Географическое положение, неоднородность климата и многообразие экологических условий определяют особенности растительного покрова заповедника.
Согласно ботанико-географическому районированию (Огуреева, 1980) территория Тигирекского заповедника относится к Западно-Алтайской провинции, Среднечарышскому таежно-кустарниково-лесостепному району (северная часть заповедника) и Тигирекскому району черневой тайги (южная основная часть заповедника).
Тигирекский район черневой тайги расположен в бассейне верховий левых притоков Чарыша: Белой и Ини, прорезающих северные склоны Тигирекского хребта.
Основной фон растительного покрова хребта составляют леса подпояса черневой тайги. Преобладают осиново-пихтовые высокотравные леса с участием в травяном покрове неморального широкотравья. Сомкнутость пихтового древостоя высокая, местами в наиболее глухих частях хребта на склонах долин рек имеются чистые пихтачи. На северном склоне хребта в бассейне р. Малый Тигирек в составе древостоев значительно участие лиственницы сибирской. Основные массивы черневой тайги сохранились в бассейнах рек Ини и Белой.
Своеобразие черневой тайги гор Южной Сибири, и Алтая в частности, определяется тем, что она в целом является самой древней (реликтовой) формацией. Тигирекский заповедник является рефугиумом третичных реликтов: это осмориза остистая, копытень европейский, волчеягодник обыкновенный, колокольчик широколистный, многорядник копьевидный, многорядник Брауна, подлесник европейский и др.
Для заповедной территории характерны осиново-пихтовые леса. В подлеске осиново-пихтовых лесов преобладают черемуха обыкновенная, таволга средняя, малина обыкновенная. Под пологом леса много рябины сибирской. В травяном покрове обычны папоротники: орляк обыкновенный, щитовник шартрский, травянистые виды – горькуша широколистная, купальница алтайская, пион марьин корень, володушка золотистая и др. Большие площади занимают производные кустарниковые сообщества (карагана древовидная, таволга средняя, смородина колосистая) и высокотравные лесные луга на месте черневой тайги. По долинам рек встречаются пихтовые лабазниково-хвощевые леса.
В местах, где черневая тайга наиболее глубоко вдается в полосу предгорных степей, растительность имеет лесостепной характер. Здесь широко распространены кустарниковые сообщества, которые в сочетании со степными участками покрывают все склоны южной, западной и восточной экспозиций, в то время как северные склоны заняты изолированными массивами черневых лесов. В нижних частях склонов среди кустарников преобладают жимолостники, караганники и розарии (жимолость татарская, карагана древовидная, шиповник иглистый, шиповник колючейший). В средних и верхних частях склонов жимолость и карагана практически выпадают из состава кустарникового яруса, и преобладают розарии и спирейники (таволга зверобоелистная, таволга трехлопастная, барбарис сибирский, кизильник черноплодный). В травяном покрове кустарников преобладают лугово-степные виды (мятлик оттянутый, перловник высокий, овсец пушистый, володушка многонервная, шлемник приземистый, подмаренник обыкновенный, полынь шелковистая). Привершинные участки склонов заняты серийными сообществами разнотравно-типчаково-ковыльных степей.
С высоты 1300-1400 м в составе осиново-пихтовых лесов заметно увеличивается количество кедра. Горнотаёжный подпояс образован темнохвойными, преимущественно кедрово-пихтовыми лесами.
На северных склонах преобладают леса зеленомошной группы, среди которых наиболее важны черничные типы; для южных склонов характерны высокотравные типы.
Верхнюю границу леса образуют кедрово-пихтовые редколесья с участками субальпийских высокотравных лугов. Фактически лесная граница не достигает климатической, т. к. перелески не выдерживают мощной конкуренции со стороны пышной травянистой растительности субальпийских лугов.
