В некоторых участках заповедника до его организации велись рубки лесов, распашка черноземов, интенсивно выпасался скот, производилась официальная и браконьерская охота. Все это сказалось на состоянии живой природы. Основные массивы наиболее ценной реликтовой черневой тайги сохранились в бассейнах рек Ины и Белой. Они могут быть эталонами для мониторинговых исследований. Такую же роль могут играть сохранившиеся участки черноземов с мощностью гумусовых горизонтов до 100 см.
Ранее уже отмечалось (см. очерк об Алтайском заповеднике в книге данной серии “Заповедники Сибири, т. 1, 1999), что сравнительно новой и малоизученной формой антропогенного загрязнения в горах Южной Сибири, в частности на Алтае, могут быть результаты запусков космических и иных ракет различного назначения. Недавно появились специальные экологические исследования по данной проблеме (“Социально-экологические последствия ракетно-космической деятельности”, 2000). Это касается не только Алтайского, Катунского и Тигирекского, но и Хакасского и Саяно-Шушенского заповедников (возможно и Убсунурской котловины). Без сомнения, эта сравнительно новая для наших южносибирских заповедников проблема нуждается и в дальнейшем специальном изучении.

© П.В. Голяков, Е.А. Давыдов, Н.Л. Ирисова, Д.В. Рыжков, О.В. Уварова, Ю.Г. Швецов, Э.В. Рогачева, 2000 г.