееватые неоподзоленные почвы; в замкнутых бессточных понижениях рельефа — торфяно-болотные почвы. Тип питания болот (олиготрофный, мезотрофный или эвтрофный) в значительной мере определяется характером стока грунтовых вод с окружающих территорий, обогащающего торфяную залежь зольными элементами и азотом.
В заповеднике есть несколько песчаных массивов, где под пологом сосновых боров сформировались поверхностно-подзолистые почвы. При выровненном залегании под сосняками-черничниками формируются маломощные иллювиально-железистые подзолы; в более влажных условиях — торфянистые иллювиально-гумусовые подзолы; в плоских понижениях и по периферии болот — торфянисто-подзолистые почвы.

© Ивантер Э.В., Тихомиров А.А. Заповедник «Кивач». // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. I. - М., Мысль, 1988. с. 100-128