Обычными компонентами травостоя большинства участков высокотравных субальпийских лугов являются сложноцветные: маралий корень, бодяк разнолистный, горькуша Фролова, а также герань белоцветковая, купальница (огонек) алтайская, чемерица белая, володушка золотистая. Злаки теряются в общей массе видов разнотравья, но почти всегда в том или ином количестве здесь присутствуют вейник Лангсдорфа, мятлик сибирский, лисохвост луговой.
В альпийско-тундровом поясе развиты альпийские луга. Преобладающее значение в травостое здесь имеют виды, свойственные только высокогорному поясу. Характерные представители альпийских разнотравных лугов – водосбор железистый, фиалка алтайская, горечавка крупноцветковая; из злаков и осоковых – овсяница Крылова, овсяница алтайская, осока черноцветная, ожика сибирская.
Заболоченность территории заповедника очень мала. Болотный тип растительности представлен в основном пушицево-осоковыми низинными болотами с участием гипновых и сфагновых мхов, господствующими видами являются осока средняя и пушица низкая.
Северную часть Тигирекского заповедника характеризует Среднечарышский таёжно-кустарниково-лесостепной район. Растительность района носит переходные черты от ковыльных степей казахстанского типа к западносибирским луговым степям. Фрагменты разнотравно-типчаково-ковыльных степей прослеживаются по всему фронту северных предгорий района. В степном поясе встречаются различные варианты разнотравно-типчаково-ковыльных и кустарниковых степей. В составе основных доминантов участвуют овсяница бороздчатая, тонконог гребенчатый, ковыль-волосатик, осока приземистая. Из петрофильного разнотравья обычны схизонепета многонадрезная, вероника седая, василёк сибирский, тимьян розовый. Разнотравно-типчаково-ковыльные степи распространены преимущественно по склонам южной и восточной экспозиций в приустьевых частях долин рек Белой, Ини и вдоль северной границы района. Эти степи контактируют с петрофитными сообществами кустарников (карагана древовидная, таволга трехлопастная, таволга зверобоелистная) по южным каменистым участкам придолинных склонов.
Значительные площади занимает подпояс луговых степей. Луговые степи отличаются богатством и красочностью травяного покрова. Желтый аспект образуют володушка многожильчатая, подмаренник обыкновенный, скабиоза бледно-желтая, козлобородник восточный; синий дают герань луговая, колокольчик скученный, живокости; белый – лабазник обыкновенный, качим развесистый, тысячелистник обыкновенный. Среди злаков преобладают ковыль перистый, мятлик узколистный, овсяница луговая, пырей средний, пырей ползучий. Луговые степи распространены по террасам рек, пологим склонам увалов, в пределах высот 300-600 м. На каменистых и щебнистых склонах степи становятся более ксерофильными и представлены литогенными сериями кустарников (таволга трехлопастная, барбарис сибирский, карагана карликовая) – разнотравных сообществ луговых и ковыльных степей.
Одной из наиболее характерных черт растительного покрова является широкое распространение кустарников, образующих самостоятельный подпояс на высотах 500-900 м. Кустарниковые сообщества характерны для придолинных крутых склонов преимущественно южной экспозиции с участием лугово-степных (подмаренник обыкновенный, зопник клубненосный, володушка золотистая, эспарцет песчаный, альфредия поникшая) видов в нижних частях склонов и более петрофильных видов разнотравья (житняк гребенчатый, очиток гибридный, душица обыкновенная) в привершинных частях склонов. В кустарниковых сообществах довольно обилен эндемичный алтайский вид – сибирка алтайская.
Благодаря богатству экотопов и разнообразию субстратов, в заповеднике произрастает большое количество видов лишайников. По нашим оценкам лихенобиота заповедника включает не менее 600 видов, пока их зарегистрировано около 300.
