Государственный природный заповедник “Кузнецкий Алатау” расположен на востоке Кемеровской области в наиболее высокой части одноименного хребта, в пределах трех административных районов: Тисульского (99 300 га), Новокузнецкого (238 157 га) и Междуреченского (75 443 га). Протяженность его границ около 400 км. Первоначальная площадь заповедника составляла 455,5 тыс. га.
Создание заповедника в Кемеровской области предлагалось неоднократно в нескольких вариантах (Лавренко и др., 1958, Салатова, 1973, Зыков и Нухимовская, 1979 и др.). Организация относительно крупного резервата в Кузнецком Алатау (площадью до 500 тыс. га) была предложена кафедрой зоологии Кемеровского университета в начале 1980-х гг., и в 1983-1984 гг. под руководством профессора Т.Н. Гагиной были осуществлены экспедиционные обследования в центральной части горного массива, после чего проект нынешнего заповедника был внесен в государственную Генсхему развития заповедной сети РСФСР. Основным аргументом за создание заповедника выдвигалась проблема сохранения водных ресурсов и биоразнообразия Кемеровской области. Эти предложения были поддержаны научной общественностью Сибири на ряде совещаний (в частности, в Новосибирске, 1986 г.). В оформлении документации заповедника принимали участие сотрудники ЦНИЛ Главохоты РСФСР (А.К. Федосенко) и работники ряда местных учреждений, однако же, руководство области относилось к этим планам реальной охраны природы довольно сдержанно, а представители многих ведомств (геологи, лесозаготовители и др.) были откровенно против. Ситуация изменилась в связи с политическими событиями 1989 г., в частности, массовыми забастовками шахтеров. Они выдвинули ряд требований, в которые удалось включить предложения о создании в области заповедника и национального парка для оздоровления окружающей природной среды в интересах здоровья трудящихся.
Уже после того, как заповедник “Кузнецкий Алатау” был официально создан, Западно-Сибирской экспедицией Главохоты РСФСР (начальник партии – Ю.Г. Голубятников) проводились лесоустроительные работы с уточнением его границ и его буферной зоны (Фатеева, Леонова, 1997), при этом территория была частично изменена, а площадь сокращена с 455 тыс. га до нынешней (412,9 тыс. га). Таким образом, процесс создания и устройства данного заповедника длился почти десять лет.

© А.А. Васильченко, П.В. Баранов, Т.Е. Буко, Ал.А. Васильченко, З.А. Васильченко, Т.Н. Гагина, Л.А. Горшкова, Н.В. Демиденко, Н.В. Скалон. Заповедник «Кузнецкий Алатау». // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 110-121