Территория заповедника “Кузнецкий Алатау” в целом мало подвергалась антропогенному воздействию. Еще до прихода русскоязычного населения аборигены этих мест – шорцы, телеуты и хакасы – избегали труднодоступных высокогорий хребта, предпочитая охотиться в предгорьях.

Освоение этой территории фактически началось в 1697 году, после экспедиции рудоискателя Александра Леондира, посланного Петром I в горные районы Алтая для поисков полезных ископаемых. Вскоре в системе р. Кии было найдено серебро, а затем золото, что повлекло за собой отнесение этих земель к категории кабинетных.

В 1829 году правительство дало разрешение на разработку месторождений золота в Мариинской тайге, и в Кузнецкий Алатау слетаются артели из многих мест России, прежде всего – с Урала.

Старатели роют шурфы в долинах Кии, Терсей, Тайдона, промораживают грунтовые воды зимой, промывая породу в колодах и лотках. С этого времени в пределах заповедника остались заросшие отвалы и заполненные водой колодцы шурфов. Но первый период золотой лихорадки быстро схлынул, так как фактическая прибыль от добычи золота оказалась ничтожной.

В конце XIX-го - начале XX-го века, в связи с применением новых методов добычи россыпного золота, старательская деятельность опять оживляется. В тайге возникают поселки, в окрестностях которых выжигались речные поймы для расширения покосов и пастбищ. Эти луга антропогенного происхождения хорошо заметны в заповеднике и сейчас, как и заросшие молодым лесом гати старых дорог. Сами же дома старательских поселков и раскольничьих скитов исчезли без следа.

Несколько дольше продержались в тайге поселки геологов, лесозаготовителей и базы послевоенных старателей (в частности, в верховье Средней Терси). Они проложили здесь отсыпные дороги, взрывая речные скалы-прижимы в долинах практически всех крупных рек заповедника, намыли огромные отвалы отработанного в промышленных отвалах речного аллювия, оставили большое количество неисправной техники и обломков оборудования буровых. Геологи и старатели вырыли также карьеры и канавы в лесном поясе и на гольцах заповедника. Если в лесном поясе возобновление на них идет достаточно успешно, то в гольцах эти обнажения материнской породы практически не зарастают.

Лесозаготовительная деятельность велась наиболее интенсивно в районе современного кордона Верхняя Терсь, где в 1960-х годах существовал поселок Таловка, построенный там благодаря проведенной геологами дороге к прииску “Серебряный”. Существовали также лесосеки в окрестностях практически каждого геологического поселка, где рубили лес для бытовых и технологических нужд.

В высокогорьях Кузнецкого Алатау длительное время выпасали скот, принадлежащий сельскохозяйственным предприятиям Хакасии. Следы его пребывания еще видны кое-где на хребте Саргая, а заходы отдельных косяков лошадей с сопредельной территории случаются и поныне.

Территория заповедника расположена в самом густонаселенном регионе Сибири, недалеко от почти миллионного промышленного Новокузнецка, что не могло не сказаться на экосистемах. Влияние его выражается, прежде всего, в значительном потоке, как легальных туристов, так и нарушителей режима заповедности. Ежегодно составляется около сотни протоколов на браконьеров, незаконно добывающих в реках заповедника рыбу, отстреливающих зверей.

Влияние промышленных предприятий Кузбасса сказывается также на состоянии воздушного бассейна заповедника, в высокогорьях которого периодически выпадает окрашенный выбросами снег.

С сожалением приходится констатировать, что состояние лесов заповедника в настоящее время далеко не нормальное. Отмечается деградация лесов разной степени (от полного усыхания до частичной дефолиации) на значительной площади. После появления первых визуально наблюдаемых очагов с пожелтением хвои (конец 80-х-начало 90-х годов) были проведены обследования территории Кузнецкого Алатау: в 1993-1994 гг. Брянской лесопатологической экспедицией, в 1995 г. - Московской лесопатологической экспедицией, в 1996-1998 гг. - Институтом леса СО РАН. Лесопатологи пришли к выводу, что причиной деградации пихтачей является воздействие атмосферных промышленных выбросов индустриальных центров Кузбасса, приводящее к хронической интоксикации хвои. Загрязненные фитотоксичными веществами (в основном, окислами серы и азота) воздушные массы переносятся господствующими ветрами на западные макросклоны горных хребтов, но не переваливают через них, а задерживаются в своеобразных орографических “ловушках” у истоков гидрологической сети. Здесь происходит их “разгрузка” от поллютантов обильными осадками (1500-2000 мм в год). Следует учесть, что в этих местообитаниях пихта произрастает на грани своих биоэкологических возможностей – здесь короткий вегетационный период, маломощные каменистые почвы, частые штормовые ветры, воздействие фитотоксичных веществ проявляется особенно сильно.

Иной точки зрения на усыхание пихтачей придерживается проф. В.А. Алексеев, руководитель экспедиции Института леса СО РАН. Он считает, что причиной деградации пихтовых лесов является массовое развитие (эпидемия) раковых заболеваний, вызываемое ржавчинным грибом Melampsorella caryophylla caeum. Впрочем, им не отрицается и воздействие атмосферных промышленных выбросов, приводящее к ослаблению древостоев.

Усыхание водоохранных пихтовых лесов неизбежно вызовет резкое изменение гидрологии реки Томи, поскольку здесь формируется более 80% ее стока. По ориентировочным расчетам, при усыхании поврежденных лесов произойдет увеличение весеннего паводкового стока Томи на 15% (с 70% до 85% от годового стока).

В разное время в пределах описываемой территории и в ее ближайших окрестностях осуществлены выпуски американской норки, баргузинского соболя, европейского речного бобра и ондатры, что не могло не сказаться на чистоте генофонда биоты заповедника, в целом остающейся типичной для горных экосистем Кузнецкого Алатау.

© А.А. Васильченко, П.В. Баранов, Т.Е. Буко, Ал.А. Васильченко, З.А. Васильченко, Т.Н. Гагина, Л.А. Горшкова, Н.В. Демиденко, Н.В. Скалон. Заповедник «Кузнецкий Алатау». // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 110-121