Дарвинский государственный природный биосферный заповедник создан 3 июля 1945 года распоряжением СНК СССР № 1063-р, а также решением Ярославского облисполкома № 113 от 27 июня 1941 года и Решением Вологодского облисполкома № 30 от 13 сентября 1941 года.

Заповедник расположен на большом полуострове в северо-западной части Рыбинского водохранилища на территории Череповецкого района Вологодской области и Брейтовского района Ярославской области.

Помимо общих задач охраны и исследования природы в естественных условиях перед заповедником была поставлена задача изучения природных изменений под влиянием созданного в 1941 году Рыбинского водохранилища.

112 673 га

1

В пределах Вологодской области согласно Решению Исполнительного комитета Вологодского областного совета народных депутатов от 3 ноября 1970 г. №627 "О мероприятиях по укреплению заповедного режима и улучшению условий работы Дарвинского ГЗ" вокруг заповедника установлена охранная зона шириной около 2 км и площадью 11 290 га, состоящая из 14 участков.
В последующем Положении о Дарвинском государственном природном заповеднике (в редакции приказа МПР России от 17.03.2005 №66) площадь охранной зоны составляет 21 924 га.

В декабре 2002 года заповедник включен в международную сеть биосферных резерватов.