В степном поясе лишайники занимают обычно открытые скалистые участки с разреженной травянистой растительностью. Обычны здесь виды ксантопармелий – листоватых видов характерного желто-зеленого цвета, покрывающих иногда большие участки скал и щебня на южных склонах. На почве и наносах мелкозема на скалах встречаются кладонии, пельтигеры диплосхистесы. Скалы и курумники заселяют накипные леканоры, лецидеи, аспшилии обычно серого цвета. Черно-коричневые пятна на скалах образуют меланелии. Интересна аспицилия забайкальская – азиатский вид, который образует на скалах своеобразные “подушки” толщиной до 2-3 см из вертикальных разветвленных сомкнутых лопастей.
Самое высокое разнообразие лишайников в лесах заповедника. Здесь помимо напочвенных видов – кустистых кладин и кладоний, листоватых пельтигер – большую роль играют эпифиты. Особенно много лишайников-эпифитов в черневой тайге. Здесь они растут по всей окружности стволов, поднимаясь на высоту 15-20 м. Обычными на стволах различных пород являются виды родов леканора, пармелия, меланелия, фисция, гипогимния, пертузария. Иногда можно увидеть крупные лопасти лобарии легочной и лобарии бородавчатой. На гладких стволах рябины, пихты и караганы встречаются виды артоний и опеграф, слоевища которых часто развиваются под прозрачной корой деревьев. С ветвей густыми “бородами” свешиваются уснеи и бриории. Большое количество видов эпифитов в черневых лесах объясняется не только благоприятными условиями влажности, но и историческими причинами – ведь среди них довольно много реликтов третичных широколиственных лесов.
На камнях в прозрачных реках заповедника обычны водные веррукарии, образующие характерный коричневый или черный налет, белые аспицилии и курчавые листоватые дерматокарпоны.
В высокогорном поясе встречаются виды, типичные для горных сибирских тундр, но разнообразие видов меньше, чем, например, в центральной и восточной части Алтая. На почве это в основном цетрариоидные лишайники, а также алектория, виды кладин, кладоний, пельтигер. На растительных остатках поселяются охролехии, калоплаки, канделляриеллы и другие накипные виды. На камнях обычны накипные виды: леканоры, аспицилии, лецидеоидные лишайники, ксантории. Иногда можно найти толстые зеленые слоевища офиопармы с винно-красными апотециями. Из листоватых видов постоянно встречаются меланелии, пармелии, умбиликарии, лазаллии.
Предварительный список высших сосудистых растений заповедника насчитывает 602 вида, объединенных в 286 родов .и 74 семейства. Ведущие 10 семейств: астровые, злаки, бобовые, розоцветные, лютиковые, гвоздичные, норичниковые, зонтичные, губоцветные, крестоцветные содержат в порядке убывания 82-19 видов – 59 % общего списка видов растений. Наиболее богатыми по числу видов во флоре заповедника являются рода: лук, осока, фиалка, вероника, ива, подмаренник. Наиболее распространены виды европейского и азиатского типов ареалов.
Флора Тигирекского заповедника содержит значительное число видов, имеющих хозяйственное значение: лекарственные, кормовые, медоносные, декоративные растения. Среди ценных лекарственных растений можно отметить такие, как родиола розовая (золотой корень), рапонтикум сафлоровидный (маралий корень), пион марьин корень, бадан толстолистный и др. Многие виды растений являются хорошими медоносами, образуя заросли на открытых местах: черемуха обыкновенная, лабазник вязолистный и др.
Среди пищевых растений наиболее известны щавель шпинатный, черника, калина обыкновенная, шиповник колючий, спаржа обыкновенная и др.,
В Красные книги РСФСР и Алтайского края включены: щитовник мужской, стеллеропсис алтайский, лук алтайский, хохлатка крупноприцветниковая, касатик Блудова, колокольчик широколистный, пион марьин корень и др.
Особо следует отметить скабиозу южно-алтайскую. Этот среднеазиатско-джунгарский вид здесь собран впервые на территории России. Он рекомендуется для занесения в Красную книгу Алтайского края.

© П.В. Голяков, Е.А. Давыдов, Н.Л. Ирисова, Д.В. Рыжков, О.В. Уварова, Ю.Г. Швецов, Э.В. Рогачева, 2000 г.