По результатам предварительных инвентаризационных исследований в заповеднике встречается 47 видов млекопитающих, 120 видов птиц, 3 вида пресмыкающихся, 8 видов птиц.
Из пушных зверей здесь обитают белка, соболь, норка, горностай, колонок, солонгой. Копытные представлены косулей, лосем, маралом, кабаргой. В высокогорьях встречается сибирский горный козел. Горный баран обитал в прошлом, но возможны его заходы. Типичны для заповедника такие хищники, как бурый медведь, рысь, волк, росомаха, лисица. Отмечаются редкие случаи захода снежного барса на заповедную территорию.
Каждый тип ландшафта, представленный в заповеднике, характеризуется определенным набором видов животных. Так, по руслам и побережьям рек встречаются водяная кутора, узкочерепная и водяная полевки, американская норка и выдра. Последний вид очень обычен в пределах заповедника и на сопредельной территории. Как показали наши последние исследования, в зимнее время выдра постоянно обитает в верховьях реки Катунь, где ледовый покров очень непостоянный. Звери нередко совершают переходы по льду реки длиною в несколько километров в поисках полыней и глубоких речных ям с рыбой.
В смешанных лесах доминируют красная полевка, обычный бурундук, красно-серая полевка, обыкновенная, тундряная, плоскочерепная и средняя бурозубки, восточноазиатская и лесная мыши, экономка, темная полевка, встречаются цокор и алтайская мышовка, отмечены сибирский крот, двуцветный кожан, заяц-беляк, белка, бурундук, лисица, медведь, ласка, горностай, рысь, кабарга, лось. Рысь сравнительно редка на территории заповедника.
В лиственничных лесах многочисленны красная полевка и цокор, обычны экономка, восточноазиатская мышь, красно-серая, темная и обыкновенная полевки, обыкновенная, тундряная, плоскочерепная и средняя бурозубки, бурундук. По каменистым россыпям среди лиственичных лесов встречается алтайская пищуха, по речкам, пересекающим эти леса, водяная полевка и кутора. Регистрировались сибирский крот, двуцветный кожан, заяц-беляк, белка, бурундук, алтайская рыжая мышовка, лесная мышь, красно-серая и обыкновенная полевки, волк, лисица.
В лиственнично-темнохвойных и темнохвойно-лиственичных лесах доминируют красная полевка, многочисленен цокор, отмечены сибирский крот, обыкновенная, тундряная и плоскочерепная бурозубки, двуцветный кожан, заяц-беляк, медведь, соболь, горностай, солонгой, росомаха, рысь, марал.
В кедрово-лиственичных редколесьях многочисленны красная полевка, цокор, обычны полевка-экономка, тундряная и плоскочерепная бурозубки, восточноазитская мышь, красно-серая и темная полевки. Отмечены сибирский крот, заяц-беляк, алтайская пищуха, белка, бурундук, обыкновенная полевка, лисица, медведь, соболь, росомаха, горностай, солонгой, марал.
В ерниковых тундрах доминируют красная и красно-серая полевки, отмечались сибирский крот, тундряная и плоскочерепная бурозубки, заяц-беляк, лесная и восточноазиатская мыши, цокор, заходит волк, лисица, росомаха, рысь.
В каменистой тундре обитают алтайская пищуха, большеухая полевка, заходит соболь, росомаха, горностай, солонгой, возможно, снежный барс и сибирский горный козел. Зимой копытные животные, как правило, откочевывают с территории заповедника в малоснежные и бесснежные районы Катунского хребта и хребта Листвяга. Глубокий (более 1 метра) снежный покров значительно затрудняет передвижение и кормежку таких видов, как марал и лось, поэтому редкие особи этих видов, зимующие в заповеднике, не совершают больших переходов и держатся на довольно ограниченных относительно малоснежных участках. Волк и росомаха частенько наведываются на такие редкие участки обитания копытных в поисках поживы.
Косуля обитает в заповеднике только в бесснежный период, откочевывая в долину Катуни с установлением устойчивого снежного покрова. Периодически встречается на заповедной территории и сибирский горный козел. Эти животные заходят в летнее время в верховья р. Кураган с восточных склонов г. Белухи. Соболь, горностай, ласка обитают практически повсеместно, предпочитая еловые и лиственничные леса и лесостепные участки.
Интересно обитание двух морф алтайской пищухи – рыжей и черной – в верховьях реки Мульта. Зверьки селятся в обычных на территории заповедника каменистых осыпях. Обе морфы пищухи встречаются вместе. Причины такого диморфизма пока не выяснены.
Один вид млекопитающих – занесенный в Красную книгу России и МСОП и встречающийся на территории заповедника – крайне редкий снежный барс (ирбис)*. Три других вида – речная выдра, усатая ночница, водяная ночница – включены в Красную книгу Республики Алтай.
Из обнаруженных 120 видов птиц на территории заповедника гнездятся 80, остальные – пролетные, зимующие или залетные. В пределах будущего биосферного заповедника предполагается обитание 186 видов.
