Согласно ботанико-географическому районированию территория парка относится к Восточноуральско-Западносибирской подпровинции Урало-Западносибирской таежной провинции Евразиатской таежной области. Здесь выражена вертикальная поясность, характерная для Южного Урала: широколиственные леса -темнохвойные леса (или сосняки на их месте) - горные луга и тундры.

Около 50% лесопокрытой площади занимают еловые (Picea obovata) и елово-пихтовые (Picea obovata – Abies sibirica) леса; 5,8 % от площади лесов приходится на долю сосняков (Pinus sylvestris). Незначительную площадь занимают лиственничные леса (Larix sibirica) менее 1%. Широко распространены березняки (Betula pubescens) – 36% лесопокрытой площади, на долю осины (Populus tremula) и липы (Tilia cordata) приходится 3,5% и 3% соответственно. Другие породы занимают незначительные площади.

Более половины территории парка занимают темнохвойные южнотаежные леса (западная часть парка). Древостой в них образован елью сибирской (Picea obovata) и пихтой сибирской (Abies sibirica), как примесь встречается береза пушистая (Betula pubescens) и липа (Tilia cordata). Иногда, на окраинах каменистых россыпей и болот, встречаются вкрапления сосняков (Pinus sylvestris). Среди елово-пихтовых (Picea obovata – Abies sibirica) лесов Таганая выражены почти все их типы: сфагновые (Sphagnum spp.), осоково-сфагновые (Саrех sp. – Sphagnum sp.), долгомошники (с Роlytrichum commune), брусничники (Vaccinium vitis-idaea), черничники (Vaccinium myrtillus), кисличники (Oxalis acetosella), липовые (Tilia cordata), разнотравные с преобладанием горца альпийского (Aconogonon alpinum). Среди них наиболее распространенными являются липовые и кисличные (Oxalis acetosella) леса с неморальными травами: копытнем европейским (Asarum europaeum), звездчаткой ланцетолистной (Stellaria holostea), снытью (Aegopodium podagraria), фиалкой удивительной (Viola mirabilis).

На восточных склонах и в предгорьях Урала количество пихты уменьшается и наиболее обычны светлохвойные леса с преобладанием сосны (Pinus sylvestris). Иногда на вершинах хребтов к ней присоединяется лиственница (Larix sibirica). В подлеске встречаются липа (Tilia cordata), ель сибирская (Picea obovata) и пихта сибирская (Abies sibirica). На территории парка встречаются практически все типы сосновых лесов: сфагновые болота с сосной (Pinus sylvestris – Ledum palustre – Sphagnum sp.), сосняки долгомошные (Pinus sylvestris -Polytrichum commune.), сухие сосняки лишайниковые с видами рода кладина и цетрарией исландской (Cladina spp., Cetraria islandica), сосняки с брусникой (Vaccinium vitis-idaea) и черникой (Vaccinium myrtillus), травяные сосняки. В травяных сосняках в подлеске наряду с липой (Tilia cordata) обычны ракитник русский (Chamaecytisus ruthenicus) и можжевельник обыкновенный (Juniperus communis), а в травяном покрове преобладают вейник тростниковидный (Calamagrostis arundinacea), орляк (Pteridium aquilinum), коротконожка перистая (Brachypodium pinnatum), жабрица порезыиковая (Seseli libanotis), кровохлебка лекарственная (Sanguisorba officinalis), подмаренник северный (Galium boreale).

Северо-западную часть парка (южные и юго-западные отроги Юрмы, Кленовая горка и г. Кленовая) занимают участки широколиственно-темнохвойных лесов, находящихся здесь на восточном пределе своего распространения. Древостой в таких лесах образован липой (Tilia cordata), кленом (Acer platanoides), пихтой (Abies sibirica) с примесью вяза голого (Ulmus glabra). В подлеске и травяном покрове господствуют неморальные виды. В юго-западной и центральной частях парка (хребты Назминский, Малый Таганай и Уральский) сохранились липовые леса с примесью вяза голого (Ulmus glabra) и клена (Acer platanoides).

В центральной и восточной частях парка (Юрма, Большой Таганай, Ицыл) четко выражена высотная поясность. На Юрме смешанные леса с участками широколиственных пород доходят до 700 м, далее идут елово-пихтовые леса, переходящие на высоте 900 м в пояс подгольцовых редколесий и лугов. На высоте более 1000 м (на Круглице, Дальнем Таганае, Юрме) встречаются типичные горно-тундровые участки. Подгольцовая растительность Таганая весьма разнообразна. Она образована редколесьем в сочетании с горными лугами и тундрами. Переходная зона между подгольцовым поясом и тундрой образована зарослями можжевельника сибирского (Juniperus sibirica). Среди таганайских тундр встречаются: каменистая с арктоусом альпийским (Arctous alpina), ветреницево-голубичная (Anemonoides sp. – Vaccinium uliginosum), злаково-голубичная (Festuca sp. – Vaccinium uliginosum).

Во флоре Таганая хорошо выражен блок аркто-альпийских видов, представленный: арктоусом альпийским (Arctous alpina), березой извилистой (Betula tortuosa), березой приземистой (Betula humilis), березой Литвинова (Betula litwinowii), вейником лапландским (Calamagrostis lapponica), водяникой обоеполой и черной (Empetrum hermaphroditum, E. nigrum), голубикой (Vaccinium uliginosum), змеевиком живородящим (Bistorta vivipara), клюквой мелкоплодной (Oxycoccus microcarpus), морошкой (Rubus chamaemorus), родиолой розовой (Rhodiola rosea) и др. Особую ценность флоры Таганая представляет реликтовый комплекс видов плейстоценовой сосново-березово-лиственничной лесостепи, которая в эпоху оледенения располагалась вдоль окраины ледника. Среди растений этого комплекса – лисохвост сизый (Alopecurus glaucus), соссюрея спорная (Saussurea controversa), чина Гмелина (Lathyrus gmelinii).

Среди 687 видов растений Таганая 45 видов являются реликтовыми, 10 – эндемики Урала и Предуралья, в т.ч.: ветреница пермская (Апеmonastrum biarmiense), ветреница уральская (Anemonoides uralensis), качим уральский (Gypsophila uralensis), цицербита уральская (Cicerbita uralensis), мытник уральский (Pedicularis uralensis), минуарция Гельма (Minuartia helmii), ястребинка Шелля (Hieracium schellianum), манжетка Гаральда (Alchemilla haraldii), манжетка рифейская (Alchemilla rhiphaea), пырей уральский (Elymus uralensis). Некоторые виды относятся к достаточно редким. Ботаническими памятниками природы объявлены ельник реликтовый на восточном склоне г.Ицыл и широколиственный лес на г.Дедюриха.

© Справочник "Национальные парки России". Москва: Изд-во Центра охраны дикой природы, 1996 г.