Саяно-Шушенский заповедник соединяет в себе территории, сохранившие естественные экосистемы, а также природные комплексы, коренным образом измененные деятельностью человека. Он учрежден в период бурного развития производительных сил на юге Красноярского края, создания крупнейшего в Сибири Саянского территориально-производственного комплекса, значительной концентрации населения. Это привело к резкому увеличению антропогенных нагрузок на природу региона. Заповедная территория – одна из немногих в Западном Саяне, где практически не проявилось интенсивное влияние человека. Это связано с её удаленностью от основных центров хозяйственного освоения. Здесь нет транспортных путей, не было лесозаготовок, добычи полезных ископаемых. Охота и скотоводство в последние десятилетия велись в минимальных объемах.

Антропогенным изменениям на будущей заповедной территории подвергались в основном участки сухих степей в долинах Енисея и р. Большие Уры. В удобных для поселения местах (займища в устьях рек Ус, Керема, Шигнота, Узунсук, Малые Уры) располагались стоянки скотоводов. Малоснежье обеспечивало круглогодичный интенсивный выпас скота. Обилие травостоя иногда поддерживалось искусственным орошением. Следы оросительных систем до сих пор видны в долине Енисея у устья Керемы. В местах выпаса скота уменьшилось количество злаков (житняк, тонконог, типчак, пырей) и увеличилось обилие растений, не поедаемых животными (лапчатка бесстебельная, василистник вонючий, полынь холодная). На местах стоянок скотоводов формировались фитоценозы с преобладанием крапивы коноплевой, гулявника Лезеля, полыни обыкновенной. По Енисею стоянки и прилегающие к ним наиболее нарушенные места сейчас затоплены водохранилищем. Остались они лишь в долине р. Большие Уры.

На фоне общей картины состояния заповедных экосистем описанные выше изменения незначительны. После установления заповедного режима выпас скота прекратился, стоянки ликвидированы, и сейчас происходит восстановление исходной структуры растительного покрова. Рекреационная нагрузка в заповедной части Западного Саяна всегда была небольшой. Местное население летом посещало с лечебными целями минеральный источник в истоках Больших Ур, по Енисею изредка сплавлялись туристы.

В 1979-1988 гг. долина Енисея у заповедника была затоплена водохранилищем Саяно-Шушенской ГЭС. Местное название Саянского каньона Енисея – “труба”. Речной поток здесь был бурным, с многочисленными перекатами и порогами. Пойма была развита очень слабо, в виде небольших займищ, чередующихся с прижимами крутых бортов долины.

Затопленная площадь в заповеднике относительно невелика: 4506 га (1,2% заповедной территории). При полном затоплении глубина водохранилища на участке у заповедника - от 50 до 150 м. Сезонное колебание уровня воды 40 м. В зависимости от крутизны склонов ежегодно затопляемая и осушаемая полоса изменяется от 40 м (почти отвесные участки) до 4000 м (пологие устья притоков Енисея). В среднем в пределах заповедника ширина этой полосы порядка 100 м. Здесь происходит полное разрушение почвенного и растительного покрова, в большинстве мест – обнажение коренных скальных пород, а на пологих – образование наносов. Разрушающее действие водохранилища в береговой зоне усиливается в зимне-весенний период, когда после падения уровня воды берега на десятки метров завалены льдом. Выше уровня воды распространены обвалы, осыпи, оползни. Особенно много их на берегах, где пласты коренных погод наклонены в сторону водохранилища.

Климатическое влияние водохранилища проявляется в первую очередь в пределах долины Енисея. Уже в период формирования водохранилища отмечено увеличение влажности, смягчение температур, уменьшение количества заморозков, усиление ветров.

С созданием водохранилища исходная структура и связи биотических компонентов природного комплекса Енисейской долины претерпели коренные преобразования. Изменился состав ихтиофауны (исчезли криофильные виды).

Нарушены орнитокомплексы береговой полосы. Местами обширные плесы водохранилища стали привлекательными для пролетных водоплавающих. Весной и осенью здесь чаще, чем прежде, встречаются кряква, шилохвость, широконоска, чирки трескунок и свистунок.

Затоплены луговые и степные сообщества займищ, прибрежных пологих склонов. В северной части заповедника эти биотопы почти полностью ушли под воду. В результате резко сократилась численность некоторых типичных обитателей (коростель, перепел, болотная сова, садовая овсянка, дубровник, прыткая ящерица). В затопленной зоне в основном росли долинные смешанные и сосновые леса, в которых обитали барсук, лисица, чеглок, сплюшка. Почти полностью исчез своеобразный комплекс ленточных прибрежных зарослей тополя лавролистного.

Нарушение экологической обстановки отразилось на состоянии популяции сибирского горного козла. Во время отёла (конец апреля – май) самки собирались на берегах Енисея, где были удобные водопои и быстрее появлялась весенняя зелень. Сейчас же на десятки метров от воды тянется полоса из грязи и обломков льда.

Характерным отличием Саянского водохранилища от равнинных является сравнительно узкое распространение его влияния. Это касается и масштабов изменения уровня грунтовых вод, и степени климатического воздействия. Заметные изменения в климате происходят в основном в долине Енисея. Есть основания предполагать, что на основную часть заповедной территории абиотические факторы, связанные с водохранилищем, существенно не влияют.

Зафиксированные изменения в жизни природы заповедника вне Енисейской долины связаны с миграциями животных. В заповедных притоках резко сократилась численность хариуса, а в связи с этим по р. Большие Уры стало меньше крохалей – преимущественно рыбоядных птиц. В единственном гнезде на той же реке перестала гнездиться скопа. Отмечено проникновение вглубь заповедника некоторых животных, вытесняемых из Енисейской долины.

В 90-е годы с началом работы водохранилища в проектном режиме для животного комплекса заповедного участка побережий водохранилища отмечены процессы стабилизации и восстановления численности. Снова появились барсук, лисица, практически прежней стала встречаемость сибирского горного козла, марала. На заповедном участке водохранилища в два раза увеличилась численность скопы. Это определяется вытеснением сюда птиц при заполнении водохранилища. Сохранение их численности обеспечено заповедным режимом, меньшим фактором беспокойства и специальными биотехническими мероприятиями. Заповедником была разработана и реализовывалась методика спасения гибнущих при затоплении гнезд скопы и привлечение ее на новые гнездовые участки вне зоны затопления.

Тот факт, что стабилизация и восстановление численности животных на заповедном участке водохранилища обеспечивалась режимом охраны, подтверждается данными учетов на смежных территориях. Для сибирского горного козла, наиболее подверженного браконьерству и беспокойству, это заметно уже в пределах заповедника. А за его границами в долине Енисея численность козла так и не восстановилась. В меньшей степени, но заметно, это отмечено и для марала, медведя, сибирской косули.

На водохранилище Саяно-Шушенской ГЭС отмечены 11 регулярно встречающихся редких видов птиц, внесенные в Красную книгу России. Заповедник играет особую роль для сохранения беркута, балобана, сапсана, скопы и других редких птиц. При этом оптимальные условия для беркута Западного Саяна сохраняются именно в заповедной части водохранилища и его притоков.

© В.А. Стахеев, А.Е. Сонникова, Б.П. Завацкий, Т.И. Житлухина, А.Г. Рассолов, В.Б. Куваев, Е.Е. Сыроечковский, Ф.Р. Штильмарк, 1999 г.