Рельеф
Основные элементы рельефа - равнины, обширные плоские междуречья и речные долины. Междуречья обычно заняты болотами верхового типа и многочисленными озерами. Абсолютные высоты рельефа не превышают 128 метров над уровнем моря.
Климат
Характерными чертами климата является резкая континентальность, высокая влажность, интенсивная циркуляция воздушных масс. Средняя температура января - 22 оС, июля +23 оС. Годовая сумма осадков 470-520 мм, преобладающие ветра - северо-восток и юго-запад, периодичность пожаров 10 лет, периодичность осенних паводков 10 лет.
Почвы
На дренированных участках рельефа располагаются подзолистые почвы (15%). В западинах междуречий преобладаюют торфяно-болотные почвы ( 37%). На слабодренированных элементах рельефа распространены болотно-подзолистые почвы ( 5%). Песчаные почвы занимают 33% территории заказника.
Гидрологическая сеть представлена реками равнинного типа, характеризующимися слабой врезанностью, широкими поймами, извилистостью, обилием проток и стариц. По территории заказника протекают 4 основные реки: Сеуль, Ковенская, Хой, Кама. Озера - просадочного типа, материковые, прирусловые. Наиболее значительные: Ендырская система озер, система озер Глухие Сора. Покрытая водой площадь составляет 69 767 га.
Растительность и лесной фонд
По геоботаническому районированию территория расположения заказника относится к среднетаежной болотной подзоне Среднеобской провинции зоны западносибирской континентальной тайги.
Наиболее распространенные среди древесных пород в порядке убывания: сосна, береза, ель, пихта, кедр, осина, лиственница. Центральная и южная часть заказника занята сосновыми кустарничково-зеленомошными, кустарничково-сфагновыми, лишайниковыми лесами. На песчаных почвах речных террас и междуречных гривах растут высококачественные боры II-III классов бонитета. В северной и западной частях лесные насаждения представлены елово-пихтовыми лесами с примесью кедра. В покрове участвуют зеленыемхи, багульник, черника, кислица. В долинах рек Сеуль, Ковенская и их притоках распространены смешанные леса от II до V классов бонитета. Мелколиственные породы участвуют во всех насаждениях. К водораздельным болотам примыкают обширные по площади сосновые и березовые леса пушицо-сфагнового или кустарничково-сфагнового типа (рямы).
Животный мир
Основные виды фауны:
млекопитающие - 18 видов;
птицы: тетеревиные - 4 вида, совиные - 7 видов, журавлиные - 2 вида, ястребиные - 8 видов, водоплавающие - 5 видов.
Редкие виды:
- Орлан-белохвост (Haliaeetus albicilla L., 1758), внесен в Красную Книгу РФ, отнесен ко II категории как редкий вид. Внесен в Красные Книги МСОП и СССР, Приложение I СИТЕС, Приложение I Бонской конвенции и в список Российско-Индийской конвенции.
- Беркут (Aguila chrysaetos L., 1758), внесен в Красную Книгу РФ.
- Скопа (Pandion haliaetus, L., 1758), внесена в Красную Книгу РФ и отнесена к III категории как редкий вид. Вид включен в Приложение II Боннской конвенции и в список Российско-Индийской конвенции.
Режим и зонирование территории
На территории заказника установлен дифференцированный режим охраны северного оленя. К жизненно важным, ключевым для вида участкам ООПТ относятся :