Согласно ботанико-географическому районированию растительность национального парка относится к Восточно-Уральско-Западносибирской подпровинции Урало-Западносибирской провинции Евразиатской таежной области. Горный рельеф территории определяет наличие здесь высотной поясности, в т.ч. поясов: темнохвойных лесов, субальпийских и альпийских лугов и горных тундр.

В таежном поясе преобладают елово-пихтовые (Picea obovata — Abies sibirica) леса и производные от них березняки из березы пушистой (Betula pubescens) и осинники (Populus tremula), образующие самый нижний лесной пояс в пределах 650-850 м над ур.м. Основу их травяно-кустарничкового яруса составляют кислица (Oxalis acetosella), сныть (Aegopodium po-dagraria), воронец колосистый (Actaea spicata), майник двулистный (Maianthemum bifolium), костяника (Rubus saxatilis), вероника дубравная (Veronica chamaedrys), кровохлебка лекарственная (Sanguisorba officinalis), звездчатка лапцетолистная (Stellaria holostea), валериана лекарственная (Valeriana officinalis), брусника (Vaccinium vitisidaea), герань лесная (Geranium sylvaticum). Выше (850-1000 м над ур.м.) идет субальпийский пояс (подгольцовый). Для него характерны подгольцовые ельники (Picea obovata), березовое (Betula pendula, В. pubescens) и березово-еловое редколесье и субальпийские луга.

Подгольцовый пояс на высоте 1000-1100 м над ур.м. сменяется господством горных тундр, каменных россыпей и скалистых останцов. В подгольцовом поясе отмечено 92 вида высших сосудистых растений, почти половина которых эндемики и реликты. Флора подгольцовой и горнотундровой зон представлена такими видами как горец альпийский (Aconogonon alpinum), цицербита уральская (Cicerbita uralensis), валериана лекарственная (Valeriana officinalis), купырь лесной (Anthriscus sylvestris), чина Гмелина (Lathyrus gmelinii), хвощ лесной (Equisetum sylvaticum), луговик дернистый (Des-champsia cespitosa), таволга вязолистная (Filipendula ulmaria), голубика (Vaccinium uliginosum), незабудка азиатская (Myosotis asiatica), горец живородящий (Bistorta vivipara), родиола розовая (Rhodiola rosea), астра альпийская (Aster alpinus) и др.

Всего на территории парка зарегистрировано около 600 видов сосудистых растений. В парке “Зюраткуль” в процессе инвентаризации флоры обнаружены новые местонахождения некоторых очень редких на Южном Урале видов. Это 13 видов эндемиков: лаготис уральский (Lagotis uralensis), цицербита уральская (Cicerbita uralensis), крестовник Игошиной (Тeрhroseris igoschinae), ястребинка Крылова (Hieracium krylovii), ясколка Крылова (Cerastium krylovii), качим уральский (Gypsophila uralensis), соссюрея уральская (Saussurea uralensis) и др. Места их произрастания — высокогорья, пояс тундр, подгольцовые редколесья и субальпийские луга. На территории парка встречается 28 реликтовых видов, представленных тремя группами: реликты доледниковых (плиоценовых) широколиственных лесов (9 видов), плейстоценовые перигляциальные реликты (14 видов), плейстоценовые реликты азиатского происхождения (5 видов). Ботанической достопримечательностью национального парка являются леса из лиственницы (Larix sibirica) — реликта доледниковой эпохи.

© Справочник "Национальные парки России". Москва: Изд-во Центра охраны дикой природы, 1996 г.