Государственный природный биосферный заповедник "Убсунурская котловина" создан 24 января 1993 года Постановлением Правительства РФ № 52.

Заповедник располагается в Убсунурской котловине и на прилегающих горных хребтах, на территории Эрзинского, Тес-Хемского и Монгун-Тайгинского районов Республики Тыва.

Охрана и изучение уникальных и исключительно разнообразных экосистем Убсунурской котловины. Заповедник уникален по спектру охраняемых экосистем - от горных тундр до пустынь.

Заповедник состоит из девяти кластеров общей площадью 323 198,4 га. Первоначально заповедник располагался на пяти участках общей площадью 39 640 га: Цугээр-Элс (4900 га), Ямадлыг (800 га), Улар (18 000 га), Монгун-Тайга (15 890 га) и Арысканныг (15 000 га). В 2000 году было принято решение о расширении территории заповедника и выделении еще четырех кластеров площадью 283 558,4 га: Убсу-Нур (4490 га), Хан-Дээр (112917,4 га), Кара-Холь (122 452 га), Уруку-Шинаа (28 750 га).

-

В 1997 году заповеднику был присвоен статус биосферного.
3 июля 2003 года по решению Комитета всемирного наследия "Убсунурская котловина" включена в Список Всемирного природного и культурного наследия ЮНЕСКО (в составе совместной Российско-Монгольской номинации "Убсунурская котловина"). Заповедник ведет активное сотрудничество с прилегающими ООПТ Монголии.