По лесорастительному районированию занимаемая национальным парком территория относится к Горно-Шорскому кедрово-пихтовому району Алтае-Саянской горной области. Крутизна склонов гор парка колеблется от 5 до 30 и более, по долинам рек крутизна склонов увеличивается.

Лесные массивы среднегорной части Шории почти не затронуты хозяйственной деятельностью и сохранены в своем первозданном виде. Они занимают 19% от всей площади парка. В соответствии с этим здесь сохраняется уникальная и богатая флора гор Южной Сибири. По предварительным оценкам в парке она составляет не менее 800 видов.

В настоящее время на территории национального парка выявлено более 60 редких и исчезающих видов растений, занесенных в Красные книги России и Кемеровской области. Это такие виды, как: саранка (лилия кудреватая), кандык сибирский, княжик сибирский, родиола розовая, любка двулистная,венерины башмачки крупноцветковый, настоящий и капельный, ревень компактный (алтайский), хвойник односеменной, тимьян сибирский и др.

Все леса представлены горными типами сообществ. Леса горной Шории называют вторыми Альпами, они составляют главное богатство парка. Преобладают сообщества с сосной сибирской (Pinus sibirica), занимающие 101,0 тыс. га, и пихтой сибирской (Abies sibirica) -100,4 тыс. га. Значительно реже встречается ель (Picea obovata), сосна (Pinus sylvestris), береза пушистая (Betula pubescens), осина (Populus tremula). В возрастной структуре наиболее значительна доля средневозрастных и приспевающих насаждений. Удельный вес спелых насаждений составляет всего 20,2% покрытых лесом земель.

Наиболее распространены крупнотравные (135,2 тыс. га или 44,4% покрытых лесом земель) и широкотравные типы лесных сообществ (124,6 тыс. га или 40,6% покрытых лесом земель). Менее значительна доля моховых (Rhytidiadelphus triquetrus, Pleurozium schreberi) и кустарниково-разнотравных типов леса с черемухой (Padus avium) и рябиной (Sorbus sibirica) в подлеске, а в травяном покрове с кочедыжником женским (Athyrium filix-femina), орляком (Pteridium aquilinum), борцом северным (Aconittnn septentrionale), живокостью высокой (Delphinium elatum), купырем лесным (Angelica sylvestris). Доля остальных типов леса незначительна.

Характерной особенностью растительности парка, как и всей Горной Шории, является наличие черневой тайги. Характерными признаками черневой тайги считаются: во-первых, преобладание в древостое пихты и осины с подлеском из высокорослых кустарников - черемухи обыкновенной, рябины сибирской и калины обыкновенной, во-вторых, развитие высоких (до 2,5 м и более) трав - борец северный (Aconitum septentrionale), живокость высокая (Delphinium elatum), бодяк разнолистный (Cirsium heterophillum)и др., в-третьих, наличие в травяном покрове реликтовых видов: копытень европейский (Asarum europaeum), альфредия поникшая (Alfredia cernua), воронец колосистый (Actaea spicata), щитовник мужской (Dryopteris filix-mas),фиалка удивительная (Viola mirabilis) и др., в-четвертых, слабое развитие или полное отсутствие мохового покрова.

© Справочник "Национальные парки России". Москва: Изд-во
Центра охраны дикой природы, 1996 г.
© Национальный парк "Шорский" / Буклет. Изд-во РОО
"Кузбасс-ЭКрО", НИЛ РКО НГПИ. Таштагол.