Основные научные задачи заповедника состоят в разработке основ сохранения и восстановления популяций редких и исчезающих видов растений и животных, формирования системы долгосрочного слежения за динамикой природных процессов для оценки состояния и прогноза экологической ситуации в природных комплексах Убсунурской котловины. Заповедник в своей научной деятельности связан с Убсунурским международным центром биосферных исследований, Кызыльским государственным университетом, институтами Сибирского отделения РАН, РАСХН и многими учебными и научными организациями России и зарубежных стран. Программа научных исследований обсуждается на регулярно проводимых (раз в 2 года) симпозиумах международного эксперимента “Убсу-Нур”, ряд совместных решений которых послужил обоснованием для создания заповедника. Многие аспекты природоохранной концепции обсуждаются с коллегами из заповедника “Уве-Hyp” Монгольской Республики, демонстрируя новые подходы к решению как краткосрочных, так и долговременных проблем сохранения разнообразия уникальных и типичных экосистем Внутренней Азии.
© В.В. Бугровский, Е.И. Голубева, С.С. Курбатская, М.М. Кыныраа, А.Ч. Ооржак, Э.В. Рогачева, Е.Е. Сыроечковский, В.С. Хруцкий, 2000 г.