Таежные экосистемы находятся в настоящее время в удовлетворительном состоянии и в заповеднике, и на всем пространстве его биосферного полигона, за исключением бассейна р. Дубчес, где местами в сосновых борах ведутся сплошные промышленные рубки. Однако там, благодаря целому комплексу природных процессов, происходит хорошее самовозобновление этих лесов без специальных лесотехнических мероприятий. Изучением этих процессов на специальных пробных площадях в течение более чем 20 лет специально занимаются ботаники, работающие на Северной экологической станции ИПЭЭ РАН – профессор В.Б. Куваев, канд. биол. наук Д.А. Шахин и др.
Число лесных пожаров на среднем Енисее всегда было значительным из-за большого количества гроз. В настоящее время оно несколько возросло за счет появления на Енисее неорганизованных туристов, в том числе иностранных.
Наиболее серьезные и необратимые нарушения природных экосистем на территории заповедника связаны с Енисеем: с изменением гидрологического режима гигантской реки в результате строительства в верхней части его бассейна ряда крупных гидростанций, а также с его все увеличивающимся загрязнением.
Сток Енисея был зарегулирован в результате строительства в верхней части его бассейна ряда крупных гидроэлектростанций и водохранилищ. На самом Енисее в 1970-1980-х гг. были созданы крупнейшие Красноярская ГЭС (6108 МВт) и Саяно-Шушенская ГЭС (6400 МВт). Кроме того, созданные в 1950-1980-х гг. на Ангаре Иркутская, Братская и Усть-Илимская гидростанции, уже использовавшие на 70 % технически возможный для освоения гидроэнергетический потенциал этой реки, также оказали сильнейшее влияние на гидрологический режим Енисея (в целом по Енисею уже вырабатывается около 30 % возможных к использованию энергоресурсов этой реки).
После создания плотин и водохранилищ гидрологический режим Енисея, в том числе и в среднем течении, сильно изменился. На участках реки ниже плотин максимальные весенние уровни снизились на высоту от 0,7 до 2,5 м. Средние за время половодья расходы воды сократились на 15-35 %. Зимой уровни воды повысились на 0,5-2,0 м и средние расходы воды возросли в 1,5-3 раза. Температура воды летом понизилась (в июле на 2-9° С), а осенью повысилась (в октябре на 1-1,5° С). Продолжительность ледостава уменьшилась на 5-45 суток в связи с тем, что ледостав теперь происходит на 10-40 суток позже, а вскрытие льда весной – на 2-20 суток раньше. Максимальная толщина льда уменьшилась на 10-20 см, зато повторяемость зажоров возросла на 40-60 % (Петенков,1998). Эти изменения на Енисее особенно заметны в верхнем и среднем течении реки, примерно до устья Подкаменной Тунгуски, т. е. до места расположения заповедника. За последние десятилетия в заповеднике значительно изменилась растительность поймы Енисея. Происходит обеднение видового состава и продуктивности лугов, многие прежде заливные луга становятся суходольными. Меняются и почвенные процессы, и животное население поймы.
Загрязняется сам Енисей. Это сказывается на всех гидробионтах, в том числе на рыбах. Несмотря на то, что заповедник расположен почти в 1000 км вниз по течению Енисея от Красноярска, где река сильно загрязнена, в том числе радионуклидами, специальные исследования ихтиологов и гистологов ИПЭЭ РАН (проф. Т.П. Евгеньева) показали, что в районе заповедника происходит деградация тканей осетровых рыб аналогично тому, как это происходит на Каспийском море.
На запасах всех ценных рыб резко отрицательно сказывается все более развивающееся браконьерство, в том числе с применением строго запрещенных крючковых самоловов при ловле осетровых, нельмы, тайменя. По приблизительным расчетам, запасы ценных рыб (сибирский осетр, стерлядь, нельма) на среднем Енисее в районе заповедника за последние 20 лет уменьшились в 3-4 раза. Хищнический лов и практически бесконтрольная продажа ценных рыб и икры ведутся вне пределов заповедника, но на ближайших подступах к нему. В самом заповеднике браконьерства почти нет.
Значительно сократилась численность лосей и глухаря в енисейской тайге вокруг заповедника.
Необходимо ужесточить борьбу с рыбным браконьерством и принять срочные меры по восстановлению запасов осетровых и других ценных рыб в Енисее. Для этого на базе Енисейской экологической станции ИПЭЭ РАН (пос. Мирное) планируется уже с 2001 г., с участием Лесосибирского межрайонного комитета природных ресурсов (В.Я. Кадач), по методикам, разработанным в Красноярском институте рыбного хозяйства, организация рыборазводного предприятия для выращивания молоди сибирского осетра с последующим ее выпуском в Енисей. Первоначальный план выращивания молоди – около 200-300 тыс. в год.
© Е.Е. Сыроечковский, Э.В. Рогачева, Н.Н. Большаков, М.А. Жуков, К.Б. Клоков, В.Б. Куваев, А.В. Куваев, Д.А.Шахин, А.И. Панаиотиди, А.Н. Роденков, А.В. Сапогов, В.М. Сапогов, В.М. Телеснина, С.С. Щербина, И.Н. Янковская, 2000 г.