Рельеф
Местность - всхолмленная равнина (абсолютные высоты 75-190 м), расчлененная долинами рек, оврагами. Склоны речных долин и некоторых озерных котловин изрезаны лощинами (шириной до 200 м, глубиной 5-10 м, ширина промоин 11-20 м, глубина до 3 м). Многочисленные котловины и западины заняты озерами, реже болотами. Долина р. Тобол широкая (ширина 6-10 км) с пологими (1-3°) склонами.
Климат
Зима (ноябрь-март) холодная, малоснежная, преобладает ясная погода (до17 дней в месяц). Температура воздуха днем -7 -16°С, ночью -18 -24°С (минимальная -48°С). Сильные морозы обычно сопровождается туманами (4-5 дней в месяц). Часты метели, особенно в декабре-январе (до 7 дней в месяц). Снежный покров образуется в конце ноября, в марте его толщина достигает 40 см. Весна (апрель-май) прохладная, преобладает пасмурная погода, осадки в виде дождя и снега. Снежный покров сходит к концу апреля. Лето (июнь-август) жаркое. Днем температура воздуха 22-25°С (максимальная 4 °С), ночью 10-12°С. Дожди ливневого характера, нередко с грозами (4-8 раз в месяц), наибольшее количество осадков выпадает в июле (71 мм). Осень (сентябрь-октябрь) прохладная с преобладанием пасмурной погоды. В октябре температура днем 6°С, в конце месяца возможны морозы до -12°С, выпадает первый снег. Ветры в течение года преимущественно южные и юго-западные, средняя скорость 4,4 м/с.
Почвы преимущественно суглинистые, глинистые и солончаковые, в долине р. Тобол - песчано-суглинистые с примесью гальки. Солончаковые почвы встречаются в долине р. Убаган, а также отдельными участками в северной части территории. Грунтовые воды залегают в пониженных местах на глубине 1-3 м, на водоразделах - на глубине 3-10 м.
Гидрография
Река Тобол - ширина 30-300 м, глубина 1,0-4,0 м, в местах немногочисленных бродов 0,4-0,6 м, скорость течения 0,3-0,4 м/с. Русло сильно извилистое. Дно песчаное. Берега преимущественно обрывистые, высотой 2-10 м. Пойма травянисто-кустарниковая, как правило, сухая (заболоченная лишь в отдельных местах), частично поросшая лесом, изрезана многочисленными протоками и старицами. Река Убаган шириной 20-50 м, глубиной 0,2-3,5 м, скорость течения 0,1 м/с, вода соленая. Дно реки преимущественно вязкое. Берега пологие, местами обрывистые, высотой 2-4 м. Пойма шириной 1-6 км, преимущественно сухая, травянистая. Питание рек и озер преимущественно снеговое, поэтому сток в реках крайне неравномерный. Замерзают реки и озера в конце ноября (толщина льда в феврале достигает 80-90 см), вскрываются в апреле. Весеннее половодье на реках длится 20-30 дней, уровень воды повышается до 8 м, скорость течения возрастает до 1,0 м/с. После весеннего половодья пойма обсыхает в течение месяца. Наиболее низкие уровни в августе-октябре.
Растительность
Северо-западная часть заказника покрыта лесом (сосна с примесью березы и осины), перемежающимся с полями, лугами, болотами и озерами. В подлеске наиболее распространены дикая вишня, шиповник, ива, крушина, боярышник и багульник.
Южная часть, в основном безлесная, расположена в пойме рек Уй и Тобол с большим количеством стариц. Практически ежегодно в паводковый период пойменная часть заказника заливается водой. Берега стариц поросли ивняком, шиповником, осокой.
Хозяйственная деятельность на территории заказника
Заказник удален на значительное расстояние от крупных промышленных предприятий. Территория его в прошлом не подвергалась преобразованию масштабными мелиоративными работами. Здесь в целом в относительной чистоте сохранилась естественная структура первичных природных комплексов. И это делает его особенно перспективным для охраны пойменных биоценозов.
На территории заказника расположены 6 населенных пунктов. Землепользователями являются 4 совхоза, занимающихся земледелием и животноводством. Луга выкашиваются на сено, выпасается около 9 тыс. голов, в основном крупного рогатого скота.

© По материалам Главохоты