Территория заповедника к моменту его создания оказалась “белым пятном” с точки зрения изученности природных условий. В настоящее время заповедник ведет комплексные исследования живой природы. Основные направления отражены в программе “Летописи природы”.

В первые годы работы (с 1984 г.) исследования носили экспедиционный и рекогносцировочный характер, а затем была разработана сеть стационаров. Наибольшее разнообразие биотопов, их доступность послужили причиной организации стационара “Когончины-2” на Негусъяхе. Здесь заложена сеть постоянных маршрутов, на которых проводятся учеты птиц и млекопитающих, а также - фенологические наблюдения. Под методическим руководством Центра кольцевания РАН на стационаре ведут мечение и кольцевание птиц с целью изучения их миграций, сезонного размещения и годовых циклов жизни.

В период высокой воды на стационар можно попасть по реке, но во второй половине лета Негусъях уже не судоходен, даже для лодок, поэтому чаще приходится пользоваться вертолетом, а в зимнее время снегоходом. Для жилья научных сотрудников в течение 10 лет использовались старые хантэйские юрты. В настоящее время заканчивается строительство дома под жилье и лабораторию.

В течение ряда лет в летний период на стационаре “Кытнелор” изучали орнитофауну водораздельных болот. Однако, в связи с тем, что попасть на стационар можно только с помощью авиации, работы здесь были прекращены.

С 1988 г. начаты наблюдения на стационаре “Вуяяны”, на левобережье Малого Югана. Особое внимание на нем уделяется изучению млекопитающих. Для жилья использовали старую охотничью избушку, которая расположена в месте слияния рек Вуяяны и Айвуяяны. В 1997 г. начато строительство дома.

С 1992 по 1995 годы на территории заповедника работали сотрудники Института экологии растений и животных Уральского отделения РАН, принимая участие в создании системы экологического мониторинга (руководитель – доктор биологических наук В.А.Мухин).

В 1993–1994 гг. работниками Южно-Сахалинского ботанического сада (А. А. Таран, С. И. Чабаненко) проведена инвентаризация флоры лишайников заповедника.

По материалам, собранным на территории заповедника, в 1996 г. издан сборник научных статей, а студентами Тюменского и Пермского госуниверситетов подготовлен ряд курсовых и дипломных работ. В настоящее время планируется проведение учебной практики студентов-биологов Сургуте -кого университета.

В последние годы заповедник уделяет большое внимание эколого-просветительской работе и пропаганде экологических знаний (Стрельников, Стрельникова, 1998 и др.). Научные сотрудники регулярно публикуют в массовой печати материалы о живой природе заповедника (особенно – о птицах), ведут занятия с юннатами и школьниками, организуют различные природоохранные мероприятия в Угуте и Сургуте (Стрельникова, 1997).

Помимо своего основного природоохранного назначения, Юганский заповедник может активно содействовать сохранению традиционных отраслей хозяйства и всего жизненного уклада коренных местных жителей - хантов. В этих целях рекомендуется придать заповеднику статус биосферного, с одновременным выделением вокруг него обширного соответствующего полигона, в пределах которого могут располагаться хантейские родовые угодья для ведения охотничьего и рыболовецкого хозяйства, а также восстановления таежного оленеводства. Это сняло бы проявляющиеся в настоящее время противоречия между полным заповеданием и стремлением аборигенов к сохранению традиционных таежных промыслов.

Основная же ценность Юганского заповедника заключается в обширности и относительно минимальной нарушенности его территории. Это едва ли не единственный в Среднем Приобье таежно-болотный массив, не испытавший не только интенсивного хозяйственного развития, но и нефтяного загрязнения, поскольку большинство его водотоков лежат в пределах особо охраняемой территории. Исключительная ценность такого природного эталона в сердце Западной Сибири будет возрастать с течением времени.

© А.С. Байкалова, В.М. Переяславец, Т.С. Переяславец, Е.Г. Стрельников, О.Г. Стрельникова, Ф.Р. Штильмарк, 1999 г.