В степных и лесостепных местообитаниях многочисленны садовая овсянка, черноголовый чекан, каменки, полевой и рогатый жаворонки. Характерная особенность каменки – устраивать гнезда и выводить птенцов в норах длиннохвостого суслика. Из куриных здесь обычен перепел. Лесостепные ландшафты – излюбленные местообитания обыкновенной пустельги, неутомимого охотника на мышевидных грызунов.
В лесном поясе птичья жизнь круглый год кипит у бурных рек, несущих по днищам долин холодную прозрачную воду. Очень характерна для таких потоков оляпка, бесстрашно ныряющая на порожистых местах. Летом у воды держатся горные трясогузки, кулики-перевозчики. На озерах р. Мульта гнездится пара чернозобых гагар. На водоемах очень редко можно встретить черношейную и красношейную поганок. У этих птиц есть удивительная особенность – пуховые птенцы сидят на спине у родителей. При опасности они могут прятаться под перьями родителей и не покидают их даже при нырянии. Во время пролета на озерах появляются гуси, кулички и другие водоплавающие половодные птицы.
Разнообразные леса заповедника весьма богаты птичьим населением. Особенно оживленны они весной, когда прилетают перелетные виды, такие, как лесной конек, пеночки, дрозды, а оседлые уже приступают к гнездованию. Это – рябчик, численность которого в заповеднике в настоящее время достаточно велика, великолепный древолаз – поползень, любитель кедровых орехов – кедровка. Обычен в лесной зоне и дрозд-рябинник. Из дятлов часто встречаются черный и трехпалый. Реже в лесах стали встречаться глухари, тетерева. Здесь гнездятся хищные птицы, такие, как беркут, канюк, сапсан, чеглок, ястреб-тетеревятник и перепелятник.
Леса на склонах гор часто прерываются отвесными скальными стенами. Их используют для устройства гнезда крупные хищники: беркут и сапсан. В долинных лесах, где есть дуплистые деревья, охотно поселяется длиннохвостая неясыть. Зимой в лесной зоне появляются желтоголовые корольки и свиристели.
В альпийском поясе, горных тундрах и скалах обитают белая и тундряная куропатки, горный дупель, альпийская галка, гималайская завирушка, гималайский вьюрок, изредка – алтайский улар.
Из рекомендованных в очередное издание Красной книги Российской Федерации на территории заповедника отмечено 19 видов птиц, а из внесенных в Красную книгу Республики Алтай – еще 8 видов. Постоянно обитают беркут, алтайский улар и филин. Численность гнездящихся пар беркута на территории Усть-Коксинского района в начале 1990-х годов оценивалась в 10-12. В буферной зоне заповедника гнездится редкий и сокращающийся в численности вид – черный аист, которого можно встретить в долинах нижнего течения рек. Возросший в последние годы коммерческий интерес к соколам (балобану и сапсану) поставил эти виды на грань исчезновения. Кроме того, на территории заповедника и его буферной зоны обитают могильник, степная пустельга, серый журавль, красавка и горный дупель. Однажды в верховьях р. Катунь и на оз. Тайменье наблюдали охотящуюся скопу, но характер пребывания ее здесь не ясен. Отмечены в заповеднике и горбоносый турпан, степной орел, орлан-белохвост, бородач, вяхирь, большая чечевица, серый сорокопут. На осеннем пролете в Уймонской долине, на территории, сопредельной с заповедной, встречается серая цапля. В конце прошлого-начале нашего века на территории Усть-Коксинского района были зафиксированы единичные случаи залета колпицы, фламинго, дрофы, а во второй половине нашего столетия – степного луня, черного грифа, черноголового хохотуна.
Пресмыкающихся на заповедной территории мало: два вида змей – щитомордник и обыкновенная гадюка – и один вид ящерицы – живородящая. Земноводных на территории заповедника не зарегистрировано.
В реках и озерах заповедника обитают 8 видов рыб: обыкновенный таймень, ленок (ускуч), сибирский хариус, сибирский пескарь, гольян-красавка, сибирский голец, обыкновенный налим, сибирский подкаменщик. Нижние части рек Верхний Кураган и Тюргень изобилуют хариусом. В Катуни встречаются таймень и ленок, но запасы этих двух видов незначительны из-за перевылова. Ленок – вид, занесенный в Красную книгу Республики Алтай, численность которого неуклонно снижается.
Фауна беспозвоночных практически не изучена, и к настоящему времени в заповеднике отмечено всего 177 видов этих животных. Проведенные исследования по макробентосу Мультинских озер показали, что по биомассе в Нижнем озере преобладают представители моллюсков и ручейников, в Среднем – ручейников и хирономит, в Верхнем – долгоножек и ручейников.
* Г.Т. Собанский сообщает о критической ситуации с охраной барса в горном Алтае (Собанский, 2000). Прим. редакции.
© И.А. Артемов, Л.В. Байлагасов, Е.Н. Бочарова, Е.Ю. Диев, М.Ю. Пальцын. Катунский заповедник. // Заповедники России. Заповедники Сибири. II. - М., Логата, 2000. с. 122-128.